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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9is2 | ||||||
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Title | Unheat-treated beta-conglycinin | ||||||
![]() | Beta-conglycinin beta subunit 2 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / beta-conglycinin / glycoprotein | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, T. / Li, J.Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Characterization and structural analyses of beta-conglycinin after thermal sterilization Authors: Zhang, T. / Li, J.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 282.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 449.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 493.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 62.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9is0C ![]() 9is1C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44491.543 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 11% PEG4000, 0.1M Sodium Chloride, 0.1M Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2023 |
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.78→42.11 Å / Num. obs: 66251 / % possible obs: 99.67 % / Redundancy: 1.34 % / Biso Wilson estimate: 29.55 Å2 / CC1/2: 0.964 / Net I/σ(I): 4.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.78→2.82 Å / Num. unique obs: 66251 / CC1/2: 0.964 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.78→42.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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