[日本語] English
万見
- PDB-9it4: Structure of Clr4 catalyzing histone H3 K9 methylation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9it4
タイトルStructure of Clr4 catalyzing histone H3 K9 methylation
要素
  • Histone H3.1/H3.2
  • Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific
キーワードGENE REGULATION / Epigenetics / Methylation / Crosstalk / Histone
機能・相同性
機能・相同性情報


Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CLRC complex / Oxidative Stress Induced Senescence / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of pericentric heterochromatin formation / co-transcriptional gene silencing by RNA interference machinery / Estrogen-dependent gene expression ...Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CLRC complex / Oxidative Stress Induced Senescence / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of pericentric heterochromatin formation / co-transcriptional gene silencing by RNA interference machinery / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase / nucleolar peripheral inclusion body / subtelomeric heterochromatin / Transcriptional regulation by small RNAs / mating-type region heterochromatin / heterochromatin boundary formation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / histone H3K9 trimethyltransferase activity / mitotic sister chromatid biorientation / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / ubiquitin-modified histone reader activity / pericentric heterochromatin formation / chromatin-protein adaptor activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / spindle pole body / silent mating-type cassette heterochromatin formation / histone methyltransferase activity / subtelomeric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / heterochromatin / ubiquitin binding / histone reader activity / methyltransferase activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / methylation / single-stranded RNA binding / protein heterodimerization activity / DNA damage response / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone H3-K9 methyltransferase / : / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain ...Histone H3-K9 methyltransferase / : / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific / Histone H3.1/H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Du, Y.X. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of Histone H3K9 Methyltransferase Clr4 Regulation by Proximal H3K14 Ubiquitination in-cis
著者: Du, Y.X. / Liu, L.
履歴
登録2024年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific
F: Histone H3.1/H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5457
ポリマ－35,8852
非ポリマー6605
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.130, 70.384, 110.466
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-681-

HOH

21B-714-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific / Cryptic loci regulator 4 / Histone H3-K9 methyltransferase / H3-K9-HMTase / HKMT / Lysine N- ...Cryptic loci regulator 4 / Histone H3-K9 methyltransferase / H3-K9-HMTase / HKMT / Lysine N-methyltransferase 1 / Protein lysine methyltransferase clr4 / PKMT


分子量: 34078.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: clr4, kmt1, SPBC428.08c / Variant: 972 / ATCC 24843 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60016, [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase, [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1/H3.2


分子量: 1807.084 Da / 分子数: 1 / Mutation: K9L, K14C / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
参照: UniProt: P09988
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M MES, pH 6.0, 8 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979176 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→36.88 Å / Num. obs: 14058 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 30.07 Å2 / CC1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 15.56
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
2.29-2.345650.9551
2.34-2.386170.9541
2.38-2.436440.9651
2.43-2.486820.9791
2.48-2.536970.9741
2.53-2.597040.9761
2.59-2.666950.981
2.66-2.737040.9851
2.73-2.817190.991
2.81-2.96950.9911
2.9-37200.9911
3-3.127070.9921
3.12-3.267310.9951
3.26-3.446900.9951
3.44-3.657320.9931
3.65-3.937320.9911
3.93-4.337120.9961
4.33-4.957420.9941
4.95-6.247560.9941
6.24-36.888140.9941

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BP4

6bp4


解像度: 2.39→36.88 Å / SU ML: 0.2617 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.42 / 位相誤差: 25.2182
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 1142 10.01 %
Rwork0.221 10266 -
obs0.2254 11408 90.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→36.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2262 0 31 142 2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88453161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7538862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.50.33691080.2622980X-RAY DIFFRACTION70.51
2.5-2.630.33961160.2671075X-RAY DIFFRACTION76.2
2.63-2.790.33941320.25391186X-RAY DIFFRACTION84.76
2.8-3.010.27831530.24341343X-RAY DIFFRACTION96.52
3.01-3.310.29471560.231394X-RAY DIFFRACTION98.98
3.31-3.790.2871490.22061351X-RAY DIFFRACTION95.3
3.79-4.780.19361600.18711430X-RAY DIFFRACTION98.82
4.78-36.880.24221680.21021507X-RAY DIFFRACTION98.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.256036289992.066883814362.514558562283.27175540425-2.891925564379.060971716670.164501179520.30117306722-0.141438413618-0.189090629219-0.398140666247-0.0569020309743-0.1583183708040.04123981381590.1201904854240.5540645025270.1069236382090.07025986253220.260347291818-0.03794367578690.35411108683222.907254882818.48136875574.07866056676
20.924273155578-0.5009816029140.3487805332543.40140446612-0.4926541852652.86156727645-0.07493201977170.00352263170737-0.02581825439120.160862750837-0.117969963216-0.2253397461020.03683866528890.208065556640.1717904834150.138226908635-0.02070839981040.02913006994860.167432830318-0.002253062894370.21073267319821.33951749065.3667964529829.0779692932
31.25223335249-1.12104322749-0.3618777993716.908439927640.8199711458712.55225952887-0.0555784485891-0.0963868189386-0.06584333708090.0139763937047-0.1145084493070.765101747055-0.0173449740966-0.4478632644990.07454650476580.126814894158-0.0268107334139-0.01823885800070.213685359416-0.02277812006920.2659982530619.086616665789.2859336579125.7285869603
45.65179659586-1.32808004866-2.392906839924.87108250144-0.0809640108893.59100660281-0.4940632288010.328651909319-0.692323713911-0.690884294826-0.05755443525010.5226967775920.486181111279-0.2145906237910.2105100679490.413079285562-0.1389336362150.001205036172910.127542471594-0.09005956504850.27770097457814.464677328-3.7417209379417.4796107347
54.0675169519-1.173000301533.110463981386.55974497191-1.256395041515.341520583150.132047108109-0.713686092265-0.0741759959799-0.2225923436290.4959905415451.645541838980.314892467716-0.882406161863-0.442540883280.351073342789-0.11106703496-0.1518888152750.440298914280.00943462662130.6945516152912.44377454527-4.570856598513.4059857923
67.29368285668-9.91421766264.902799684242.00072796735-5.293609642034.488634294210.110852557725-0.662428628614-1.114994725512.10360906524-0.1666635673682.497590284181.2826466697-2.699103081160.04097365818910.470600449859-0.235500441250.278286291210.891600647817-0.1318883481570.527947098986-1.572746321887.3303103740423.2361469678
71.69982163171-2.40904155391-0.6453612587117.4728217776.185036178897.11584161624-0.0462643791159-0.395722733561-2.280989069311.39655631686-0.28612594219-0.07092995746652.956696452121.342725226390.162352494780.7886502646010.1704258698160.004496036321410.4878703638720.1245287043530.9642961645326.77771635454-4.2542813644732.884563147
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 195 through 214 )BA195 - 2141 - 20
22chain 'B' and (resid 215 through 359 )BA215 - 35921 - 162
33chain 'B' and (resid 360 through 437 )BA360 - 437163 - 238
44chain 'B' and (resid 438 through 475 )BA438 - 475239 - 257
55chain 'B' and (resid 476 through 490 )BA476 - 490258 - 272
66chain 'F' and (resid 5 through 8 )FH5 - 81 - 4
77chain 'F' and (resid 10 through 18 )FH10 - 186 - 14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る