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- PDB-9iut: Crystal structure of cancer-specific anti-HER2 antibody H2Mab-250... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iut
タイトルCrystal structure of cancer-specific anti-HER2 antibody H2Mab-250 in complex with epitope peptide
要素
  • H2Mab-250 VH(S112C)-SARAH
  • H2Mab-250 VL-SARAH(S37C)
  • H2Mab-250 epitope peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fv-clasp / antibody / cancer-specific / HER2
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / neuromuscular junction development / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / oligodendrocyte differentiation / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of angiogenesis / Schwann cell development / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / coreceptor activity / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / myelination / positive regulation of MAP kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / basal plasma membrane / positive regulation of translation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / wound healing / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / Signaling by ERBB2 ECD mutants / receptor protein-tyrosine kinase / neuromuscular junction / cellular response to growth factor stimulus / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / ruffle membrane / Downregulation of ERBB2 signaling / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / presynaptic membrane / heart development / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / basolateral plasma membrane / early endosome / cell population proliferation / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of MAPK cascade
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Arimori, T. / Takagi, J.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02416 日本
引用ジャーナル: Cell Stem Cell / 年: 2025
タイトル: Preferential tumor targeting of HER2 by iPSC-derived CAR T cells engineered to overcome multiple barriers to solid tumor efficacy.
著者: Hosking, M.P. / Shirinbak, S. / Omilusik, K. / Chandra, S. / Kaneko, M.K. / Gentile, A. / Yamamoto, S. / Shrestha, B. / Grant, J. / Boyett, M. / Cardenas, D. / Keegan, H. / Ibitokou, S. / ...著者: Hosking, M.P. / Shirinbak, S. / Omilusik, K. / Chandra, S. / Kaneko, M.K. / Gentile, A. / Yamamoto, S. / Shrestha, B. / Grant, J. / Boyett, M. / Cardenas, D. / Keegan, H. / Ibitokou, S. / Pavon, C. / Mizoguchi, T. / Ihara, T. / Nakayama, D. / Abujarour, R. / Lee, T.T. / Clarke, R. / Goodridge, J. / Peralta, E. / Maeda, T. / Takagi, J. / Arimori, T. / Kato, Y. / Valamehr, B.
履歴
登録2024年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H2Mab-250 VH(S112C)-SARAH
B: H2Mab-250 VL-SARAH(S37C)
C: H2Mab-250 epitope peptide
D: H2Mab-250 VH(S112C)-SARAH
E: H2Mab-250 VL-SARAH(S37C)
F: H2Mab-250 epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9626
ポリマ－77,9626
非ポリマー00
水6,738374
1
A: H2Mab-250 VH(S112C)-SARAH
B: H2Mab-250 VL-SARAH(S37C)
C: H2Mab-250 epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9813
ポリマ－38,9813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
2
D: H2Mab-250 VH(S112C)-SARAH
E: H2Mab-250 VL-SARAH(S37C)
F: H2Mab-250 epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9813
ポリマ－38,9813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.545, 123.199, 96.083
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-227-

HOH

21E-247-

HOH

-
要素

#1: 抗体 H2Mab-250 VH(S112C)-SARAH


分子量: 18801.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The VH domain region (residues 1-113) of this chimeric protein is derived from Mus musculus, while the SARAH domain region (residues 114-164) is derived from Homo sapiens.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 H2Mab-250 VL-SARAH(S37C)


分子量: 19145.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The VL domain region (residues 1-108) of this chimeric protein is derived from Mus musculus, while the SARAH domain region (residues 109-159) is derived from Homo sapiens.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド H2Mab-250 epitope peptide / Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / ...Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / p185erbB2


