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- PDB-9iku: Crystal structure of Se-Met CTB10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iku
タイトルCrystal structure of Se-Met CTB10
要素CTB10
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / presumable molecular container
機能・相同性EthD domain / EthD domain / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / CTB10
機能・相同性情報
生物種Cercospora sp. JNU001 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fu, K. / Rao, Y.J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Other private2021YFC2102700 中国
Other privateBK20202002 中国
Other privateKYCX20_1812 中国
Other privateKYCX20_1816 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Light-Driven Deracemization by a Designed Photoenzyme.
著者: Li, M. / Zhang, Y. / Fu, K. / Deng, Z. / Yuan, Z. / Luo, Z. / Rao, Y.
履歴
登録2024年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTB10
B: CTB10
C: CTB10
D: CTB10
E: CTB10
F: CTB10
G: CTB10
H: CTB10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4648
ポリマ－134,4648
非ポリマー00
水1,24369
1
A: CTB10
G: CTB10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6162
ポリマ－33,6162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
2
B: CTB10
F: CTB10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6162
ポリマ－33,6162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
3
C: CTB10
H: CTB10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6162
ポリマ－33,6162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
4
D: CTB10
E: CTB10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6162
ポリマ－33,6162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.890, 87.740, 85.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CTB10


分子量: 16807.969 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cercospora sp. JNU001 (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A977K7H6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% isopropanol, 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.5, 24%(W/V) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→57.72 Å / Num. obs: 47668 / % possible obs: 98.61 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 17.43
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9163 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 4790 / CC1/2: 0.803 / CC star: 0.944 / Rpim(I) all: 0.3681 / Rrim(I) all: 0.9887 / Χ2: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→57.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.75 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25614 2474 5.2 %RANDOM
Rwork0.19072 ---
obs0.19401 45193 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.63 Å2-0 Å2-0.57 Å2
2---0.88 Å2-0 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→57.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8103 0 0 69 8172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0128333
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0167486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.66511276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5311.57417515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7875989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.079529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.849101346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1135.5343980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1125.5333980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0258.3034961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0248.3044962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7135.9994353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7135.9994354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9738.7836316
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.76770.4518994
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.76770.4488994
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 186 -
Rwork0.31 3348 -
obs--99.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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