[日本語] English
万見
- PDB-9inm: Crystal structure of MERS main protease in complex with Bofutrelvir -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9inm
タイトルCrystal structure of MERS main protease in complex with Bofutrelvir
要素3C-like proteinase nsp5
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / endonuclease activity ...host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / endonuclease activity / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-[(2~{S})-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide / Chem-FHR / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Wang, W.W. / Zhou, X.L. / Wang, Q.S. / Li, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Inhibitory efficacy and structural insights of Bofutrelvir against SARS-CoV-2 M pro mutants and MERS-CoV M pro.
著者: Wang, W. / Zhou, X. / Li, W. / Zeng, P. / Guo, L. / Wang, Q. / Li, J.
履歴
登録2024年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase nsp5
B: 3C-like proteinase nsp5
C: 3C-like proteinase nsp5
D: 3C-like proteinase nsp5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1688
ポリマ－131,3584
非ポリマー1,8104
水5,747319
1
A: 3C-like proteinase nsp5
ヘテロ分子

D: 3C-like proteinase nsp5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5844
ポリマ－65,6792
非ポリマー9052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24630 Å2
手法PISA
2
B: 3C-like proteinase nsp5
C: 3C-like proteinase nsp5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5844
ポリマ－65,6792
非ポリマー9052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area24620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.193, 80.665, 100.552
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.406, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
3C-like proteinase nsp5 / 3CL-PRO / 3CLp / nsp5


分子量: 32839.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: K9N7C7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-FHR / ~{N}-[(2~{S})-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 452.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
参照: ~{N}-[(2~{S})-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium formate, 0.1M BICINE pH8.5 20% PEG5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→70.35 Å / Num. obs: 61857 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 36.9933893164 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.34→2.47 Å / Rmerge(I) obs: 1.383 / Num. unique obs: 8952

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→70.35 Å / SU ML: 0.352051276742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33505366433 / 位相誤差: 30.5483034906
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274800564053 3066 4.98504162331 %
Rwork0.22792709097 58438 -
obs0.230316419589 61504 97.8225947545 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.8878297658 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→70.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8993 0 132 319 9444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01012191751339358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0431832408512766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05668646822721470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006371719733991623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.612453825665378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.37860.3682840647771050.2795722487742544X-RAY DIFFRACTION92.1711899791
2.3786-2.41760.3453311478231140.2668996343372538X-RAY DIFFRACTION94.8158741509
2.4176-2.45930.3371775508051110.265969215782682X-RAY DIFFRACTION96.1776859504
2.4593-2.5040.3425351221931490.2738295432542590X-RAY DIFFRACTION97.4733096085
2.504-2.55220.3355877151471410.268773452972622X-RAY DIFFRACTION98.1178977273
2.5522-2.60430.3037254121661490.2731170255232645X-RAY DIFFRACTION97.8976874562
2.6043-2.66090.3500429369851500.2739414709092614X-RAY DIFFRACTION97.5644193435
2.6609-2.72280.3310330955911060.2673968223862689X-RAY DIFFRACTION98.4848484848
2.7228-2.79090.317791653631250.2612143932832702X-RAY DIFFRACTION98.4331476323
2.7909-2.86640.3167122181071520.2597291483952644X-RAY DIFFRACTION98.3468167429
2.8664-2.95070.3051872540981490.2512421992812635X-RAY DIFFRACTION98.1318293973
2.9507-3.0460.3279337041021680.2540880463372604X-RAY DIFFRACTION98.2282069454
3.046-3.15480.3216587495111070.2478709836912723X-RAY DIFFRACTION98.469032707
3.1548-3.28110.3124699164061370.2485375395582651X-RAY DIFFRACTION98.6902654867
3.2811-3.43050.2792201428751320.2302687481422671X-RAY DIFFRACTION98.3853983854
3.4305-3.61130.3027339836191610.2313899963572688X-RAY DIFFRACTION98.4790874525
3.6113-3.83760.2766139732741440.216357195352672X-RAY DIFFRACTION99.2597814593
3.8376-4.13380.2275827942641540.2059092758742689X-RAY DIFFRACTION98.7838776928
4.1338-4.54980.2452058861061530.1916546985752684X-RAY DIFFRACTION99.0572625698
4.5498-5.2080.2202349273471250.1879564493352728X-RAY DIFFRACTION99.1313412092
5.208-6.56070.2486088785741590.2095957617012726X-RAY DIFFRACTION99.4484660462
6.5607-70.350.200673325531750.2016931032272697X-RAY DIFFRACTION96.7654986523

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る