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- PDB-9j3q: Human Pigment Epithelium-Derived Factor with Zinc Ion Crystallize... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j3q
タイトルHuman Pigment Epithelium-Derived Factor with Zinc Ion Crystallized in P22(1)2(1) Space Group
要素Pigment epithelium-derived factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / metal-binding protein / neurotrophic factor / anti-tumorigenic factor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cobalt ion / response to peptide / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / axon hillock / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to acidic pH / short-term memory / response to arsenic-containing substance / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of endothelial cell migration ...cellular response to cobalt ion / response to peptide / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / axon hillock / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to acidic pH / short-term memory / response to arsenic-containing substance / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of endothelial cell migration / ovulation cycle / basement membrane / cellular response to retinoic acid / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of angiogenesis / cellular response to glucose stimulus / kidney development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron projection development / melanosome / retina development in camera-type eye / : / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pigment epithelium derived factor, serpin domain / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
Pigment epithelium-derived factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Belousov, A.S. / Chistyakov, D.V. / Baksheeva, V.E. / Bulgakov, T.K. / Zamyatnin, A.A. / Zinchenko, D.V. / Wu, L. / Tsvetkov, P.O. / Permyakov, S.E. / Zernii, E.Y. / Borshchevskiy, V.I.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号
Russian Science Foundation21-15-00123 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Zinc-mediated mechanism of neurodegeneration in glaucoma: a role of pigment epithelium-derived factor
著者: Chistyakov, D.V. / Shevelyova, M.P. / Iomdina, E.N. / Baksheeva, V.E. / Wu, L. / Shebardina, N.G. / Moysenovich, A.M. / Bulgakov, T.K. / Petrov, S.Y. / Tiulina, V.V. / Pogodina, E.I. / ...著者: Chistyakov, D.V. / Shevelyova, M.P. / Iomdina, E.N. / Baksheeva, V.E. / Wu, L. / Shebardina, N.G. / Moysenovich, A.M. / Bulgakov, T.K. / Petrov, S.Y. / Tiulina, V.V. / Pogodina, E.I. / Gancharova, O.S. / Belousov, A.S. / Filippova, O.M. / Baldin, A.V. / Goriainov, S.V. / Nikolskaya, A.I. / Zalevsky, A.O. / Deviatkin, A.A. / Vologzhannikova, A.A. / Gorokhovets, N.V. / Litus, E.A. / Zamyatnin, A.A. / Komarov, S.V. / Devred, F. / Sergeeva, M.G. / Zamyatnin Jr, A.A. / Senin, I.I. / Zinchenko, D.V. / Tsvetkov, P.O. / Borshchevskiy, V.I. / Permyakov, S.E. / Zernii, E.Y.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pigment epithelium-derived factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,78347
ポリマ-44,3111
非ポリマー5,47246
4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.974, 61.603, 44.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Pigment epithelium-derived factor / PEDF / Cell proliferation-inducing gene 35 protein / EPC-1 / Serpin F1


分子量: 44311.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINF1, PEDF, PIG35 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P36955
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / : C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
解説: Long sticks of 100-200 mm with cross section of 20 mm
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH=8.5, 20 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17UM / 波長: 1.25 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.74 Å / Num. obs: 72912 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 35.73 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 35.95
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3819 / CC1/2: 0.37 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→36.23 Å / SU ML: 0.3427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.6081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 3676 5.04 %
Rwork0.189 69236 -
obs0.1912 72912 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2962 0 341 241 3544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96094505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.025544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.18251393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.50181100.46952190X-RAY DIFFRACTION81.76
1.93-1.950.4621460.43892542X-RAY DIFFRACTION93.56
1.95-1.980.38081460.39142632X-RAY DIFFRACTION99.14
1.98-2.010.41511380.34232687X-RAY DIFFRACTION99.93
2.01-2.040.34611330.32212694X-RAY DIFFRACTION99.86
2.04-2.070.3421710.30532632X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.110.30591350.29372737X-RAY DIFFRACTION99.97
2.11-2.150.34951530.27552683X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.190.30621440.26452674X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.230.30621490.26872718X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.280.28481320.25732666X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.340.27631090.2172714X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.390.24611500.21662685X-RAY DIFFRACTION99.86
2.39-2.460.23021460.20232740X-RAY DIFFRACTION99.52
2.46-2.530.26341300.1972664X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.610.21991380.18552698X-RAY DIFFRACTION99.93
2.61-2.710.19711310.18122684X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.810.2131690.17462702X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.940.23641500.18932680X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.10.23471380.16922671X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.290.19451240.16042713X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.540.18491370.1582693X-RAY DIFFRACTION99.96
3.55-3.90.20561500.1512677X-RAY DIFFRACTION99.75
3.9-4.460.21991510.12922717X-RAY DIFFRACTION99.93
4.47-5.620.17071380.13342692X-RAY DIFFRACTION99.89
5.62-36.230.22011580.20012651X-RAY DIFFRACTION99.43
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.248 Å / Origin y: -4.838 Å / Origin z: -10.851 Å
111213212223313233
T0.285977198545 Å2-0.00118959133817 Å20.00953552976064 Å2-0.248817616476 Å20.00123688071835 Å2--0.262341771416 Å2
L1.64362654442 °2-0.118726513863 °20.64804376204 °2-0.309717693115 °2-0.00415389748214 °2--0.799247073877 °2
S0.0314298681081 Å °-0.122166969228 Å °-0.093284830115 Å °-0.0184247090224 Å °0.0470521107972 Å °0.00873713314123 Å °0.0203455331767 Å °0.0365867006632 Å °1.00008468584E-6 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 35:418 OR RESID 501:546 OR RESID 601:841 ) )A35 - 418
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 35:418 OR RESID 501:546 OR RESID 601:841 ) )A501 - 546
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 35:418 OR RESID 501:546 OR RESID 601:841 ) )A601 - 841

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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