PDB-9ix7: Crystal structure of homolog of dihydroxyacid dehydratase(AstD) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ix7

タイトル

Crystal structure of homolog of dihydroxyacid dehydratase(AstD) from Aspergillus terreus

要素

dihydroxy-acid dehydratase

キーワード

LYASE / dihydroxyacid dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroxy-acid dehydratase / dihydroxy-acid dehydratase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus terreus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Huang, W.X. / Zhang, P.X. / Zhou, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biodes Res / 年: 2024
タイトル: Structural Bases of Dihydroxy Acid Dehydratase Inhibition and Biodesign for Self-Resistance.
著者: Zang, X. / Bat-Erdene, U. / Huang, W. / Wu, Z. / Jacobsen, S.E. / Tang, Y. / Zhou, J.

履歴

登録	2024年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ix7.cif.gz	440.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ix7.ent.gz	298.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ix7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ix7_validation.pdf.gz	463.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ix7_full_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示
XML形式データ	9ix7_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	9ix7_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/9ix7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/9ix7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hs0C 8ikzC 8imuC 9jpiC 5ymo PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dihydroxy-acid dehydratase

B: dihydroxy-acid dehydratase

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dihydroxy-acid dehydratase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: dihydroxy-acid dehydratase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: fluorescence resonance energy transfer
60.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.614, 66.278, 268.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 69 through 79 or (resid 80...	A	A	69 - 82	31 - 44
1	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain 'A' and (resid 69 through 79 or (resid 80...	A	A	91 - 117	53 - 79
1	3	LYS	LYS	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 69 through 79 or (resid 80...	A	A	125 - 185	87 - 147
1	4	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 69 through 79 or (resid 80...	A	A	238 - 292	200 - 254
1	5	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 69 through 79 or (resid 80...	A	A	294 - 598	256 - 560
1	6	EDO	EDO	EDO	EDO	(chain 'A' and (resid 69 through 79 or (resid 80...	A	D	602
2	7	MET	MET	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 69 through 160 or (resid 161...	B	B	69 - 82	31 - 44
2	8	HIS	HIS	SER	SER	(chain 'B' and (resid 69 through 160 or (resid 161...	B	B	91 - 117	53 - 79
2	9	LYS	LYS	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 69 through 160 or (resid 161...	B	B	125 - 185	87 - 147
2	10	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 69 through 160 or (resid 161...	B	B	238 - 292	200 - 254
2	11	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 69 through 160 or (resid 161...	B	B	294 - 598	256 - 560
2	12	EDO	EDO	EDO	EDO	(chain 'B' and (resid 69 through 160 or (resid 161...	B	F	602

#1: タンパク質	dihydroxy-acid dehydratase 分子量: 60195.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: ATEIFO6365_0004000400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5M3YPM6, dihydroxy-acid dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MMT pH4.0 ,17% PEG1500, 1mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→47.2 Å / Num. obs: 45340 / % possible obs: 96.97 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 31.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 3599

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
PHASES		位相決定
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YMO

5ymo
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.29→47.2 Å / SU ML: 0.2474 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.6065
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	2294	5.06 %
R_work	0.2008	43029	-
obs	0.2023	45323	96.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6945	0	19	347	7311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	7086
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6417	9572
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0457	1090
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1247
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6702	4327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.34	0.3125	106	0.263	1960	X-RAY DIFFRACTION	72.47
2.34-2.39	0.2649	142	0.2532	2389	X-RAY DIFFRACTION	89.03
2.39-2.45	0.2864	120	0.2572	2639	X-RAY DIFFRACTION	95.34
2.45-2.52	0.2911	158	0.2458	2658	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.52-2.59	0.2465	144	0.2428	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.59-2.68	0.2833	129	0.2443	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.68-2.77	0.2648	147	0.2436	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.77-2.88	0.2925	141	0.234	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.88-3.02	0.293	160	0.2293	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.02-3.17	0.2382	148	0.214	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.17-3.37	0.2076	156	0.2076	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.37-3.63	0.2227	143	0.1925	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.63-4	0.2226	155	0.1713	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4-4.58	0.2092	145	0.1615	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.58-5.77	0.1809	146	0.1696	2846	X-RAY DIFFRACTION	99.37
5.77-47.2	0.1908	154	0.1792	2960	X-RAY DIFFRACTION	98.48

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.0595562265417 Å / Origin y: 6.54804493785 Å / Origin z: 31.1419449094 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.222520945577 Å²	-0.00256759500025 Å²	-0.0172976587248 Å²	-	0.248502046999 Å²	-0.0136053827726 Å²	-	-	0.228391428836 Å²
L	0.367849604575 °²	-0.0604462383379 °²	-0.021940454197 °²	-	0.700424665132 °²	0.161548638389 °²	-	-	0.354390394662 °²
S	-0.0204219121202 Å °	-0.00539430134682 Å °	-0.0520605925625 Å °	0.071757091828 Å °	0.0128060889427 Å °	-0.0496334137097 Å °	0.0404222911583 Å °	-0.0470329445581 Å °	0.00725955329206 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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