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万見
- PDB-9inh: Cryo-EM structure of human XPR1 in complex with InsP6 in outward-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9inh
タイトルCryo-EM structure of human XPR1 in complex with InsP6 in outward-facing state (SPX visible)-in the presence of KIDINS220-1-432 and 10 mM KH2PO4
要素Solute carrier family 53 member 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SLC53A1 / transporter / phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / inositol hexakisphosphate binding / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / virus receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EXS, C-terminal / EXS family / EXS domain profile. / SPX domain / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ARACHIDONIC ACID / CHOLESTEROL / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / PALMITIC ACID / PHOSPHATE ION / Solute carrier family 53 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Zuo, P. / Liang, L. / Yin, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Synergistic activation of the human phosphate exporter XPR1 by KIDINS220 and inositol pyrophosphate.
著者: Peng Zuo / Weize Wang / Zonglin Dai / Jiye Zheng / Shang Yu / Guangxi Wang / Yue Yin / Ling Liang / Yuxin Yin /
要旨: Inorganic phosphate (Pi) is essential for life, and its intracellular levels must be tightly regulated to avoid toxicity. XPR1, the sole known phosphate exporter, is critical for maintaining this ...Inorganic phosphate (Pi) is essential for life, and its intracellular levels must be tightly regulated to avoid toxicity. XPR1, the sole known phosphate exporter, is critical for maintaining this balance. Here we report cryo-EM structures of the human XPR1-KIDINS220 complex in substrate-free closed and substrate-bound outward-open states, as well as an XPR1 mutant in a substrate-bound inward-facing state. In the presence of inositol hexaphosphate (InsP) and phosphate, the complex adopts an outward-open conformation, with InsP binding the SPX domain and juxtamembrane regions, indicating active phosphate export. Without phosphate or InsP, the complex closes, with transmembrane helix 9 blocking the outward cavity and a C-terminal loop obstructing the intracellular cavity. XPR1 alone remains closed even with phosphate and InsP. Functional mutagenesis shows that InsP, whose levels vary with Pi availability, works with KIDINS220 to regulate XPR1 activity. These insights into phosphate regulation may aid in developing therapies for ovarian cancer.
履歴
登録2024年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 53 member 1
D: Solute carrier family 53 member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,86836
ポリマ－165,3482
非ポリマー12,52034
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Solute carrier family 53 member 1 / Phosphate exporter SLC53A1 / Protein SYG1 homolog / Xenotropic and polytropic murine leukemia virus ...Phosphate exporter SLC53A1 / Protein SYG1 homolog / Xenotropic and polytropic murine leukemia virus receptor X3 / X-receptor / Xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1


分子量: 82673.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPR1, SLC53A1, SYG1, X3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBH6

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非ポリマー , 6種, 34分子

#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID


分子量: 304.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: XPR1-KIDINS220-1-432 in complex with InsP6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79995 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00411289
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64315298
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.0141738
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421650
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051786

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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