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- PDB-9iwm: X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW7647-T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iwm
タイトルX-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-GW7647-TRAP220 coactivator peptide co-crystals obtained by cross-seeding
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Protein-ligand complex / PPAR / Coactivator / TRAP220
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / enamel mineralization / retinal pigment epithelium development / G0 to G1 transition ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / enamel mineralization / retinal pigment epithelium development / G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process / core mediator complex / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of appetite / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / negative regulation of glycolytic process / ubiquitin conjugating enzyme binding / nuclear vitamin D receptor binding / embryonic hindlimb morphogenesis / nuclear thyroid hormone receptor binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / lens development in camera-type eye / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of fatty acid metabolic process / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / negative regulation of neuron differentiation / LBD domain binding / histone acetyltransferase binding / NFAT protein binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / negative regulation of cholesterol storage / RSV-host interactions / erythrocyte development / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / positive regulation of ATP biosynthetic process / nuclear steroid receptor activity / monocyte differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / general transcription initiation factor binding / animal organ regeneration / epidermis development / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / ubiquitin ligase complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / phosphatase binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of blood pressure / nitric oxide metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of erythrocyte differentiation / cellular response to starvation / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / gluconeogenesis
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / : / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / : / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2VN / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Kamata, S. / Honda, A. / Yashiro, S. / Komori, Y. / Shimamura, A. / Hosoda, A. / Oyama, T. / Ishii, I.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K15049 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101071 日本
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2025
タイトル: Competitive Ligand-Induced Recruitment of Coactivators to Specific PPAR alpha / delta / gamma Ligand-Binding Domains Revealed by Dual-Emission FRET and X-Ray Diffraction of Cocrystals.
著者: Kamata, S. / Honda, A. / Yashiro, S. / Kaneko, C. / Komori, Y. / Shimamura, A. / Masuda, R. / Oyama, T. / Ishii, I.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6484
ポリマ－33,0542
非ポリマー5952
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.012, 61.916, 52.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha


分子量: 30856.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Activator-recruited cofactor 205 kDa component / ARC205 / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome ...Activator-recruited cofactor 205 kDa component / ARC205 / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein / PBP / PPAR-binding protein / Thyroid hormone receptor-associated protein complex 220 kDa component / Trap220 / Thyroid receptor-interacting protein 2 / TR-interacting protein 2 / TRIP-2 / Vitamin D receptor-interacting protein complex component DRIP205 / p53 regulatory protein RB18A


分子量: 2197.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-2VN / 2-[(4-{2-[(4-cyclohexylbutyl)(cyclohexylcarbamoyl)amino]ethyl}phenyl)sulfanyl]-2-methylpropanoic acid / GW-7647


分子量: 502.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H46N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Tris (pH 8.5), 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月23日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→43.13 Å / Num. obs: 54656 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 186839
反射 シェル解像度: 1.39→1.41 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2641 / CC1/2: 0.924 / Rpim(I) all: 0.213 / Rrim(I) all: 0.403 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.11.1_2575-000)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→43.13 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 21.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 5099 4.91 %
Rwork0.1835 --
obs0.1845 54640 94.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→43.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2189 0 41 146 2376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3513126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.773881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.39-1.40580.27251430.24743152X-RAY DIFFRACTION87
1.4058-1.42240.25011860.24143136X-RAY DIFFRACTION93
1.4224-1.43970.28391700.22733229X-RAY DIFFRACTION92
1.4397-1.45790.25671420.21883282X-RAY DIFFRACTION93
1.4579-1.47710.24081990.20993246X-RAY DIFFRACTION93
1.4771-1.49740.24431760.20033281X-RAY DIFFRACTION93
1.4974-1.51880.24861970.20313204X-RAY DIFFRACTION94
1.5188-1.54140.22361430.20163238X-RAY DIFFRACTION93
1.5414-1.56550.21731390.20243372X-RAY DIFFRACTION93
1.5655-1.59120.23251730.19093192X-RAY DIFFRACTION93
1.5912-1.61860.21341450.19393255X-RAY DIFFRACTION93
1.6186-1.64810.22811650.18573238X-RAY DIFFRACTION93
1.6481-1.67980.2311410.19083295X-RAY DIFFRACTION93
1.6798-1.7140.22871850.19113247X-RAY DIFFRACTION93
1.714-1.75130.23821620.19073306X-RAY DIFFRACTION95
1.7513-1.79210.22021890.18043302X-RAY DIFFRACTION95
1.7921-1.83690.2321520.18613338X-RAY DIFFRACTION95
1.8369-1.88650.17921710.18213375X-RAY DIFFRACTION95
1.8865-1.9420.24181960.19033268X-RAY DIFFRACTION95
1.942-2.00470.24361590.19683338X-RAY DIFFRACTION95
2.0047-2.07640.20761550.1873355X-RAY DIFFRACTION96
2.0764-2.15950.21372050.18113274X-RAY DIFFRACTION95
2.1595-2.25780.18231810.17843337X-RAY DIFFRACTION95
2.2578-2.37680.19791730.17883299X-RAY DIFFRACTION95
2.3768-2.52570.21871450.19223262X-RAY DIFFRACTION93
2.5257-2.72070.20461790.18873314X-RAY DIFFRACTION95
2.7207-2.99440.18881720.19463342X-RAY DIFFRACTION95
2.9944-3.42760.22371710.19353396X-RAY DIFFRACTION97
3.4276-4.31780.17291830.15763414X-RAY DIFFRACTION99
4.3178-43.130.16942020.15913387X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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