PDB-9j3f: The structure of phospholipase TleB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j3f

タイトル

The structure of phospholipase TleB

要素

Tle1 phospholipase domain-containing protein

キーワード

TOXIN / Hydrolyzed phospholipid

機能・相同性

Domain of unknown function DUF2235 / T6SS, Phospholipase effector Tle1-like, catalytic domain / T6SS Phospholipase effector Tle1-like catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of phospholipase TleB
著者: Tan, Z.

履歴

登録	2024年8月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j3f.cif.gz	286.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j3f.ent.gz	226.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j3f_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j3f_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	9j3f_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	9j3f_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/9j3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/9j3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tle1 phospholipase domain-containing protein

ヘテロ分子

86.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.640, 70.366, 78.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tle1 phospholipase domain-containing protein 分子量: 86305.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア) 遺伝子: PXO_02034 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K0GNK3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M bis-tris pH 6.8, 23% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.65 Å / Num. obs: 56744 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.187 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 379327
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.718 / Num. measured all: 24544 / Num. unique obs: 3626 / CC_1/2: 0.451 / R_pim(I) all: 0.711 / R_rim(I) all: 1.862 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→46.65 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	2000	3.53 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1686	56711	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5363	0	6	514	5883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	7420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.171	3294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	779
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	986

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9476	0.3486	140	0.3388	3853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9476-2.0002	0.2817	143	0.2783	3881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.0591	0.2794	143	0.2237	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0591-2.1255	0.2093	141	0.1918	3878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2015	0.2398	143	0.187	3907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.2897	0.2262	142	0.1851	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2897-2.3939	0.236	144	0.1803	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3939-2.5201	0.2264	141	0.1657	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5201-2.6779	0.2046	143	0.1665	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-2.8847	0.201	143	0.1613	3907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8847-3.1749	0.1886	143	0.1616	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1749-3.6342	0.1616	144	0.1447	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6342-4.578	0.1582	144	0.1312	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
4.578-46.65	0.1596	146	0.1561	3994	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1441	-0.1405	-0.0919	0.4243	0.2219	0.3536	0.0176	-0.0226	0.0047	0.0189	0.054	-0.0422	-0.0229	0.0326	-0	0.0714	0.0005	-0.0012	0.0847	-0.0117	0.0803	-18.527	3.101	-10.92
2	0.2901	-0.1664	-0.0512	0.3527	0.1175	0.2917	0.0244	0.0271	-0.0637	0.0122	-0.0124	0.0567	-0.0308	-0.0197	0	0.0918	0.012	-0.0056	0.092	-0.0162	0.117	-31.796	-20.839	-33.708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 35:450 )	A	35 - 450
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 451:681 )	A	451 - 681

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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