PDB-9izv: Cryo-EM structure of ALDH6A1-Y172H & R535C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9izv

タイトル

Cryo-EM structure of ALDH6A1-Y172H & R535C

要素

Methylmalonate-semialdehyde/malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / ALDH6A1 / Y172H / R535C

機能・相同性

機能・相同性情報

valine metabolic process / thymine metabolic process / malonate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating) activity / methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating) / methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating, NAD) activity / thymine catabolic process / L-valine catabolic process / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / brown fat cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Su, G. / Xu, Y. / Luan, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Medicine Plus / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical basis for the pathogenic mutations of methylmalonate semialdehyde dehydrogenase ALDH6A1
著者: Su, G. / Ju, K. / Xu, Y. / Jin, Y. / Chen, L. / Luan, X.

履歴

登録	2024年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9izv.cif.gz	344.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9izv.ent.gz	282.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9izv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/9izv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/9izv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61043MC 61042C 61044C 61045C 9izuC 9izwC 9izxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Methylmalonate-semialdehyde/malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial

B: Methylmalonate-semialdehyde/malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial

C: Methylmalonate-semialdehyde/malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial

D: Methylmalonate-semialdehyde/malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial

221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Methylmalonate-semialdehyde/malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial / MMSDH / Aldehyde dehydrogenase family 6 member A1 / Malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating] 分子量: 55348.465 Da / 分子数: 4 / 変異: Y172H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH6A1, MMSDH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q02252, methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating)
Has protein modification	N

#1: タンパク質

Methylmalonate-semialdehyde/malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial / MMSDH / Aldehyde dehydrogenase family 6 member A1 / Malonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]

分子量: 55348.465 Da / 分子数: 4 / 変異: Y172H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH6A1, MMSDH / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q02252, methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating)

Has protein modification

N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: ALDH6A1-Y172H / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 299815 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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