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万見
- PDB-9imz: CODANIN-1 sequesters ASF1 by using a histone H3 mimic helix to re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9imz
タイトルCODANIN-1 sequesters ASF1 by using a histone H3 mimic helix to regulate histone supply
要素
  • Codanin-1
  • Histone chaperone ASF1A
キーワードREPLICATION / Histone chaperone / DNA replication / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / osteoblast differentiation / site of double-strand break / nucleosome assembly / histone binding ...histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / osteoblast differentiation / site of double-strand break / nucleosome assembly / histone binding / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone chaperone ASF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Jeong, T.K. / Frater, R.C.M. / Yoon, J. / Groth, A. / Song, J.J.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00333346 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00266300 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440614 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440614 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: CODANIN-1 sequesters ASF1 by using a histone H3 mimic helix to regulate the histone supply.
著者: Tae-Kyeong Jeong / R Ciaran MacKenzie Frater / Jongha Yoon / Anja Groth / Ji-Joon Song /
要旨: ASF1 is a major histone chaperone that regulates the supply of histone H3-H4 and facilitates nucleosome assembly to maintain chromatin structure during DNA replication and transcription. CODANIN-1 ...ASF1 is a major histone chaperone that regulates the supply of histone H3-H4 and facilitates nucleosome assembly to maintain chromatin structure during DNA replication and transcription. CODANIN-1 negatively regulates the function of ASF1. However, the molecular mechanism by which CODANIN-1 inhibits the ASF1-mediated histone supply remains elusive. Here, we present the cryo-EM structure of a human CODANIN-1_ASF1A complex at 3.75 Å resolution. The structure reveals that CODANIN-1 forms a dimer where each monomer holds two ASF1 molecules, utilizing two B-domains and two histone H3 mimic helices (HMHs). The interaction of CODANIN-1 with ASF1 via the HMH and B-domains inhibits the formation of an ASF1/H3-H4 complex and sequesters ASF1 in the cytoplasm. Our study provides a structural and molecular basis for the function of CODANIN-1 as negative regulator that highjacks ASF1 interaction sites with histones and downstream chaperones to inhibit nucleosome assembly.
履歴
登録2024年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Codanin-1
B: Codanin-1
C: Histone chaperone ASF1A
D: Histone chaperone ASF1A
E: Histone chaperone ASF1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,9445
ポリマ－330,9445
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Codanin-1


分子量: 135938.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank AAH66640.1; L1228-Q1241 are EXPRESSION TAG / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDAN1, UNQ664/PRO1295 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 Histone chaperone ASF1A / Anti-silencing function protein 1 homolog A / hAsf1 / hAsf1a / CCG1-interacting factor A / CIA / hCIA


分子量: 19688.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1A, CGI-98, HSPC146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y294
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1CODANIN-1_ASF1A complexCOMPLEXASF1A is a truncated form (1-172 a.a.)all0RECOMBINANT
2CODANIN-1COMPLEXCODANIN-1 chain A#11RECOMBINANT
3ASF1ACOMPLEXA truncated ASF1A (1-172 a.a.)#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.3 MDaNO
220.135 MDaYES
430.019 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Homo sapiens (ヒト)9606
53Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108Sf9
53Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1500 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHEPESC8H18N2O4S1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Glow discharge at 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 58.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4282
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 18 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.4粒子像選択
4CTFFINDCTFFIND4 4.1.10.CTF補正
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
9Coot0.9.8.1モデル精密化
10PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
11ISOLDE1.3モデル精密化
14cryoSPARC4.2.1分類
15cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1592795
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56039 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 107.1 / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDChain residue rangeInitial refinement model-IDPdb chain residue rangeSource nameタイプ詳細
12IO5

2io5

A2IO5A1-15411-154PDBexperimental model
2246-262AlphaFoldin silico modelHMH-N (246-262 a.a) domain of CODANIN-1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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