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- PDB-9iwo: X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW7647-P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iwo
タイトルX-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW7647-PGC1alpha coactivator peptide co-crystals obtained by cross-seeding
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Protein-ligand complex / PPAR / Coactivator / PGC1a
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / lipoprotein metabolic process / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / cellular respiration / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to starvation / NFAT protein binding / DNA-binding transcription activator activity / response to muscle activity / negative regulation of cholesterol storage / lncRNA binding / temperature homeostasis / response to dietary excess / fatty acid oxidation / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / epidermis development / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of lipid biosynthetic process / phosphatase binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / digestion / intracellular receptor signaling pathway / nitric oxide metabolic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / energy homeostasis / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of blood pressure / lactation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / response to nutrient / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MDM2/MDM4 family protein binding / SUMOylation of transcription cofactors / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of gluconeogenesis / RNA splicing / intracellular glucose homeostasis / brown fat cell differentiation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to starvation / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / respiratory electron transport chain / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coregulator activity / circadian regulation of gene expression / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / mitochondrion organization / wound healing / Heme signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / fatty acid metabolic process / chromatin DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / regulation of circadian rhythm / response to insulin / PML body / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / mRNA processing / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2VN / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Kamata, S. / Honda, A. / Yashiro, S. / Komori, Y. / Shimamura, A. / Hosoda, A. / Oyama, T. / Ishii, I.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K15049 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101071 日本
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2025
タイトル: Competitive Ligand-Induced Recruitment of Coactivators to Specific PPAR alpha / delta / gamma Ligand-Binding Domains Revealed by Dual-Emission FRET and X-Ray Diffraction of Cocrystals.
著者: Kamata, S. / Honda, A. / Yashiro, S. / Kaneko, C. / Komori, Y. / Shimamura, A. / Masuda, R. / Oyama, T. / Ishii, I.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0123
ポリマ－32,5092
非ポリマー5031
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.022, 62.201, 53.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha


分子量: 30856.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PGC-1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 1652.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-2VN / 2-[(4-{2-[(4-cyclohexylbutyl)(cyclohexylcarbamoyl)amino]ethyl}phenyl)sulfanyl]-2-methylpropanoic acid


分子量: 502.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H46N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.0), 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月23日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→43.24 Å / Num. obs: 46042 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 154864
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2254 / CC1/2: 0.892 / Rpim(I) all: 0.233 / Rrim(I) all: 0.416 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.11.1_2575-000)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→43.24 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 4254 4.86 %
Rwork0.1938 --
obs0.1948 46018 96.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→43.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2154 0 35 101 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0813058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.71857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.5070.34341090.26072625X-RAY DIFFRACTION90
1.507-1.52470.25631480.2632673X-RAY DIFFRACTION94
1.5247-1.54330.30931580.24782753X-RAY DIFFRACTION96
1.5433-1.56280.28041420.24392819X-RAY DIFFRACTION97
1.5628-1.58340.2841510.24132692X-RAY DIFFRACTION96
1.5834-1.60510.2571280.22882867X-RAY DIFFRACTION97
1.6051-1.6280.22491220.22812769X-RAY DIFFRACTION98
1.628-1.65230.2881390.21572893X-RAY DIFFRACTION98
1.6523-1.67810.22211400.22022761X-RAY DIFFRACTION98
1.6781-1.70570.25871610.22022808X-RAY DIFFRACTION98
1.7057-1.73510.29821500.22012801X-RAY DIFFRACTION97
1.7351-1.76660.26231660.22172752X-RAY DIFFRACTION97
1.7666-1.80060.26381710.21042792X-RAY DIFFRACTION97
1.8006-1.83740.22331370.21072808X-RAY DIFFRACTION97
1.8374-1.87730.22531390.20472758X-RAY DIFFRACTION96
1.8773-1.9210.23571450.20762804X-RAY DIFFRACTION97
1.921-1.9690.256960.20832768X-RAY DIFFRACTION95
1.969-2.02220.26721250.21642731X-RAY DIFFRACTION95
2.0222-2.08180.23951400.20562700X-RAY DIFFRACTION94
2.0818-2.14890.21481480.2062772X-RAY DIFFRACTION96
2.1489-2.22570.21251480.19512755X-RAY DIFFRACTION96
2.2257-2.31490.25511380.19832818X-RAY DIFFRACTION98
2.3149-2.42020.20681360.18642828X-RAY DIFFRACTION98
2.4202-2.54780.21591420.20512830X-RAY DIFFRACTION98
2.5478-2.70740.22311610.19632806X-RAY DIFFRACTION98
2.7074-2.91640.24441480.1992750X-RAY DIFFRACTION96
2.9164-3.20980.211450.2082757X-RAY DIFFRACTION95
3.2098-3.6740.16411270.19012675X-RAY DIFFRACTION93
3.674-4.62810.17841690.15522748X-RAY DIFFRACTION96
4.6281-43.240.15551250.15612883X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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