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- PDB-9ixb: Structure of tubulin and nitrogen-containing heterocyclic substit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ixb
タイトルStructure of tubulin and nitrogen-containing heterocyclic substituted podophyllotoxin derivatives complex
要素
  • Detyrosinated tubulin alpha-1B chain
  • Stathmin-4
  • Tubulin beta chain
  • Tubulin--tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE / tublin / GTP / inhibitor / two binding sites
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / microtubule depolymerization / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site ...Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Bi, J. / Zhao, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of tubulin and nitrogen-containing heterocyclic substituted podophyllotoxin derivatives complex
著者: Bi, J.
履歴
登録2024年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Detyrosinated tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Detyrosinated tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin--tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,08920
ポリマ－254,6596
非ポリマー3,43014
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.597, 155.892, 181.504
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 50 or resid 52...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 2 through 32 or (resid 33...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 2 through 15 or resid 17...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 2 through 15 or (resid 17...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ARGARGASNASNAA2 - 502 - 50
d_12ens_1PHEPHEALAALAAA52 - 6552 - 65
d_13ens_1PHEPHEPHEPHEAA6767
d_14ens_1ASPASPARGARGAA69 - 7969 - 79
d_15ens_1GLYGLYPHEPHEAA81 - 13581 - 135
d_16ens_1VALVALTHRTHRAA137 - 150137 - 150
d_17ens_1LEULEUTHRTHRAA152 - 193152 - 193
d_18ens_1LEULEUALAALAAA195 - 208195 - 208
d_19ens_1TYRTYRTYRTYRAA210210
d_110ens_1ILEILEASPASPAA212 - 245212 - 245
d_111ens_1ALAALAALAALAAA247 - 314247 - 314
d_112ens_1LEULEUILEILEAA317 - 355317 - 355
d_113ens_1TYRTYRASPASPAA357 - 438357 - 438
d_114ens_1GTPGTPGTPGTPAG501
d_21ens_1ARGARGASNASNCC2 - 502 - 50
d_22ens_1PHEPHEALAALACC52 - 6552 - 65
d_23ens_1PHEPHEPHEPHECC6767
d_24ens_1ASPASPARGARGCC69 - 7969 - 79
d_25ens_1GLYGLYPHEPHECC81 - 13581 - 135
d_26ens_1VALVALTHRTHRCC137 - 150137 - 150
d_27ens_1LEULEUTHRTHRCC152 - 193152 - 193
d_28ens_1LEULEUALAALACC195 - 208195 - 208
d_29ens_1TYRTYRTYRTYRCC210210
d_210ens_1ILEILEALAALACC212 - 314212 - 314
d_211ens_1LEULEUILEILECC317 - 355317 - 355
d_212ens_1TYRTYRASPASPCC357 - 438357 - 438
d_213ens_1GTPGTPGTPGTPCP501
d_11ens_2ARGARGGLNGLNBB2 - 152 - 15
d_12ens_2GLYGLYILEILEBB17 - 4917 - 47
d_13ens_2VALVALLEULEUBB51 - 13749 - 135
d_14ens_2HISHISGLYGLYBB139 - 146137 - 144
d_15ens_2GLYGLYILEILEBB148 - 154146 - 152
d_16ens_2LYSLYSTHRTHRBB156 - 220154 - 218
d_17ens_2PROPROPROPROBB222 - 245220 - 243
d_18ens_2GLNGLNPHEPHEBB247 - 268245 - 266
d_19ens_2PROPROLEULEUBB270 - 275268 - 273
d_110ens_2GLNGLNALAALABB282 - 383280 - 373
d_111ens_2GLNGLNMETMETBB385 - 413375 - 403
d_112ens_2GLUGLUGLUGLUBB415 - 422405 - 412
d_113ens_2ASNASNASPASPBB424 - 437414 - 427
d_21ens_2ARGARGGLNGLNDD2 - 152 - 15
d_22ens_2GLYGLYILEILEDD17 - 4917 - 47
d_23ens_2VALVALGLUGLUDD51 - 5549 - 53
d_24ens_2GLYGLYLEULEUDD58 - 13756 - 135
d_25ens_2HISHISGLYGLYDD139 - 146137 - 144
d_26ens_2GLYGLYILEILEDD148 - 154146 - 152
d_27ens_2LYSLYSTHRTHRDD156 - 220154 - 218
d_28ens_2PROPROPHEPHEDD222 - 268220 - 266
d_29ens_2PROPROLEULEUDD270 - 275268 - 273
d_210ens_2GLNGLNALAALADD282 - 383280 - 373
d_211ens_2GLNGLNMETMETDD385 - 413375 - 403
d_212ens_2GLUGLUGLUGLUDD415 - 422405 - 412
d_213ens_2ASNASNASPASPDD424 - 437414 - 427

