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- PDB-9jpi: The complex structure of DHAD with aspterric acid (AA). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jpi
タイトルThe complex structure of DHAD with aspterric acid (AA).
要素Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic
キーワードLYASE / [2Fe-2S] cluster / mutant / BCAA biosynthetic pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroxy-acid dehydratase / dihydroxy-acid dehydratase activity / embryo sac development / root development / pollen development / branched-chain amino acid biosynthetic process / hydro-lyase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / plastid ...dihydroxy-acid dehydratase / dihydroxy-acid dehydratase activity / embryo sac development / root development / pollen development / branched-chain amino acid biosynthetic process / hydro-lyase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / plastid / chloroplast stroma / response to salt stress / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Dihydroxy-acid dehydratase / : / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 2. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase, conserved site / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 1. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD, N-terminal domain / Dihydroxy-acid dehydratase, C-terminal / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / : / Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, J. / Zang, X. / Tang, Y. / Yan, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biodes Res / 年: 2024
タイトル: Structural Bases of Dihydroxy Acid Dehydratase Inhibition and Biodesign for Self-Resistance.
著者: Zang, X. / Bat-Erdene, U. / Huang, W. / Wu, Z. / Jacobsen, S.E. / Tang, Y. / Zhou, J.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4846
ポリマ－61,6551
非ポリマー8295
水4,792266
1
A: Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,96812
ポリマ－123,3112
非ポリマー1,65810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area9090 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area35900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.890, 135.890, 66.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-735-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic / AthDHAD / DAD


分子量: 61655.355 Da / 分子数: 1 / 変異: K559A,K560A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DHAD, At3g23940, F14O13.13 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LIR4, dihydroxy-acid dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 271分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-K0O / Aspterric Acid / (1~{S},5~{S},8~{R},9~{R})-8-oxidanyl-4-propan-2-ylidene-10-oxatricyclo[7.2.1.0^{1,5}]dodecane-8-carboxylic acid


分子量: 266.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 1.5 M ammonium sulfate / PH範囲: 4.5-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.58 Å / Num. obs: 42678 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 29.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.007 / Num. unique obs: 3089 / CC1/2: 0.725

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZE4

5ze4


解像度: 2→47.58 Å / SU ML: 0.1968 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2243
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 2101 4.93 %
Rwork0.1817 40526 -
obs0.1833 42627 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4227 0 48 266 4541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00844375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94785934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511674
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4451638
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.29151270.24852646X-RAY DIFFRACTION99.93
2.05-2.10.27761380.23192658X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.150.2261100.21532693X-RAY DIFFRACTION99.96
2.15-2.220.24411370.21992664X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.290.26531260.21772687X-RAY DIFFRACTION99.93
2.29-2.370.25921410.21032662X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.470.24611760.19752644X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.580.22631480.18662661X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.710.21611380.18942692X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.880.22011350.18592708X-RAY DIFFRACTION99.89
2.88-3.110.24091330.1822691X-RAY DIFFRACTION99.96
3.11-3.420.21741530.17452709X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.910.18791560.15942728X-RAY DIFFRACTION99.93
3.91-4.930.15641460.1452757X-RAY DIFFRACTION99.69
4.93-47.580.21411370.18432926X-RAY DIFFRACTION99.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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