PDB-9is1: Pasteurization-treated beta-conglycinin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9is1

タイトル

Pasteurization-treated beta-conglycinin

要素

Beta-conglycinin beta subunit 2

キーワード

PLANT PROTEIN / beta-conglycinin / beta homotrimers

機能・相同性

機能・相同性情報

aleurone grain / protein storage vacuole / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Zhang, T. / Li, J.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization and structural analyses of beta-conglycinin after thermal sterilization
著者: Li, J.Y. / Zhang, T.

履歴

登録	2024年7月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9is1.cif.gz	296 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9is1.ent.gz	191.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9is1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9is1_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9is1_full_validation.pdf.gz	478 KB	表示
XML形式データ	9is1_validation.xml.gz	54.9 KB	表示
CIF形式データ	9is1_validation.cif.gz	71.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9is1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9is1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9is0C 9is2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Beta-conglycinin beta subunit 2

A: Beta-conglycinin beta subunit 2

B: Beta-conglycinin beta subunit 2

133 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.110, 83.460, 86.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Beta-conglycinin beta subunit 2 / CG-beta-2 分子量: 44491.543 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: CG-4, GLYMA_20G148200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F7J077
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG400, 0.1M Magnesium Chloride hexahydrate, 0.1M Tris Temp details: Before crystallization, the protein sample was heated to 353.15K for 30S

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月16日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→37.45 Å / Num. obs: 125347 / % possible obs: 96.02 % / 冗長度: 1.34 % / B_iso Wilson estimate: 27.46 Å² / CC_1/2: 0.474 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.01→2.04 Å / Num. unique obs: 4393 / CC_1/2: 0.474

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHASER	2.7.0	位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→37.45 Å / SU ML: 0.327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.9522
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2945	3682	2.94 %
R_work	0.2442	121665	-
obs	0.2457	125347	89.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→37.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8985	0	0	476	9461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	9159
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1046	12387
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0097	1671
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6686	1209

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.04	0.3779	153	0.326	4393	X-RAY DIFFRACTION	84.48
2.04-2.06	0.3639	117	0.3408	4207	X-RAY DIFFRACTION	80.67
2.06-2.09	0.4528	111	0.3915	3937	X-RAY DIFFRACTION	74.81
2.09-2.13	0.4672	131	0.3481	4684	X-RAY DIFFRACTION	88.46
2.13-2.16	0.3023	153	0.3318	4653	X-RAY DIFFRACTION	90.07
2.16-2.19	0.4023	127	0.333	4769	X-RAY DIFFRACTION	90.03
2.19-2.23	0.4402	141	0.3627	4446	X-RAY DIFFRACTION	85.82
2.23-2.27	0.5487	71	0.4535	2609	X-RAY DIFFRACTION	49.71
2.27-2.32	0.4099	158	0.3765	4429	X-RAY DIFFRACTION	84.68
2.32-2.36	0.3367	155	0.2984	4908	X-RAY DIFFRACTION	94.28
2.36-2.41	0.3453	146	0.2796	5060	X-RAY DIFFRACTION	96.35
2.41-2.47	0.3196	143	0.2728	5065	X-RAY DIFFRACTION	96.73
2.47-2.53	0.2655	143	0.2602	5082	X-RAY DIFFRACTION	96.87
2.53-2.6	0.3161	174	0.2714	5058	X-RAY DIFFRACTION	96.8
2.6-2.68	0.3857	149	0.2886	4724	X-RAY DIFFRACTION	90.83
2.68-2.76	0.3331	143	0.2823	4885	X-RAY DIFFRACTION	93.09
2.76-2.86	0.3245	150	0.2536	5009	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.86-2.98	0.2371	162	0.2368	5132	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.98-3.11	0.279	153	0.2325	5145	X-RAY DIFFRACTION	97.66
3.11-3.28	0.2621	149	0.2266	5085	X-RAY DIFFRACTION	97.38
3.28-3.48	0.2854	145	0.215	4699	X-RAY DIFFRACTION	89.75
3.48-3.75	0.2691	128	0.2177	4371	X-RAY DIFFRACTION	84.05
3.75-4.13	0.2475	137	0.2013	4533	X-RAY DIFFRACTION	86.64
4.13-4.72	0.231	150	0.1657	5019	X-RAY DIFFRACTION	95.69
4.72-5.95	0.2677	152	0.1901	5011	X-RAY DIFFRACTION	95.77
5.95-37.45	0.2443	141	0.2167	4752	X-RAY DIFFRACTION	90.9

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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