PDB-9imx: Immune complex of HEV E2s and P1-5B nanobody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9imx

タイトル

Immune complex of HEV E2s and P1-5B nanobody

要素

P1-5B nanobody
Secreted protein ORF2

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Immune complex / hepatitis E virus / nanobody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum / T=1 icosahedral viral capsid / host cell surface / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tingting, L. / Wenhui, X. / Ying, G. / Shaowei, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Immune complex of HEV E2s and P1-5B nanobody
著者: Tingting, L. / Wenhui, X. / Ying, G. / Shaowei, L.

履歴

登録	2024年7月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9imx.cif.gz	355.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9imx.ent.gz	290.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9imx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9imx_validation.pdf.gz	506.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9imx_full_validation.pdf.gz	555.5 KB	表示
XML形式データ	9imx_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	9imx_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/9imx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/9imx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ggqS 7kn5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Secreted protein ORF2

B: Secreted protein ORF2

C: P1-5B nanobody

D: P1-5B nanobody

E: Secreted protein ORF2

F: Secreted protein ORF2

G: P1-5B nanobody

H: P1-5B nanobody

122 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Secreted protein ORF2

C: P1-5B nanobody

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Secreted protein ORF2

D: P1-5B nanobody

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Secreted protein ORF2

G: P1-5B nanobody

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Secreted protein ORF2

H: P1-5B nanobody

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.393, 51.402, 265.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.74, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z

#1: タンパク質	Secreted protein ORF2 / ORF2s 分子量: 15930.776 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis E virus (strain Pakistan) (ウイルス) 遺伝子: ORF2 発現宿主: Bacterial expression vector pET-11a (その他) 参照: UniProt: P33426
#2: 抗体	P1-5B nanobody 分子量: 14461.772 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) 発現宿主: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 6% isopropanol, 0.1M sodium acetate pH 4.5, 20% PEG MME550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→66.22 Å / Num. obs: 70266 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.929 / R_pim(I) all: 0.12 / R_rim(I) all: 0.314 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.31 Å / Num. unique obs: 66929 / CC_1/2: 0.379 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
AutoProcess		データ削減
AutoProcess		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GGQ,7KN5

3ggq

7kn5

解像度: 2.2→66.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.861 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / SU B: 6.97 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2452	2000	2.8 %	RANDOM
R_work	0.2168	-	-	-
obs	0.27511	68192	85.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.77 Å²	0 Å²	-4.36 Å²
2-	-	4.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→66.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7272	0	0	118	7390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	7438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	6744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.64	1.64	10152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.541	1.56	15442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.585	5	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.769	5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.372	10	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.106	2.552	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.105	2.552	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.308	4.579	4750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.308	4.579	4751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.492	2.432	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.492	2.432	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.542	4.52	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.189	24.53	8975
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.188	24.53	8967
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.23 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0	0	-
R_work	0	0	-
obs	-	-	0 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2756	-0.1456	0.1719	0.3814	-0.1398	0.1155	0.0032	0.0098	-0.008	0.0311	0.0015	0.0119	-0.0106	0.0078	-0.0048	0.1368	-0.0072	-0.016	0.0898	-0.0231	0.009	-3.4084	32.517	18.2279
2	0.384	0.2901	-0.0416	0.2278	-0.0351	0.0061	0.0233	-0.0457	0.0094	-0.0179	-0.024	0.0089	0.0123	0.0021	0.0007	0.1522	0.0041	-0.0136	0.0819	-0.012	0.0029	-1.7029	10.5508	28.0543
3	0.0105	0.062	-0.0032	0.4684	-0.0169	0.0019	0.0207	-0.0125	0.0022	0.0166	-0.0299	0.0526	-0.0015	0.0113	0.0092	0.11	0.0058	-0.0164	0.1154	0.0142	0.0547	15.0476	10.4455	4.9412
4	0.2288	-0.2346	0.0287	0.264	-0.0183	0.009	-0.0104	0.038	0.0232	0.0125	0.0136	-0.0322	-0.0016	0.0302	-0.0033	0.1377	-0.002	-0.0021	0.1459	0.004	0.0328	13.1831	36.0903	40.8722
5	0.3417	-0.0734	0.0632	0.3459	-0.242	0.1698	0.0167	0.0029	0.0279	0.0307	-0.0021	0.0205	-0.0231	-0.0007	-0.0147	0.1228	0.011	-0.0025	0.1117	0.0044	0.0552	13.8665	34.9701	70.6366
6	0.5416	-0.033	-0.0772	0.0981	0.0042	0.0129	-0.004	-0.0164	-0.044	0.0657	0.0045	0.0512	0.0099	-0.0089	-0.0005	0.1496	-0.0074	-0.0247	0.1072	0.0021	0.0607	-8.37	31.0414	78.9489
7	0.0366	-0.1132	-0.0855	0.3696	0.2612	0.201	-0.016	-0.0088	-0.0015	0.005	0.0122	0.0177	0.0508	0.0129	0.0037	0.1419	-0.0003	-0.0136	0.1466	0.0062	0.0578	-4.44	12.568	57.5806
8	0.1154	0.0675	0.219	0.6584	0.0325	0.4923	-0.0392	0.053	-0.0159	0.016	0.0519	0.0615	0.0106	0.1189	-0.0127	0.1665	0.0049	0.0037	0.1293	0.0047	0.0917	17.6171	20.9698	94.8178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	457 - 602
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	459 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	457 - 602
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	459 - 602
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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