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- PDB-9j1m: KU13-bond Mycobacterium tuberculosis 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j1m
タイトルKU13-bond Mycobacterium tuberculosis 70S ribosome
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 28
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 18
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 30S ribosomal protein THX
  • 5S rRNA
  • Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)
  • tRNA
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / ribosome / macrolide / ANTIBIOTIC / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL25 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL13 / : / : / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Nishihara, D. / Fujino, M. / Tanaka, Y. / Yokoyama, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other private 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Creation of a macrolide antibiotic against non-tuberculous using late-stage boron-mediated aglycon delivery.
著者: Yuka Isozaki / Takumi Makikawa / Kosuke Kimura / Daiki Nishihara / Maho Fujino / Yoshikazu Tanaka / Chigusa Hayashi / Yoshimasa Ishizaki / Masayuki Igarashi / Takeshi Yokoyama / Kazunobu ...著者: Yuka Isozaki / Takumi Makikawa / Kosuke Kimura / Daiki Nishihara / Maho Fujino / Yoshikazu Tanaka / Chigusa Hayashi / Yoshimasa Ishizaki / Masayuki Igarashi / Takeshi Yokoyama / Kazunobu Toshima / Daisuke Takahashi /
要旨: Non-tuberculous mycobacteria (NTM) is gaining clinical recognition as a recently emerging pulmonary pathogen. complex (MAC), the most common NTM, is the cause of pulmonary MAC disease. Currently, ...Non-tuberculous mycobacteria (NTM) is gaining clinical recognition as a recently emerging pulmonary pathogen. complex (MAC), the most common NTM, is the cause of pulmonary MAC disease. Currently, the macrolide azithromycin (AZM) is the standard first-line antibiotic for treatment of the disease. However, the rise of drug-resistant MAC necessitates the development of alternative therapeutics. Here, we present a late-stage boron-mediated aglycon delivery strategy for selective modification of AZM, generating a library of potential anti-MAC drugs designated to . Screening of to revealed that exhibited enhanced antimicrobial activity against wild-type and macrolide-resistant MAC compared to AZM. Cryo-electron microscopy analysis indicated that the inserted tercyclic moiety of formed a robust anchor on the bacterial ribosome, creating a binding pocket with base flipping of U2847, potentially bypassing the standard mechanism of macrolide resistance. These results position as a promising lead for therapeutics against macrolide-resistant MAC.
履歴
登録2024年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Large ribosomal subunit protein bL32
1: Large ribosomal subunit protein bL33A
2: Large ribosomal subunit protein bL34
3: Large ribosomal subunit protein bL35
4: Large ribosomal subunit protein bL36
7: 30S ribosomal protein THX
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: Large ribosomal subunit protein uL2
D: Large ribosomal subunit protein uL3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
F: Large ribosomal subunit protein uL5
G: Large ribosomal subunit protein uL6
H: Large ribosomal subunit protein bL9
J: Large ribosomal subunit protein uL13
K: Large ribosomal subunit protein uL14
L: Large ribosomal subunit protein uL15
M: Large ribosomal subunit protein uL16
N: Large ribosomal subunit protein bL17
O: Large ribosomal subunit protein uL18
P: Large ribosomal subunit protein bL19
Q: Large ribosomal subunit protein bL20
R: Large ribosomal subunit protein bL21
S: Large ribosomal subunit protein uL22
T: Large ribosomal subunit protein uL23
U: Large ribosomal subunit protein uL24
V: Large ribosomal subunit protein bL25
W: Large ribosomal subunit protein bL27
X: Large ribosomal subunit protein bL28
Y: Large ribosomal subunit protein uL29
Z: Large ribosomal subunit protein uL30
a: 16S rRNA
c: Small ribosomal subunit protein uS3
d: Small ribosomal subunit protein uS4
e: Small ribosomal subunit protein uS5
f: Small ribosomal subunit protein bS6
g: Small ribosomal subunit protein uS7
h: Small ribosomal subunit protein uS8
i: Small ribosomal subunit protein uS9
j: Small ribosomal subunit protein uS10
k: Small ribosomal subunit protein uS11
l: Small ribosomal subunit protein uS12
m: Small ribosomal subunit protein uS13
n: Small ribosomal subunit protein uS14B
o: Small ribosomal subunit protein uS15
p: Small ribosomal subunit protein bS16
q: Small ribosomal subunit protein uS17
r: Small ribosomal subunit protein bS18A
s: Small ribosomal subunit protein uS19
t: Small ribosomal subunit protein bS20
x: Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)
u: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,247,404499
ポリマ－2,235,21352
非ポリマー12,191447
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Large ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 01234CDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6525.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KHB5
#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33A / 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 6512.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGB4
#3: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5643.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A0A0G2Q9F3
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35


