PDB-9ipr: Crystal structure of CTB10-M1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ipr

タイトル

Crystal structure of CTB10-M1

要素

CTB10

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / artificial photoenzyme

機能・相同性

EthD domain / EthD domain / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / CTB10

機能・相同性情報

生物種

Cercospora sp. JNU001 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Fu, K. / Rao, Y.J.

資金援助

中国, 4件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Light-Driven Deracemization by a Designed Photoenzyme.
著者: Li, M. / Zhang, Y. / Fu, K. / Deng, Z. / Yuan, Z. / Luo, Z. / Rao, Y.

履歴

登録	2024年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ipr.cif.gz	225.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ipr.ent.gz	181 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ipr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ipr_validation.pdf.gz	493.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ipr_full_validation.pdf.gz	501.4 KB	表示
XML形式データ	9ipr_validation.xml.gz	53.2 KB	表示
CIF形式データ	9ipr_validation.cif.gz	69.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/9ipr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/9ipr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ikuSC 9iloC 9im9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CTB10

B: CTB10

C: CTB10

D: CTB10

E: CTB10

F: CTB10

G: CTB10

H: CTB10

132 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CTB10

B: CTB10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
33.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CTB10

D: CTB10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: CTB10

F: CTB10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: CTB10

H: CTB10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.080, 88.114, 87.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CTB10 分子量: 16544.771 Da / 分子数: 8 / 変異: W13F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cercospora sp. JNU001 (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A977K7H6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% isopropanol, 0.1 M MES monohydrate pH 5.5, 18%(W/V) PEG methyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→36.26 Å / Num. obs: 82804 / % possible obs: 98.96 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07234 / R_pim(I) all: 0.03242 / R_rim(I) all: 0.07953 / Net I/σ(I): 12.62
反射シェル	解像度: 1.94→2.009 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.3871 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique obs: 7618 / CC_1/2: 0.818 / CC star: 0.949 / R_pim(I) all: 0.2303 / R_rim(I) all: 0.4545 / % possible all: 91.72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 9IKU

9iku

解像度: 1.94→36.26 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	3871	4.68 %
R_work	0.1909	-	-
obs	0.1927	82675	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→36.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8115	0	0	734	8849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	11273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.606	1194
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.96	0.2918	127	0.2546	2419	X-RAY DIFFRACTION	86
1.96-1.99	0.2842	132	0.2217	2605	X-RAY DIFFRACTION	92
1.99-2.01	0.237	148	0.2104	2700	X-RAY DIFFRACTION	96
2.01-2.04	0.251	144	0.2064	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2794	170	0.218	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.07-2.1	0.2817	155	0.2156	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2472	159	0.2088	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2477	143	0.2028	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2488	136	0.2026	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.3002	162	0.2347	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2977	147	0.2236	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.34	0.2536	113	0.2087	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2639	116	0.206	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.2749	129	0.2016	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.27	124	0.2053	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.57	0.2414	135	0.1948	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.65	0.2866	146	0.2093	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.73	0.2546	142	0.2135	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.83	0.2508	128	0.2139	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.94	0.2807	132	0.2145	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.08	0.2964	122	0.2096	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.24	0.2556	125	0.2034	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.44	0.1959	151	0.1775	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.71	0.1916	140	0.1765	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.08	0.1764	128	0.169	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.67	0.1697	152	0.1395	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-5.88	0.1732	160	0.1614	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
5.88-36.26	0.2089	105	0.1819	2946	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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