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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9iwq | ||||||
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タイトル | Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament | ||||||
![]() | Flagellin | ||||||
![]() | MOTOR PROTEIN / flagellin / tail / flagella / filament | ||||||
機能・相同性 | ![]() TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
![]() | Waraich, K. / Makino, F. / Miyata, T. / Kinoshita, M. / Minamino, T. / Namba, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament 著者: Waraich, K. / Makino, F. / Miyata, T. / Kinoshita, M. / Minamino, T. / Namba, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 60959MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42587.551 Da / 分子数: 1 / 変異: G426A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fliC, flaF, hag, STM1959 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P06179 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 60000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Helical processing using cryosparc. | ||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 4.801 ° / 軸方向距離/サブユニット: 65.305 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 726742 | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 726742 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3A5X Accession code: 3A5X / 詳細: 3A5X / Source name: PDB / タイプ: experimental model |