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.943820808091, -0.259844151329, 0.204164882473), (0.287153443474, 0.950642732533, -0.117564003773), (-0.163539542975, 0.169586002082, 0.971851534845)-23.4064666469, 64.1243740125, -54.3269354736
2given(0.947165209769, -0.233844832128, 0.219532821896), (0.263793129401, 0.957280594122, -0.118435843388), (-0.182458900258, 0.170089560541, 0.968389534801)-22.6403729665, 64.3112669708, -54.4450324417

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要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Detyrosinated tubulin alpha-1B chain


分子量: 48966.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 48306.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480UE93
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16326.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin--tyrosine ligase


分子量: 43786.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: tubulin-tyrosine ligase

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非ポリマー , 11種, 28分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-A1ECQ / (5~{S},5~{a}~{S},8~{a}~{R},9~{R})-5-(1~{H}-indazol-5-ylamino)-9-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-5~{a},6,8~{a},9-tetrahydro-5~{H}-[2]benzofuro[6,5-f][1,3]benzodioxol-8-one


分子量: 529.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C29H27N3O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#13: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 6% PEG4000, 6% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES-Na

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.48→25.98 Å / Num. obs: 37680 / % possible obs: 97.16 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 91.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05343 / Rpim(I) all: 0.05343 / Rrim(I) all: 0.07556 / Net I/σ(I): 13.22
反射 シェル解像度: 3.48→3.604 Å / Num. unique obs: 3783 / CC1/2: 0.837 / CC star: 0.955

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.48→25.98 Å / SU ML: 0.4499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.066
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 1873 4.97 %
Rwork0.2216 35803 -
obs0.2238 37676 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.48→25.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15546 0 160 14 15720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011816208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.451922204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07692551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.66175520
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.3715787892
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.896554151418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.48-3.570.40121490.28692773X-RAY DIFFRACTION99.97
3.57-3.680.27971510.25342781X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.80.29341680.23992759X-RAY DIFFRACTION100
3.8-3.930.2814960.23421840X-RAY DIFFRACTION66.53
3.93-4.090.29581520.21692801X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.270.26441530.21212801X-RAY DIFFRACTION99.97
4.27-4.50.27281470.2012800X-RAY DIFFRACTION99.93
4.5-4.780.24981460.18492814X-RAY DIFFRACTION100
4.78-5.150.23881290.20042836X-RAY DIFFRACTION100
5.15-5.660.28271530.23662836X-RAY DIFFRACTION100
5.66-6.470.30741260.25922885X-RAY DIFFRACTION100
6.47-8.110.26281410.23082881X-RAY DIFFRACTION99.97
8.11-25.980.21861620.20732996X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.5858371282 Å / Origin y: -43.3948686644 Å / Origin z: 24.483380202 Å
111213212223313233
T0.381070590586 Å20.0230165377431 Å2-0.00656037868738 Å2-0.506345582533 Å2-0.00157811568379 Å2--0.544467593373 Å2
L0.294831338499 °2-0.0396447473758 °20.129971564329 °2-0.75319320727 °2-0.640435359693 °2--1.16921655934 °2
S-0.0495578480043 Å °-0.00848381695061 Å °-0.0286220266913 Å °0.0567574970506 Å °0.0683514958349 Å °-0.0435220533441 Å °-0.0234122169907 Å °-0.0271769706665 Å °-0.0172762677671 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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