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- PDB-9ikd: The apo structure of the MazF-mt3 toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ikd
タイトルThe apo structure of the MazF-mt3 toxin
要素Endoribonuclease MazF6
キーワードTOXIN / toxin-antitoxin system / MazF / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA binding / Endoribonuclease MazF6
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Xie, W. / Jiang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Long Dynamic beta 1-beta 2 Loops in M. tb MazF Toxins Affect the Interaction Modes and Strengths of the Toxin-Antitoxin Pairs.
著者: Tang, Z. / Jiang, P. / Xie, W.
履歴
登録2024年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF6
B: Endoribonuclease MazF6
C: Endoribonuclease MazF6
D: Endoribonuclease MazF6
E: Endoribonuclease MazF6
F: Endoribonuclease MazF6
G: Endoribonuclease MazF6
H: Endoribonuclease MazF6
I: Endoribonuclease MazF6
J: Endoribonuclease MazF6
L: Endoribonuclease MazF6
K: Endoribonuclease MazF6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,05912
ポリマ－152,05912
非ポリマー00
水00
1
A: Endoribonuclease MazF6
G: Endoribonuclease MazF6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3432
ポリマ－25,3432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoribonuclease MazF6
I: Endoribonuclease MazF6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3432
ポリマ－25,3432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endoribonuclease MazF6
E: Endoribonuclease MazF6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3432
ポリマ－25,3432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endoribonuclease MazF6
F: Endoribonuclease MazF6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3432
ポリマ－25,3432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
H: Endoribonuclease MazF6
J: Endoribonuclease MazF6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3432
ポリマ－25,3432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
L: Endoribonuclease MazF6
K: Endoribonuclease MazF6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3432
ポリマ－25,3432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.795, 110.795, 271.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 4 through 9 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 4 through 9 and (name N...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 4 through 9 and (name N...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 4 through 9 and (name N...
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d_7ens_1(chain "G" and ((resid 4 through 9 and (name N...
d_8ens_1(chain "H" and ((resid 4 through 9 and (name N...
d_9ens_1(chain "I" and ((resid 4 through 9 and (name N...
d_10ens_1(chain "J" and ((resid 4 through 9 and (name N...
d_11ens_1(chain "K" and ((resid 4 through 9 and (name N...
d_12ens_1(chain "L" and ((resid 4 through 9 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERTRPTRPAA4 - 108 - 14
d_12PROPROTHRTHRAA26 - 8330 - 87
d_13LYSLYSLEULEUAA86 - 11490 - 118
d_21SERSERTRPTRPBB4 - 108 - 14
d_22PROPROTHRTHRBB26 - 8330 - 87
d_23LYSLYSLEULEUBB86 - 11490 - 118
d_31SERSERTRPTRPCC4 - 108 - 14
d_32PROPROTHRTHRCC26 - 8330 - 87
d_33LYSLYSLEULEUCC86 - 11490 - 118
d_41SERSERTRPTRPDD4 - 108 - 14
d_42PROPROTHRTHRDD26 - 8330 - 87
d_43LYSLYSLEULEUDD86 - 11490 - 118
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d_52PROPROTHRTHREE26 - 8330 - 87
d_53LYSLYSLEULEUEE86 - 11490 - 118
d_61SERSERTRPTRPFF4 - 108 - 14
d_62PROPROTHRTHRFF26 - 8330 - 87
d_63LYSLYSLEULEUFF86 - 11490 - 118
d_71SERSERTRPTRPGG4 - 108 - 14
d_72PROPROTHRTHRGG26 - 8330 - 87
d_73LYSLYSLEULEUGG86 - 11490 - 118
d_81SERSERTRPTRPHH4 - 108 - 14
d_82PROPROTHRTHRHH26 - 8330 - 87
d_83LYSLYSLEULEUHH86 - 11490 - 118
d_91SERSERTRPTRPII4 - 108 - 14
d_92PROPROTHRTHRII26 - 8330 - 87
d_93LYSLYSLEULEUII86 - 11490 - 118
d_101SERSERTRPTRPJJ4 - 108 - 14
d_102PROPROTHRTHRJJ26 - 8330 - 87
d_103LYSLYSLEULEUJJ86 - 11490 - 118
d_111SERSERTRPTRPKL4 - 108 - 14
d_112PROPROTHRTHRKL26 - 8330 - 87
d_113LYSLYSLEULEUKL86 - 11490 - 118
d_121SERSERTRPTRPLK4 - 108 - 14
d_122PROPROTHRTHRLK26 - 8330 - 87
d_123LYSLYSLEULEULK86 - 11490 - 118

