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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ijc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the beta,kappa-carrageenase Cgbk16A from Wenyingzhuangia fucanilytica | ||||||
要素 | GH16 domain-containing protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Apo / Carrageenase / GH16_13 / Glucoside hydrolase | ||||||
機能・相同性 | Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / GH16 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Wenyingzhuangia fucanilytica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, Y. / Chen, F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into the substrate recognition and catalytic mechanism of a beta,kappa-carrageenase from Wenyingzhuangia fucanilytica 著者: Chang, Y. / Chen, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ijc.cif.gz | 81.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ijc.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9ijc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9ijc_validation.pdf.gz | 352.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9ijc_full_validation.pdf.gz | 354.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9ijc_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9ijc_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/9ijc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/9ijc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9intC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37279.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Wenyingzhuangia fucanilytica (バクテリア) 遺伝子: AXE80_10150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B1Y771 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 25.5% PEG 4000, 15% Glycerol, 0.17 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→50.16 Å / Num. obs: 55782 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 19.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05349 / Rpim(I) all: 0.01554 / Rrim(I) all: 0.05577 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.57 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2553 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5175 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.07313 / Rrim(I) all: 0.2658 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→50.16 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→50.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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