分子量: 7241.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KJ59
#5: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L36


分子量: 4355.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KPE7
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 30644.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI5
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 23127.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI2
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 23779.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI3
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 21052.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGJ7
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 19408.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGK0
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9 / 50S ribosomal protein L9


分子量: 16196.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KEM4
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 21646.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A0A0T9D5H2
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13451.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGJ5
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15554.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGK4
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L16


分子量: 15724.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI9
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 19512.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KPE2
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 13211.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGK1
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13041.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KMP8
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 14557.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KJ60
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11173.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A0A0H3MFJ0
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 20424.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI7
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 10976.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI4
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11500.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGJ6
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / General stress protein CTC


分子量: 22466.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A0A0H3M3R5
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 8987.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KLD7
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 6920.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A0AAE8WTM0
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 8872.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGJ0
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 7361.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGK3

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 ABau

#7: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1017834.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: GenBank: 1500175159
#8: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37097.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: GenBank: 1500175159
#32: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 498401.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: GenBank: 1500179159
#52: RNA鎖 tRNA


分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)

-
Small ribosomal subunit protein ... , 18種, 18分子 cdefghijklmnopqrst

#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 30071.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI8
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23515.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KPE4
#35: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 22925.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGK2
#36: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S6


分子量: 10952.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KEM1
#37: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 17633.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGG3
#38: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14432.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGJ9
#39: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 16465.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KPC9
#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11452.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI1
#41: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 14800.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KPE5
#42: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 13882.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGG2
#43: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 14383.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KPE6
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14B / 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6841.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGJ8
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10500.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KMC8
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S16


分子量: 17466.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KMQ3
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 14776.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A0A0H3M2V9
#48: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18A / 30S ribosomal protein S18 1


分子量: 9565.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KEM3
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 10830.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KGI6
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 9428.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A1KLA4

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 7x

#51: タンパク質 Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)


分子量: 8310.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
#6: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein THX


分子量: 2882.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
株: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2
参照: UniProt: A0AAE8WR80

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非ポリマー , 3種, 447分子

#53: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物 ChemComp-A1L32 / (2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},8~{R},10~{R},11~{R},12~{S},13~{S},14~{R})-11-[(2~{S},3~{R},4~{S},6~{R})-4-(dimethylamino)-6-methyl-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-ethyl-4-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)-5-[[4-(4-pyridin-4-yl-1,2,3-triazol-1-yl)phenyl]methoxy]oxan-2-yl]oxy-13-[(2~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-4-methoxy-4,6-dimethyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3,5,6,8,10,12,14-heptamethyl-3,10-bis(oxidanyl)-1-oxa-6-azacyclopentadecan-15-one / KU-13, chemically modified azithromycin


分子量: 1145.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H92N6O17 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: KU13-bond Mycobacterium tuberculosis 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG str. Pasteur 1173P2 (結核菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
EM embeddingMaterial: vitrified ice
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION4.0.1初期オイラー角割当
10RELION4.0.1最終オイラー角割当
11RELION4.0.1分類
12RELION4.0.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 515051
3次元再構成解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205461 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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