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.997150887564, 0.0011142997469, -0.075424570038), (-0.00261327198597, -0.9987803771, -0.04930445344), (-0.0753875204452, 0.0493610844245, -0.995931827539)-2.64150139584, -14.8885198766, -66.2512076242
2given(0.76374245174, 0.432807099418, 0.478931604828), (-0.350943098966, -0.344314565747, 0.870796429197), (0.541790004243, -0.833141941393, -0.11107698589)-7.2886925081, -13.2199968306, -64.4410503099
3given(0.704052959279, 0.525780723211, 0.477351088436), (0.351435082711, 0.326141618023, -0.877567676953), (-0.617092224202, 0.785612039173, 0.0448431793637)-4.49276528986, -0.830809999729, 0.103886172421
4given(-0.293250374084, 0.833693294997, 0.4679313069), (0.417568457971, 0.551988179028, -0.721765635869), (-0.860023721189, -0.016264688461, -0.509994763602)21.7477338313, -54.407497436, -30.5053660297
5given(-0.194536004561, 0.834762503048, 0.515099317059), (-0.43316076409, -0.544263526872, 0.71843508111), (0.880072437577, -0.0833593235438, 0.467465215599)20.6679953152, 40.9999555819, -36.2497149666
6given(-0.843031614158, 0.454247176734, 0.288022915686), (0.413097221514, 0.203882825505, 0.887571112104), (0.344453745963, 0.867231973519, -0.359527914074)54.5017729996, -0.210123092477, -26.566026625
7given(0.240766673294, 0.966787122217, -0.0857558706251), (0.62054515123, -0.221270204937, -0.752305264963), (-0.74629426121, 0.127914646241, -0.653209552105)-16.4036511908, -39.1929369767, -22.0988989705
8given(-0.862836088135, 0.386370901277, 0.325931605798), (-0.445649505128, -0.277144910083, -0.851226889492), (-0.238559014902, -0.879720538274, 0.411316631013)53.7810528036, -12.6515334176, -43.9715915273
9given(0.168399899966, 0.229912425935, 0.958531037626), (-0.865198069069, -0.431458237178, 0.255491860637), (0.47230686526, -0.87234400667, 0.126262262994)-1.32786252178, 14.4138124471, -46.0273517068
10given(0.703225347489, 0.480496218962, -0.524020509342), (0.6207894822, -0.0557208857282, 0.781994630214), (0.346546576146, -0.875224866224, -0.337471338197)-18.8180046859, -36.3017938568, -23.5822629718
11given(-0.549541608625, -0.0451087545783, 0.83424769742), (-0.305231428955, 0.940355409079, -0.150218106078), (-0.777713183101, -0.337189716444, -0.530533033803)32.8189842541, -22.2954976611, 4.96469559386

-
要素

#1: タンパク質
Endoribonuclease MazF6 / Toxin MazF6 / mRNA interferase MazF6


分子量: 12671.578 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: mazF6, MT2046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WII2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1-1.5 M NaCl, 0.1 M NaOAc pH4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→75.27 Å / Num. obs: 24018 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 24.2 % / Biso Wilson estimate: 106 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 3.32→3.5 Å / Rmerge(I) obs: 1.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2906 / CC1/2: 0.915

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.32→75.27 Å / SU ML: 0.4319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.7019
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 1156 4.86 %
Rwork0.2422 22639 -
obs0.2439 23795 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 107.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→75.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9020 0 0 0 9020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.609512561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04731657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3253169
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.211989532738
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.217367257779
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.263453129696
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.24975332278
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.406862234375
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.264603283714
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.235353594921
ens_1d_9AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.282883593356
ens_1d_10AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.387142493466
ens_1d_11AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.406600551397
ens_1d_12AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.47738462762
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.32-3.470.38181220.31462226X-RAY DIFFRACTION74.28
3.47-3.640.31441480.28222781X-RAY DIFFRACTION98.92
3.68-3.870.38261160.27652489X-RAY DIFFRACTION98.67
3.91-4.180.27611460.23892672X-RAY DIFFRACTION98.95
4.18-4.610.26391520.2143043X-RAY DIFFRACTION99.5
4.61-5.270.24521610.21573049X-RAY DIFFRACTION99.72
5.27-6.640.27231610.26053086X-RAY DIFFRACTION99.66
6.64-75.270.26731500.23743293X-RAY DIFFRACTION99.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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