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- PDB-8zws: Mtb. MazF-mt3 toxin in compleex with its antitoxin fragmant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zws
タイトルMtb. MazF-mt3 toxin in compleex with its antitoxin fragmant
要素
  • Antitoxin MazE6
  • Endoribonuclease MazF6
キーワードTOXIN / TA system / MazF / Mycobacterium tubercolysis / RNase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease MazF6 / Antitoxin MazE6
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Xie, W. / Jiang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271322 中国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Long Dynamic beta 1-beta 2 Loops in M. tb MazF Toxins Affect the Interaction Modes and Strengths of the Toxin-Antitoxin Pairs.
著者: Tang, Z. / Jiang, P. / Xie, W.
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF6
B: Endoribonuclease MazF6
C: Endoribonuclease MazF6
I: Antitoxin MazE6
D: Antitoxin MazE6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2305
ポリマ－46,2305
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.740, 84.740, 101.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 12 or (resid 24...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 12 or resid 24...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 12 or (resid 24...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11VALVALASPASPAA2 - 126 - 16
d_12ARGARGLEULEUAA24 - 11428 - 118
d_21VALVALASPASPBB2 - 126 - 16
d_22ARGARGLEULEUBB24 - 11428 - 118
d_31VALVALASPASPCC2 - 126 - 16
d_32ARGARGLEULEUCC24 - 11428 - 118

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.138217153826, -0.990113436155, 0.0239040149935), (-0.989712602948, -0.138981065404, -0.0339591964712), (0.0369456621784, -0.0189643614176, -0.999137313407)2.29320915314, 2.06031414841, -22.4771753407
2given(-0.943432517322, -0.32893384851, 0.0416846322392), (-0.330786123747, 0.942359553432, -0.0503886137156), (-0.0227073907914, -0.0613269546003, -0.997859398434)2.78611411762, 0.522093069746, -11.2081490795

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF6 / Toxin MazF6 / mRNA interferase MazF6


分子量: 12671.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
遺伝子: mazF6, MT2046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WII2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質・ペプチド Antitoxin MazE6


分子量: 4107.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
遺伝子: mazE6, MT2047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJ86
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1-2 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→73.39 Å / Num. obs: 6484 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 80.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.27→3.46 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.909 / Num. unique obs: 791 / CC1/2: 0.885 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.27→73.39 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.9466
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 316 4.9 %
Rwork0.2395 6129 -
obs0.2409 6445 94.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.27→73.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2690 0 0 0 2690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47853731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2235955
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.363790072632
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.427411682324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.27-4.120.33091520.30392806X-RAY DIFFRACTION88.25
4.12-73.390.23041640.2133323X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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