分子量: 1034.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04626, receptor protein-tyrosine kinase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→42.3 Å / Num. obs: 41195 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 32.02 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 10.66
反射 シェル解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 6539 / CC1/2: 0.798 / Rsym value: 0.83 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→37.07 Å / SU ML: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7927
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 2059 5 %
Rwork0.2012 39129 -
obs0.203 41188 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→37.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5297 0 0 374 5671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55397302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5569729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.140.31741330.28642528X-RAY DIFFRACTION98.12
2.14-2.190.2731360.26892588X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.250.28371360.25932586X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.320.26551360.25232570X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.390.30311360.24072584X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.480.27981370.24062610X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.580.31370.23852597X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.690.27921350.2432583X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.840.2941380.24812616X-RAY DIFFRACTION99.96
2.84-3.010.26891370.23082590X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.250.24291380.22542623X-RAY DIFFRACTION99.89
3.25-3.570.25591370.19132604X-RAY DIFFRACTION99.93
3.57-4.090.20851380.16662636X-RAY DIFFRACTION99.82
4.09-5.150.16151400.14012658X-RAY DIFFRACTION99.68
5.15-37.070.18671450.16952756X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33234757310.614621065425-0.585201126932.9348224128-1.135295208742.12897129251-0.0158578993411-0.002921813148850.003460251362380.0429211894331-0.0484956476604-0.0432759975128-0.0304529663375-0.1317292080440.005941797452640.210441449376-0.0150575154209-0.01424022691810.40213588684-0.04169404030980.21745313130117.42820988444.87633695703-36.051333262
21.263774024410.202342463545-0.7881586139242.01414019089-0.7260785381641.762797404170.0465464803376-0.06247653779870.195074608238-0.0696190026905-0.0677122745621-0.0263581966652-0.109090411307-0.1808053426310.02928839546130.2102494032390.0205535959349-0.0207991022820.374924884745-0.01389473144870.25518175744519.21289201618.89739590335-38.9066337828
32.22885426382-0.194712385084-1.670618337752.225668655880.6208453632465.880361877370.1634516811270.4070744796670.6880937944720.1316532961130.0438357438890.388272113047-1.05114772363-0.632672027812-0.405864507540.657487628551-0.00792236294551-0.002813055221870.3899789347560.05544986073570.50690783809435.954878979726.6309488279-63.4037267261
4-0.185625334681-1.843928954892.298590892314.73451449902-6.564080843115.336800972710.1147430916290.139341109085-0.07740775847-0.0709444696381-0.13154465872-0.01177836076830.05795867735880.4837247356820.122668577580.370622686363-0.04532980778050.02727749392710.4850337629570.02784576155310.32639355695746.75707893555.85443153521-46.2226348806
52.63453379070.2289024336510.4398797628881.920522683760.0639314101183.509018260580.0590445853842-0.304100936646-0.01468038982190.134193165536-0.0547692893484-0.128992282068-0.0261245560027-0.02654234646360.002410043571490.223024849742-0.0396210187994-0.0131127827740.393512959197-0.03192916955340.22667847857124.31715155164.29214937087-16.9177786386
60.3158476551910.08685469091680.4338768000120.47606691846-0.07118699854741.0894976414-0.0651821354051-0.06736932500520.058725590218-0.03459414787810.0519429483583-0.06294314922220.165723044645-0.2543149425570.01978626819110.2249273867890.007421883968430.02667404689210.3549191239380.03240716844340.26635016990338.08489601634.53534752629-40.9179056811
76.12493199019-0.09292388099770.399069395415.04053964662-1.898761536374.895813635460.39973166309-0.485394993085-0.1497879340830.4830082440750.04441076686060.39349341323-0.292143918218-0.468162515291-0.5311940604710.319667511494-0.09665139916340.05313812930940.562742740426-0.0792990539890.2776823508048.563511678962.88475064925-23.2310228798
83.09027439089-0.8166187795981.226239409441.77361510745-1.14526196811.3073376180.03757816718790.4479593684270.140527631894-0.294756754182-0.05912601285340.08690157336530.02092507849370.0172226974480.01666687768570.2928175380650.00567883311639-0.03204026074130.4568940941350.02156280117830.26612218015850.979262667220.2520790784-12.346448799
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106.576653700452.498986085316.707751246771.75050387582.620064494357.73730254005-0.185947735070.2364880265540.152607176371-0.06538167023190.1155658041010.102386396817-0.148311844110.1861445368810.06452966161540.2069568938180.03704788649260.03458333990360.2854476534640.01131416093360.20669219752652.629485075748.6715235483-21.4393470057
111.883613559620.5600228133420.2799168322774.91610569211-0.7270316221082.67288696234-0.0396725030618-0.1282258241220.1125427463660.158893690012-0.0291503622064-0.0440450122099-0.0813741796559-0.1171910353480.06895623762130.2227734680070.02299983747980.00395733192880.3382862430760.01083564581140.22726028799755.364040579827.18290619057.69535352966
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134.263481836350.378205275026-0.5672776839345.792163428081.822974907925.50286822274-0.225976344379-0.401539373509-0.8058222652490.2444894289810.1420747160930.04481639820740.978087610950.08058368629490.001276655440180.3643747058430.04494699094420.03731065992080.2340171404320.03077553152470.41400468071654.622492502810.41703147482.03144690301
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 60 )AA-1 - 601 - 63
22chain 'A' and (resid 61 through 117 )AA61 - 11764 - 122
33chain 'A' and (resid 118 through 124 )AA118 - 124123 - 129
44chain 'A' and (resid 125 through 162 )AA125 - 162130 - 167
55chain 'B' and (resid 0 through 101 )BB0 - 1011 - 107
66chain 'B' and (resid 102 through 164 )BB102 - 164108 - 164
77chain 'C' and (resid 611 through 618 )CC611 - 6181 - 8
88chain 'D' and (resid 0 through 117 )DD0 - 1171 - 121
99chain 'D' and (resid 118 through 124 )DD118 - 124122 - 128
1010chain 'D' and (resid 125 through 162 )DD125 - 162129 - 166
1111chain 'E' and (resid 1 through 101 )EE1 - 1011 - 106
1212chain 'E' and (resid 102 through 159 )EE102 - 159107 - 159
1313chain 'F' and (resid 611 through 618 )FF611 - 6181 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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