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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ijo | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of F46C myoglobin with a covalently linked 4-methyl-2,2'-bipyridine group in complex with Cu2+ | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / heme protein / myoglobin / copper binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, Y.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of F46C myoglobin with a covalently linked 4-methyl-2,2'-bipyridine group in complex with Cu2+ 著者: Lin, Y.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xc9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17322.117 Da / 分子数: 1 / 変異: F46C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MB / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-A1D9G / 分子量: 184.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#4: 化合物 | ChemComp-CU / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, PEG 8000, sodium cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→30.87 Å / Num. obs: 22848 / % possible obs: 97.07 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 10.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.08 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.585 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Num. unique obs: 2210 / % possible all: 95.41 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7XC9 解像度: 1.53→30.87 Å / SU ML: 0.1473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.1598 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→30.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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