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万見
- PDB-9ivc: Cryo-EM structure of AbA-bound Aur1-Kei1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ivc
タイトルCryo-EM structure of AbA-bound Aur1-Kei1 complex
要素
  • Aureobasidin A
  • Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1
  • Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol phosphorylceramide synthase / mannosyl diphosphorylinositol ceramide metabolic process / inositol phosphoceramide synthase activity / inositol phosphoceramide synthase complex / inositol phosphoceramide synthase regulator activity / inositol phosphoceramide metabolic process / sphingolipid biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum ...inositol phosphorylceramide synthase / mannosyl diphosphorylinositol ceramide metabolic process / inositol phosphoceramide synthase activity / inositol phosphoceramide synthase complex / inositol phosphoceramide synthase regulator activity / inositol phosphoceramide metabolic process / sphingolipid biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositolphosphorylceramide synthase subunit Kei1 / Inositolphosphotransferase Aur1/Ipt1 / : / Inositolphosphorylceramide synthase subunit Kei1 / PAP2 superfamily / Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1 / Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Aureobasidium pullulans R106 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Xie, T. / Wu, X. / Gong, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanisms of aureobasidin A inhibition and drug resistance in a fungal IPC synthase complex.
著者: Xinyue Wu / Xin Gong / Tian Xie /
要旨: The enzyme inositol phosphorylceramide (IPC) synthase is essential for survival and virulence in fungi, while absent in mammals, thus representing a potential target for antifungal treatments. ...The enzyme inositol phosphorylceramide (IPC) synthase is essential for survival and virulence in fungi, while absent in mammals, thus representing a potential target for antifungal treatments. Aureobasidin A (AbA), a natural cyclic peptide, displays antifungal activity and inhibits IPC synthase, but the precise molecular mechanism remains unclear. Here, we present the cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae IPC synthase, composed of catalytic subunit Aur1 and regulatory subunit Kei1, in its AbA-bound state. The complex is resolved as a dimer of Aur1-Kei1 heterodimers, with Aur1 mediating homodimerization. AbA occupies a predominantly hydrophobic pocket in the catalytic core domain of each Aur1 subunit, blocking the entry of both substrates. Mutations conferring AbA resistance cluster near the AbA-binding site, thus interfering with AbA binding. Our study lays a foundation for the development of therapeutic drugs targeting fungal IPC synthase.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1
B: Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1
C: Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1
D: Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1
E: Aureobasidin A
F: Aureobasidin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,7076
ポリマ－157,7076
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1 / IPC synthase catalytic subunit AUR1 / Aureobasidin A resistance protein / Phosphatidylinositol: ...IPC synthase catalytic subunit AUR1 / Aureobasidin A resistance protein / Phosphatidylinositol:ceramide phosphoinositol transferase


分子量: 49956.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: AUR1, YKL004W / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P36107, inositol phosphorylceramide synthase
#2: タンパク質 Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1 / ICP synthase regulatory subunit KEI1 / KEX2-cleavable protein essential for inositol ...ICP synthase regulatory subunit KEI1 / KEX2-cleavable protein essential for inositol phosphorylceramide synthesis


分子量: 27777.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: KEI1, YDR367W / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q06346
#3: タンパク質・ペプチド Aureobasidin A


分子量: 1119.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aureobasidium pullulans R106 (菌類)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Aur1-Kei1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 186487 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0088934
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.02712212
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.691130
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0541366
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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