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万見
- PDB-9ipc: Poly-alanine model for LH-type bispecific diabody Ex3 composed of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ipc
タイトルPoly-alanine model for LH-type bispecific diabody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon (closed conformation)
要素
  • Epidermal growth factor receptor
  • LH-type bispecific diabody Ex3
  • T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain,T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
キーワードANTITUMOR PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / bispecific antibody / diabody / EGFR / CD3 / ternary complex / LH / Ex3 / 528 / OKT3 / ANTITUMOR PROTEIN / ANTITUMOR PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to UV-A / tongue development / positive regulation of cell-matrix adhesion / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / T cell receptor complex / ERBB2-EGFR signaling pathway / digestive tract morphogenesis / hydrogen peroxide metabolic process / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / smoothened signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / establishment or maintenance of cell polarity / response to cobalamin / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / dendrite development / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / alpha-beta T cell activation / PI3K events in ERBB2 signaling / Generation of second messenger molecules / negative regulation of mitotic cell cycle / FCGR activation / immunological synapse / MAP kinase kinase kinase activity / Co-inhibition by PD-1 / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / Role of phospholipids in phagocytosis / positive regulation of bone resorption / embryonic placenta development / T cell receptor binding / positive regulation of phosphorylation / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / T cell costimulation / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of interleukin-2 production / cerebellum development / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / ossification / positive regulation of DNA repair / T cell activation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of epithelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment ...CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sato, K. / Uehara, S. / Tsugita, A. / Matsui, T. / Asano, R. / Makabe, K. / Yokoyama, T. / Tanaka, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Bispecific antibody-antigen complex structures reveal activity enhancement by domain rearrangement
著者: Sato, K. / Uehara, S. / Tsugita, A. / Ishii, M. / Ishiyama, S. / Maejima, A. / Nakahara, I. / Nazuka, M. / Matsui, T. / Christos, G. / Yokoyama, T. / Kumagai, I. / Makabe, K. / Asano, R. / Tanaka, Y.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: LH-type bispecific diabody Ex3
C: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain,T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4773
ポリマ－148,4773
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 69496.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 抗体 LH-type bispecific diabody Ex3


分子量: 56040.844 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y52W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Brevibacillus choshinensis (バクテリア)
#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain,T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell receptor T3 gamma chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 22940.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3G, T3G, CD3E, T3E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09693, UniProt: P07766
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1LH-type bispecific antibody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilonCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Soluble Epidermal Growth Factor Receptor (sEGFR)COMPLEX#11RECOMBINANT
3LH-type bispecific diabody Ex3COMPLEX#21RECOMBINANT
4CD3 gamma-epsilonCOMPLEX#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
42Homo sapiens (ヒト)9606
53synthetic construct (人工物)32630
64Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
42Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
53Brevibacillus choshinensis (バクテリア)54911
64Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114886 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0025750
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4137973
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9161165
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461066
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0021165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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