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- PDB-9iwj: X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-NCoR2 co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iwj
タイトルX-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-NCoR2 corepressor peptide co-crystals obtained by co-crystallization
要素
  • Nuclear receptor corepressor 2
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Corepressor / PPAR / NCoR
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / Notch binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / DNA-binding transcription activator activity / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / Notch-HLH transcription pathway / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / epidermis development / nuclear retinoid X receptor binding / phosphatase binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / estrous cycle / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / nitric oxide metabolic process / negative regulation of blood pressure / hormone-mediated signaling pathway / : / MDM2/MDM4 family protein binding / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / transcription repressor complex / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / enzyme activator activity / cellular response to starvation / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / HDACs deacetylate histones / response to insulin / SUMOylation of intracellular receptors / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / wound healing / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / histone deacetylase binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / nuclear matrix / nuclear receptor activity / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / : / response to estradiol / heart development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / response to ethanol / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / nuclear body
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / Peroxisome proliferator-activated receptor / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / Peroxisome proliferator-activated receptor / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / : / Nuclear hormone receptor / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Kamata, S. / Honda, A. / Masuda, R. / Oota, M. / Namatame, R. / Machida, Y. / Uchii, K. / Shiiyama, Y. / Oyama, T. / Ishii, I.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K16359 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101071 日本
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2025
タイトル: Competitive Ligand-Induced Recruitment of Coactivators to Specific PPAR alpha / delta / gamma Ligand-Binding Domains Revealed by Dual-Emission FRET and X-Ray Diffraction of Cocrystals.
著者: Kamata, S. / Honda, A. / Yashiro, S. / Kaneko, C. / Komori, Y. / Shimamura, A. / Masuda, R. / Oyama, T. / Ishii, I.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
C: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
D: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
E: Nuclear receptor corepressor 2
F: Nuclear receptor corepressor 2
G: Nuclear receptor corepressor 2
H: Nuclear receptor corepressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8248
ポリマ－133,8248
非ポリマー00
水00
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
E: Nuclear receptor corepressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4562
ポリマ－33,4562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
F: Nuclear receptor corepressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4562
ポリマ－33,4562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
3
C: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
G: Nuclear receptor corepressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4562
ポリマ－33,4562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
4
D: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
H: Nuclear receptor corepressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4562
ポリマ－33,4562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.730, 112.152, 122.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha


分子量: 30856.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor corepressor 2 / N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone ...N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / T3 receptor-associating factor / TRAC / Thyroid- / retinoic-acid-receptor-associated corepressor


分子量: 2599.999 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 2346-2367 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y618
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.0), 14% PEG 8000, 0.2M magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→48.88 Å / Num. obs: 49517 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 28.9 / Num. measured all: 329013
反射 シェル解像度: 2.48→2.56 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 4469 / CC1/2: 0.947 / Rpim(I) all: 0.15 / Rrim(I) all: 0.392 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.11.1_2575-000)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→38.711 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 4867 5.17 %
Rwork0.2249 --
obs0.2265 49439 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→38.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7478 0 0 0 7478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51210272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8894656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.50820.31951480.28592925X-RAY DIFFRACTION99
2.5082-2.53770.3051710.27882945X-RAY DIFFRACTION100
2.5377-2.56870.30661540.27843020X-RAY DIFFRACTION100
2.5687-2.60120.32831470.27562996X-RAY DIFFRACTION100
2.6012-2.63540.35181810.29942986X-RAY DIFFRACTION100
2.6354-2.67150.34811710.29092958X-RAY DIFFRACTION100
2.6715-2.70960.31881450.28532951X-RAY DIFFRACTION100
2.7096-2.75010.32241540.28282977X-RAY DIFFRACTION100
2.7501-2.7930.3151790.27792990X-RAY DIFFRACTION100
2.793-2.83880.29861460.26992982X-RAY DIFFRACTION100
2.8388-2.88770.34581870.27562963X-RAY DIFFRACTION100
2.8877-2.94020.32171540.28843023X-RAY DIFFRACTION100
2.9402-2.99680.39881650.29762956X-RAY DIFFRACTION100
2.9968-3.05790.31481640.3022969X-RAY DIFFRACTION100
3.0579-3.12440.32381670.2853002X-RAY DIFFRACTION100
3.1244-3.1970.34721580.29852991X-RAY DIFFRACTION100
3.197-3.27690.35181550.28452949X-RAY DIFFRACTION100
3.2769-3.36550.28171430.27182987X-RAY DIFFRACTION100
3.3655-3.46450.29431300.26433040X-RAY DIFFRACTION100
3.4645-3.57620.2661850.23852934X-RAY DIFFRACTION100
3.5762-3.70390.22191860.23272973X-RAY DIFFRACTION100
3.7039-3.85210.23931740.21242988X-RAY DIFFRACTION100
3.8521-4.02720.24091680.19962946X-RAY DIFFRACTION100
4.0272-4.23930.20991560.18432986X-RAY DIFFRACTION100
4.2393-4.50460.19571720.17943002X-RAY DIFFRACTION100
4.5046-4.85180.19011180.17752982X-RAY DIFFRACTION100
4.8518-5.33890.24081390.19323018X-RAY DIFFRACTION100
5.3389-6.10880.24551670.21632967X-RAY DIFFRACTION100
6.1088-7.68660.2252010.19782934X-RAY DIFFRACTION100
7.6866-38.7110.19451820.17152945X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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