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- PDB-9j0j: The crystal structure of Fe/2OG-dependent oxygenase DfmD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j0j
タイトルThe crystal structure of Fe/2OG-dependent oxygenase DfmD
要素Fe/2OG-dependent oxygenase DfmD
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxygenase / DfmD
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Streptomyces lavendulae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Wang, L. / Chen, J. / Zhou, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: An Alternative Mechanism for C-C Desaturation Underscores a Dual-Controlled Mechanism for the Fate of Radical Intermediate in Iron(II)- and 2-(Oxo)glutarate-Dependent Oxygenase DfmD.
著者: Zhang, X. / Wang, L. / Liu, J. / Chen, T.Y. / Yan, S. / Chang, W.C. / Shaik, S. / Zhou, J. / Wang, B.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fe/2OG-dependent oxygenase DfmD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4358
ポリマ－45,8541
非ポリマー5827
水90150
1
A: Fe/2OG-dependent oxygenase DfmD
ヘテロ分子

A: Fe/2OG-dependent oxygenase DfmD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,87116
ポリマ－91,7072
非ポリマー1,16314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area8660 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.316, 110.316, 88.835
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Fe/2OG-dependent oxygenase DfmD


分子量: 45853.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal truncation of 5 amino acids
由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.35 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M K/Na tartrate, 0.1 M CHES/NaOH pH 9.5, 0.2 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 14802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 49.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 43.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.288 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1371 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.291 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→32.53 Å / SU ML: 0.2435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9795
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 731 4.93 %
Rwork0.1879 14095 -
obs0.1897 14792 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→32.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2720 0 32 51 2803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94573813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.45251002
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.070.28181440.2352689X-RAY DIFFRACTION95.77
3.07-3.370.2591410.20642802X-RAY DIFFRACTION99.8
3.37-3.860.23611430.19042809X-RAY DIFFRACTION99.7
3.86-4.860.19991330.16442865X-RAY DIFFRACTION99.83
4.86-32.530.20751700.18442930X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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