PDB-9iit: Full length structure of FKP in complex with GTP and GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iit

タイトル

Full length structure of FKP in complex with GTP and GDP

要素

L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / fucose / ATP / GTP / kinase / pyrophosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

fucokinase / fucose-1-phosphate guanylyltransferase / fucokinase activity / GDP-L-fucose salvage / nucleotidyltransferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ko, T.P. / Lin, S.W. / Hsu, M.F. / Lin, C.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural insight into the catalytic mechanism of the bifunctional enzyme l-fucokinase/GDP-fucose pyrophosphorylase.
著者: Lin, S.W. / Ko, T.P. / Chiang, H.Y. / Wu, C.G. / Hsu, M.F. / Wang, A.H. / Lin, C.H.

履歴

登録	2024年6月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iit.cif.gz	943.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iit.ent.gz	652.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9iit_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iit_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	9iit_validation.xml.gz	87.4 KB	表示
CIF形式データ	9iit_validation.cif.gz	115.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iit	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9iipC 9iisC 6lh3 PDB 未公開エントリS 6lh5 PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

B: L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

ヘテロ分子

219 kDa, 2 ポリマー
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1

A: L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

B: L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

ヘテロ分子

A: L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

B: L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
437 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	211.821, 96.061, 127.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.094, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	SER	SER	(chain 'A' and resid 0 through 1001)	A	A	0 - 949	20 - 969
1	2	GTP	GTP	GTP	GTP	(chain 'A' and resid 0 through 1001)	A	C	1001
2	3	HIS	HIS	SER	SER	(chain 'B' and resid 0 through 1001)	B	B	0 - 949	20 - 969
2	4	GTP	GTP	GTP	GTP	(chain 'B' and resid 0 through 1001)	B	J	1001

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase 分子量: 107954.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 遺伝子: fkp / プラスミド: pET16b 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q58T34

-
非ポリマー , 7種, 856分子

#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 8% Tascimate, 20% PEG 3350, 15mM GTP, 15mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 111983 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.37 Å² / CC_1/2: 0.918 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 11074 / CC_1/2: 0.696 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 6LH3 and 6LH5

6lh3
PDB 未公開エントリ

6lh5
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.3→29.15 Å / SU ML: 0.3196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.093

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	1968	1.79 %
R_work	0.1999	-	-
obs	0.2005	110219	97.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15038	0	45	843	15926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	15433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5498	20942
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	2680
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1573	9213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.3504	133	0.312	7436	X-RAY DIFFRACTION	94
2.36-2.42	0.2993	141	0.269	7753	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.42-2.49	0.3262	141	0.2907	7708	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.49-2.57	0.3661	128	0.3145	7085	X-RAY DIFFRACTION	90.08
2.57-2.66	0.2875	142	0.2491	7827	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.66-2.77	0.2618	143	0.241	7886	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.77-2.9	0.3008	141	0.2575	7758	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.9-3.05	0.3048	143	0.2314	7847	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.05-3.24	0.2896	142	0.2468	7743	X-RAY DIFFRACTION	97.9
3.24-3.49	0.2567	142	0.2053	7808	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.49-3.84	0.2179	144	0.1831	7878	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.84-4.4	0.1769	140	0.1566	7662	X-RAY DIFFRACTION	96.69
4.4-5.53	0.1744	143	0.1454	7916	X-RAY DIFFRACTION	99.33
5.53-29.15	0.1769	145	0.1653	7944	X-RAY DIFFRACTION	98.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.68334070052	-0.743523170888	-0.032629709057	1.71124788251	0.102567354618	1.12736723295	0.340895209565	0.553836100719	0.0831758265596	-0.589374483009	-0.0374225599749	-0.72510325956	0.065236315692	0.836627253559	-0.232212750196	0.962632457573	0.131705814644	0.00808569912842	0.913981846015	-0.105600927273	0.705137836187	70.8529520333	75.446632454	63.420283142
2	0.979015292217	-0.487814898097	-0.267145121594	1.38792975732	0.531080916403	1.72199808713	0.290837832216	0.131915212163	-0.249854095634	-0.318131526248	0.214744528935	-0.339542427552	0.721473258149	0.550525055426	-0.410288974149	0.738037086095	0.0606428830922	-0.177371273481	0.46155963038	-0.038924455242	0.519037389485	61.2690102129	74.271178686	77.938837839
3	2.5050534779	-0.079858865307	0.36528551799	2.0732548007	0.316760946318	1.58081423714	0.180473220478	0.116546246415	-0.027623468811	-0.231146148482	-0.0147034332579	-0.201653879639	1.0838411972	0.0146502151962	-0.0529913576197	1.44671226993	0.169408880252	-0.236863204523	0.696462282434	-0.11504038828	0.656024385903	64.573638092	55.1999315481	73.6694029413
4	0.721315792409	0.172935930464	0.30111306474	1.22200438927	-0.445630660637	0.621092276337	-0.0647642615385	0.362428286016	-0.0770154452074	-0.255242918777	0.312376873877	-0.402007159175	0.536785288903	0.861520519302	-0.142034485563	1.51201723708	0.234735351927	-0.440778473313	0.928826093526	-0.224742204318	0.890970410251	64.9699961965	55.9485106712	73.1810981676
5	1.80939896253	-0.322062775127	0.708678818545	0.202708678589	0.254282183859	2.49347017264	0.203860469251	-0.275374288946	0.104108771919	-0.401128941119	0.150808243832	0.224673909552	0.890051873343	-0.575401742445	-0.207365199332	0.697512118047	-0.21629782334	-0.117630490907	0.580933659984	0.156441005315	0.556955772547	46.7055911056	77.3809331449	89.258260335
6	2.18050047619	-0.601434445257	1.06651615863	2.0959489434	-0.182056903011	2.25365052491	0.166008353047	-0.270001286127	-0.129533166114	-0.502683269932	0.00985564172129	0.334241446832	0.363398016179	-0.63270670564	-0.128242856145	0.651989421284	-0.140035513074	-0.216479309403	0.531282002107	0.123281967876	0.515920915444	38.4796151898	83.3347974462	71.0053217613
7	1.88390448961	-0.103257084063	-0.629877290928	0.844376667141	0.224985953837	2.34319177658	1.14138059363	0.786511326267	-0.336764822881	-0.897232450436	-0.223523111626	0.601522807573	0.725094778125	-0.648731449647	1.47672874154	1.47238106057	-0.253006783996	-0.864438790597	0.623784698945	0.0612484335314	0.475287824176	34.9140153948	74.552742883	55.3031609124
8	1.14834310663	-0.893965066824	0.349280304368	1.7251545403	0.839528828542	1.89854321619	0.019223249219	0.113155520781	0.12215055257	-0.447525431795	0.131218160426	0.00133924985087	-0.102808360858	0.0279686119271	-0.120968611626	0.684615588839	-0.0794782500245	-0.124468289235	0.383356075195	0.110353184497	0.414473937495	49.8858834209	89.3552405877	70.155043668
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 145 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 275 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 276 through 305 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 306 through 380 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 381 through 460 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 461 through 495 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 496 through 570 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 571 through 635 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 636 through 710 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 711 through 790 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 791 through 855 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 856 through 925 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 926 through 949 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 0 through 75 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 76 through 145 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 146 through 235 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 236 through 275 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 276 through 305 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 306 through 380 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 381 through 460 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 461 through 495 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 496 through 570 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 571 through 635 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 636 through 710 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 711 through 790 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 791 through 855 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 856 through 925 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 926 through 949 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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