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- PDB-9ivy: Pseudomonas aeruginosa Histidinol dehydrogenase with NADH and Zn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ivy
タイトルPseudomonas aeruginosa Histidinol dehydrogenase with NADH and Zn
要素Histidinol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidinol dehydrogenase / histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / NAD binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histidinol dehydrogenase, conserved site / Histidinol dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase, monofunctional / Histidinol dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase signature. / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Histidinol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Choudhury, G.B. / Datta, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure-guided revelation of metal ion-dependent functional ambiguity in Pseudomonas aeruginosa histidinol dehydrogenase.
著者: Basu Choudhury, G. / Chatterjee, R. / Saha, A. / Sarkar, D.J. / Das, B.K. / Datta, S.
履歴
登録2024年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidinol dehydrogenase
B: Histidinol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,59810
ポリマ－94,4592
非ポリマー1,1398
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10600 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area33090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.299, 89.527, 139.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histidinol dehydrogenase / HDH


分子量: 47229.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: hisD, CAZ10_21075, IPC1295_15380, PA52Ts2_1476, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_06424
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZEH5, histidinol dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 206分子

#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 30% PEG 400,100mM NaAcetate, pH 4.5, 100mM CaAcetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→27.56 Å / Num. obs: 69670 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.33→2.43 Å / Num. unique obs: 3856 / CC1/2: 0.756

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→27.56 Å / SU ML: 0.2627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.1734
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 3787 5.44 %
Rwork0.1998 65883 -
obs0.2022 69670 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→27.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6532 0 62 198 6792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00386717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61049141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1895963
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.360.34331370.27252415X-RAY DIFFRACTION99.73
2.36-2.390.40531440.27722469X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.420.31681390.27192460X-RAY DIFFRACTION99.96
2.42-2.460.30571430.26462409X-RAY DIFFRACTION99.96
2.46-2.490.26861430.26232460X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.530.31951360.25242395X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.570.28861420.25022455X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.620.29641420.23652452X-RAY DIFFRACTION99.96
2.62-2.670.3531380.24622466X-RAY DIFFRACTION99.92
2.67-2.720.31411380.23982437X-RAY DIFFRACTION99.96
2.72-2.770.29521360.24952427X-RAY DIFFRACTION99.96
2.77-2.830.32691420.23632429X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-2.90.29031440.23942459X-RAY DIFFRACTION99.96
2.9-2.970.28981410.23992423X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.050.30771370.22662451X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.140.31271390.21532429X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.22271400.20812446X-RAY DIFFRACTION99.96
3.24-3.360.27721400.20782437X-RAY DIFFRACTION99.96
3.36-3.490.24171450.19052453X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.650.22261340.18382429X-RAY DIFFRACTION99.96
3.65-3.840.21061430.17692452X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.080.16581430.15722445X-RAY DIFFRACTION99.92
4.08-4.40.17851390.15562416X-RAY DIFFRACTION99.92
4.4-4.840.17141410.15052474X-RAY DIFFRACTION100
4.84-5.530.20291440.17722429X-RAY DIFFRACTION99.96
5.53-6.950.23781390.19212437X-RAY DIFFRACTION99.96
6.96-27.560.16681380.15912429X-RAY DIFFRACTION99.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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