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- EMDB-60764: Local refinement structure of sEGFR and 528 Fv (from HL-type bisp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60764
タイトルLocal refinement structure of sEGFR and 528 Fv (from HL-type bispecific diabody Ex3) complex
マップデータ
試料
  • 複合体: HL-type bispecific antibody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon
    • 複合体: Soluble Epidermal Growth Factor Receptor (sEGFR)
      • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor receptor
    • 複合体: HL-type bispecific diabody Ex3
      • タンパク質・ペプチド: 528 Fv from HL-type bispecific diabody Ex3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードbispecific antibody / diabody / EGFR / HL / Ex3 / 528 / local refinement / ANTITUMOR PROTEIN / ANTITUMOR PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma ...positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to UV-A / tongue development / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / digestive tract morphogenesis / hydrogen peroxide metabolic process / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / response to cobalamin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of mitotic cell cycle / MAP kinase kinase kinase activity / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / positive regulation of bone resorption / embryonic placenta development / positive regulation of phosphorylation / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ossification / positive regulation of DNA repair / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of epithelial cell proliferation / liver regeneration / epithelial cell proliferation / basal plasma membrane / Signal transduction by L1 / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein localization to plasma membrane / astrocyte activation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / lung development / EGFR downregulation / synaptic membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / Signaling by ERBB2 ECD mutants
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Sato K / Uehara S / Tsugita A / Matsui T / Asano R / Makabe K / Yokoyama T / Tanaka Y
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Bispecific antibody-antigen complex structures reveal activity enhancement by domain rearrangement
著者: Sato K / Uehara S / Tsugita A / Ishii M / Ishiyama S / Maejima A / Nakahara I / Nazuka M / Matsui T / Christos G / Yokoyama T / Kumagai I / Makabe K / Asano R / Tanaka Y
履歴
登録2024年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60764.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60764.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 302.592 Å		0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 302.592 Å		0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 302.592 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.065
最小 - 最大-0.29388818 - 0.48055947
平均 (標準偏差)0.00009781776 (±0.0045876047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 302.59198 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60764_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60764_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HL-type bispecific antibody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in t...

全体名称: HL-type bispecific antibody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon
要素
  • 複合体: HL-type bispecific antibody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon
    • 複合体: Soluble Epidermal Growth Factor Receptor (sEGFR)
      • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor receptor
    • 複合体: HL-type bispecific diabody Ex3
      • タンパク質・ペプチド: 528 Fv from HL-type bispecific diabody Ex3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HL-type bispecific antibody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in t...

超分子名称: HL-type bispecific antibody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Soluble Epidermal Growth Factor Receptor (sEGFR)

超分子名称: Soluble Epidermal Growth Factor Receptor (sEGFR) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: HL-type bispecific diabody Ex3

超分子名称: HL-type bispecific diabody Ex3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Epidermal growth factor receptor

分子名称: Epidermal growth factor receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.496062 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: LEEKKVCQGT SNKLTQLGTF EDHFLSLQRM FNNCEVVLGN LEITYVQRNY DLSFLKTIQE VAGYVLIALN TVERIPLENL QIIRGNMYY ENSYALAVLS NYDANKTGLK ELPMRNLQEI LHGAVRFSNN PALCNVESIQ WRDIVSSDFL SNMSMDFQNH L GSCQKCDP ...文字列:
LEEKKVCQGT SNKLTQLGTF EDHFLSLQRM FNNCEVVLGN LEITYVQRNY DLSFLKTIQE VAGYVLIALN TVERIPLENL QIIRGNMYY ENSYALAVLS NYDANKTGLK ELPMRNLQEI LHGAVRFSNN PALCNVESIQ WRDIVSSDFL SNMSMDFQNH L GSCQKCDP SCPNGSCWGA GEENCQKLTK IICAQQCSGR CRGKSPSDCC HNQCAAGCTG PRESDCLVCR KFRDEATCKD TC PPLMLYN PTTYQMDVNP EGKYSFGATC VKKCPRNYVV TDHGSCVRAC GADSYEMEED GVRKCKKCEG PCRKVCNGIG IGE FKDSLS INATNIKHFK NCTSISGDLH ILPVAFRGDS FTHTPPLDPQ ELDILKTVKE ITGFLLIQAW PENRTDLHAF ENLE IIRGR TKQHGQFSLA VVSLNITSLG LRSLKEISDG DVIISGNKNL CYANTINWKK LFGTSGQKTK IISNRGENSC KATGQ VCHA LCSPEGCWGP EPRDCVSCRN VSRGRECVDK CNLLEGEPRE FVENSECIQC HPECLPQAMN ITCTGRGPDN CIQCAH YID GPHCVKTCPA GVMGENNTLV WKYADAGHVC HLCHPNCTYG CTGPGLEGCP TNGPKIPSHH HHHH

UniProtKB: Epidermal growth factor receptor

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分子 #2: 528 Fv from HL-type bispecific diabody Ex3

分子名称: 528 Fv from HL-type bispecific diabody Ex3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 27.093129 KDa
組換発現生物種: Brevibacillus choshinensis (バクテリア)
配列文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQNIV HNNGITYLEW YLQKPGQSPQ LLIYKVSDRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCFQGSHI PPTFGQGTKV EIKRAAAAGG GGSGGGGSGG GGSGGGGSQV QLVQSGAEVK KPGASVKVSC K ASGYTFTS ...文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQNIV HNNGITYLEW YLQKPGQSPQ LLIYKVSDRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCFQGSHI PPTFGQGTKV EIKRAAAAGG GGSGGGGSGG GGSGGGGSQV QLVQSGAEVK KPGASVKVSC K ASGYTFTS YWMHWVRQAP GQGLEWMGNI WPGSGGTNYA EKFKNRVTMT RDTSISTAYM ELSRLRSDDT AVYYCARSGG PY FFDYWGQ GTLVTVSS

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 781005
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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