PDB-9iy0: anti-HEV mAb 8H3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iy0

タイトル

anti-HEV mAb 8H3

要素

Heavy chain of 8H3 Fab
Light chain of 8H3 Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody

生物種

Mus sp. (ネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Minghua, Z. / Lizhi, Z. / Yang, H. / Ying, G. / Shaowei, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the synergetic neutralization of hepatitis E virus by antibody-antibody interaction
著者: Minghua, Z. / Lizhi, Z. / Ying, G. / Shaowei, L.

履歴

登録	2024年7月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iy0.cif.gz	254.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iy0.ent.gz	208.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iy0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iy0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9iy2C 1fnsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Light chain of 8H3 Fab

H: Heavy chain of 8H3 Fab

ヘテロ分子

47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.089, 103.062, 52.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Light chain of 8H3 Fab 分子量: 24237.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus sp. (ネズミ) / Plasmid details: Ascites
#2: 抗体	Heavy chain of 8H3 Fab 分子量: 23599.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus sp. (ネズミ) / Plasmid details: Ascites
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 2M Mg(Ac)2 and 18% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 27054 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2	3.6	0.542	1304	0.792	0.94	0.325	0.633	0.816	94.6
2-2.04	3.6	0.492	1318	0.849	0.958	0.294	0.574	0.857	95.8
2.04-2.08	3.6	0.44	1324	0.866	0.963	0.27	0.518	1.109	96.9
2.08-2.12	3.7	0.347	1317	0.914	0.977	0.206	0.404	0.915	98
2.12-2.17	3.8	0.291	1380	0.944	0.986	0.173	0.339	0.904	98.5
2.17-2.22	3.8	0.256	1325	0.948	0.987	0.152	0.298	0.924	98.4
2.22-2.27	3.8	0.248	1359	0.959	0.989	0.147	0.289	1.122	98.4
2.27-2.34	3.8	0.193	1325	0.974	0.993	0.114	0.224	0.933	98.6
2.34-2.4	3.8	0.168	1350	0.976	0.994	0.1	0.196	0.917	99
2.4-2.48	3.8	0.134	1382	0.985	0.996	0.08	0.156	0.905	99.1
2.48-2.57	3.8	0.111	1344	0.99	0.998	0.066	0.13	0.941	98.9
2.57-2.67	3.8	0.096	1358	0.99	0.997	0.057	0.112	1.055	99.3
2.67-2.8	3.8	0.071	1358	0.994	0.999	0.042	0.083	0.944	99
2.8-2.94	3.8	0.056	1353	0.996	0.999	0.033	0.066	0.968	99.2
2.94-3.13	3.8	0.045	1372	0.998	0.999	0.027	0.052	1.058	99.2
3.13-3.37	3.8	0.042	1378	0.997	0.999	0.025	0.049	1.165	99.6
3.37-3.71	3.8	0.042	1372	0.997	0.999	0.025	0.048	1.033	99.6
3.71-4.24	3.7	0.029	1368	0.998	1	0.018	0.034	0.938	99.8
4.24-5.35	3.7	0.022	1370	0.999	1	0.013	0.026	1.013	98.9
5.35-50	3.8	0.028	1397	0.998	0.999	0.017	0.033	1.178	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FNS

1fns

解像度: 1.97→25.97 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2309	1433	5.32 %
R_work	0.1917	-	-
obs	0.1939	26956	98.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→25.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3329	0	4	232	3565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3410
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.649	4649
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.395	465
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	527
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.04	0.3329	121	0.2673	2413	X-RAY DIFFRACTION	92
2.04-2.13	0.2698	134	0.262	2510	X-RAY DIFFRACTION	97
2.13-2.22	0.3143	142	0.2475	2546	X-RAY DIFFRACTION	98
2.22-2.34	0.3201	144	0.2438	2538	X-RAY DIFFRACTION	98
2.34-2.49	0.2845	157	0.2412	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.68	0.287	170	0.233	2536	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.95	0.2696	143	0.2201	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.95-3.37	0.2332	133	0.1975	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.37-4.25	0.1967	144	0.1681	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-25.97	0.1788	145	0.1482	2623	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7404	-0.5785	0.7308	1.8562	-0.3556	1.0019	0.0159	-0.0881	0.1627	0.1269	0.0441	0.054	-0.0466	-0.1784	-0.0001	0.3202	0.1162	0.0531	0.3369	0.0241	0.3163	24.5911	54.7791	5.9519
2	1.2785	-1.4243	-0.403	1.6388	0.189	1.9766	-0.1007	-0.4008	-0.0825	-0.0106	0.259	-0.0501	-0.2706	0.3873	0.0004	0.3083	-0.0439	0.0101	0.3445	-0.0537	0.3263	44.3537	31.7556	17.8522
3	2.0384	-0.3298	0.9156	0.151	-0.3131	0.7077	0.149	-0.0277	-0.4172	-0.4323	-0.1141	0.7025	0.1465	-0.9377	-0.7306	0.4868	0.1498	-0.1088	0.6602	-0.072	0.3317	13.582	38.948	-10.1344
4	1.3672	-0.7807	0.0595	0.7912	-0.166	1.3912	0.104	0.0315	-0.1157	-0.1796	-0.0827	0.0409	0.0291	-0.4933	-0.0194	0.2956	0.0172	-0.0322	0.332	-0.0259	0.3256	27.2835	33.0528	-0.2572
5	0.5842	-0.4897	-0.2134	1.5073	0.8214	1.237	-0.3022	-0.2053	-0.0857	0.304	0.2289	0.3177	0.3201	-0.4019	0.002	0.3908	0.0149	0.0432	0.4047	0.0387	0.428	34.7585	18.3739	22.3776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 124 through 219 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 1 through 38 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 39 through 149 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 150 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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