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万見
- PDB-9iy3: Iterative acetyltransferase on lasso peptides from Actinomycetes ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iy3
タイトルIterative acetyltransferase on lasso peptides from Actinomycetes in complex with CoA
要素GCN5-related N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GCN5-related N-acetyltransferases / Actinomycetes / CoA
機能・相同性Acetyltransferase (GNAT) domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / COENZYME A / GCN5-related N-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Actinosynnema mirum
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Wu, S. / Xiong, J. / Lei, D. / Dong, S.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077056 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22377046 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2210070084 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21907046 中国
Other government22ZD6FA006
Other government23ZDFA015
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Iterative acylation on mature lasso peptides by widespread GNATs for lipolasso production
著者: Xiong, J. / Wu, S. / Liang, Z. / Gong, X. / Fang, S. / Tao, F. / Wu, Q. / Cui, J. / Gao, K. / Luo, S. / Lei, D. / Dong, S.
履歴
登録2024年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4442
ポリマ－21,6761
非ポリマー7681
水00
1
A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,21228
ポリマ－303,46614
非ポリマー10,74514
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation13
手法UCSF CHIMERA

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要素

#1: タンパク質 GCN5-related N-acetyltransferase


分子量: 21676.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinosynnema mirum (strain ATCC 29888 / DSM 43827 / JCM 3225 / NBRC 14064 / NCIMB 13271 / NRRL B-12336 / IMRU 3971 / 101) (バクテリア)
遺伝子: Amir_6318 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6WJ45
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of iterative acetyltransferase and CoACOMPLEX#10MULTIPLE SOURCES
2Iterative acetyltransferaseCOMPLEX#11RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Actinosynnema mirum DSM 43827 (バクテリア)446462
32Actinomycetes (バクテリア)1760
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC4.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2分類
13cryoSPARC4.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D7 (2回x7回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1440000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0021568
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5092140
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.865225
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.039225
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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