PDB-9iue: cryo-EM structure of FtsE/X and ZipA complex in filament

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iue

タイトル

cryo-EM structure of FtsE/X and ZipA complex in filament

要素

Cell division ATP-binding protein FtsE
Cell division protein FtsX
Cell division protein ZipA

キーワード

CELL CYCLE / cell division / division filament / FtsE/X / ZipA

機能・相同性

機能・相同性情報

division septum / divisome complex / Gram-negative-bacterium-type cell wall / signal recognition particle binding / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Zhu, K.F. / Li, J.W. / Luo, M.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of FtsE/X and ZipA complex in filament
著者: Zhu, K.F. / Li, J.W. / Luo, M.

履歴

登録	2024年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iue.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iue.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iue.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iue_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iue_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	9iue_validation.xml.gz	272.2 KB	表示
CIF形式データ	9iue_validation.cif.gz	408.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/9iue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/9iue	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60898MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

1: Cell division protein ZipA

2: Cell division protein ZipA

5: Cell division ATP-binding protein FtsE

6: Cell division ATP-binding protein FtsE

A: Cell division protein FtsX

B: Cell division protein FtsX

C: Cell division protein FtsX

D: Cell division protein FtsX

E: Cell division protein ZipA

F: Cell division protein ZipA

G: Cell division ATP-binding protein FtsE

H: Cell division ATP-binding protein FtsE

I: Cell division protein FtsX

J: Cell division protein FtsX

K: Cell division protein ZipA

L: Cell division protein ZipA

M: Cell division ATP-binding protein FtsE

N: Cell division ATP-binding protein FtsE

O: Cell division protein FtsX

P: Cell division protein FtsX

Q: Cell division protein ZipA

R: Cell division protein ZipA

S: Cell division ATP-binding protein FtsE

T: Cell division ATP-binding protein FtsE

U: Cell division protein FtsX

V: Cell division protein FtsX

W: Cell division protein ZipA

X: Cell division protein ZipA

Y: Cell division ATP-binding protein FtsE

Z: Cell division ATP-binding protein FtsE

a: Cell division protein FtsX

b: Cell division protein FtsX

c: Cell division protein ZipA

d: Cell division protein ZipA

e: Cell division ATP-binding protein FtsE

f: Cell division ATP-binding protein FtsE

g: Cell division protein FtsX

h: Cell division protein FtsX

i: Cell division protein ZipA

j: Cell division protein ZipA

k: Cell division ATP-binding protein FtsE

l: Cell division ATP-binding protein FtsE

m: Cell division protein FtsX

n: Cell division protein FtsX

o: Cell division protein ZipA

p: Cell division protein ZipA

q: Cell division ATP-binding protein FtsE

r: Cell division ATP-binding protein FtsE

s: Cell division protein FtsX

t: Cell division protein FtsX

u: Cell division protein ZipA

v: Cell division protein ZipA

w: Cell division ATP-binding protein FtsE

x: Cell division ATP-binding protein FtsE

ヘテロ分子

1.81 MDa, 54 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Cell division protein ZipA / FtsZ interacting protein A 分子量: 36517.199 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: zipA, b2412, JW2404 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P77173
#2: タンパク質	Cell division ATP-binding protein FtsE 分子量: 24832.695 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: ftsE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W1F1D8
#3: タンパク質	Cell division protein FtsX 分子量: 38583.500 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: ftsX, ftsS, b3462, JW3427 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC30
#4: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: complex of FtsE/X-ZipA in filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡撮影

実験機器

モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

顕微鏡

モデル: TFS KRIOS

電子銃

電子線源:

FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM

電子レンズ

モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm

撮影

ID	Imaging-ID	電子線照射量 (e/Å²)	フィルム・検出器のモデル
1	1	40	GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
2	1	36.65	GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
3	1	36.65	GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

画像処理

ID	Image recording-ID
1	1
2	2
3	3
4	1

CTF補正

ID	EM image processing-ID	タイプ
1	1	PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
2	2	PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3	3	PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
4	4	PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

ID	解像度 (Å)	解像度の算出法	粒子像の数	Image processing-ID	Entry-ID	対称性のタイプ
1	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	198736	1	9IUE	POINT
2	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
3	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
4	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
5	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
6	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
7	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
8	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
9	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
10	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
11	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
12	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
13	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
14	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
15	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
16	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	1	9IUE	POINT
17	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	198736	2	9IUE	POINT
18	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
19	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
20	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
21	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
22	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
23	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
24	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
25	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
26	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
27	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
28	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
29	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
30	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
31	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
32	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	2	9IUE	POINT
33	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	198736	3	9IUE	POINT
34	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
35	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
36	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
37	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
38	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
39	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
40	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
41	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
42	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
43	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
44	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
45	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
46	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
47	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
48	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	3	9IUE	POINT
49	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	198736	4	9IUE	POINT
50	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
51	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
52	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
53	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
54	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
55	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
56	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
57	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
58	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
59	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
60	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
61	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
62	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
63	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT
64	3.3	FSC 0.143 CUT-OFF	194215	4	9IUE	POINT

精密化

最高解像度: 3.3 Å

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)