PDB-9iie: Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iie

タイトル

Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap

要素

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / N-glycans / immunoglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.14 Å

データ登録者

Destan, E. / DeMirci, H.

資金援助

トルコ, 1件

引用

ジャーナル: Small Struct / 年: 2025
タイトル: Experimental and Computational Insights into the Structural Dynamics of the Fc Fragment of IgG1 Subtype from Biosimilar VEGF-Trap
著者: Destan, E. / Turkut, E. / Aldeniz, A. / Kang, J. / Tosha, T. / Yabashi, M. / Yilmaz, B. / Timucin, C. / Matsuura, H. / Kawano, Y. / Cinkaya, I. / Demirci, H.

履歴

登録	2024年6月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iie.cif.gz	188 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iie.ent.gz	148.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iie_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iie_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9iie_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	9iie_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iie	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zckC 8zclC 8zcmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.920, 80.480, 137.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE

分子量: 23634.676 Da / 分子数: 2 / 断片: Fc Fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DOX5

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-3DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d3-e1_f2-g1_g4-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-Arc 150 / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.14→137.08 Å / Num. obs: 9844 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.748 / CC star: 0.925 / Net I/σ(I): 2.26
反射シェル	解像度: 3.14→3.22 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 683 / CC_1/2: 0.155 / CC star: 0.518 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.14→23.84 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3086	805	10 %
R_work	0.2567	-	-
obs	0.2621	8053	79.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.14→23.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3318	0	195	30	3543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3605
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.503	4912
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.407	1396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	593
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.14-3.34	0.4133	118	0.3495	1063	X-RAY DIFFRACTION	72
3.34-3.59	0.3732	121	0.2955	1096	X-RAY DIFFRACTION	74
3.59-3.95	0.3098	127	0.261	1139	X-RAY DIFFRACTION	76
3.95-4.52	0.2992	131	0.2341	1176	X-RAY DIFFRACTION	77
4.52-5.68	0.2529	145	0.2199	1316	X-RAY DIFFRACTION	86
5.68-23.84	0.2672	163	0.2318	1458	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4366	-0.2767	-0.0173	1.7609	-1.3099	1.335	-0.2653	0.1817	0.2157	-0.6343	0.1111	-0.3777	0.2425	0.1562	-0.0297	0.3129	-0.2653	-0.0057	0.293	0.0012	0.2999	-9.2182	12.9237	15.7762
2	5.4173	-2.5911	-1.3061	1.8616	2.1764	5.5144	-0.0048	1.4305	0.0176	-0.8907	-0.3941	-0.6647	-1.0466	0.564	0.2283	1.2555	0.0657	0.4775	1.1901	0.0791	0.6962	-5.6301	12.9641	-2.177
3	0.5774	-1.2179	0.0792	3.3215	-0.8386	0.6101	0.4088	0.5737	-0.2934	-0.8512	-0.2591	0.509	0.5143	0.084	-0.1904	1.4142	0.4243	-0.4058	0.8889	0.2578	1.2281	-16.4523	16.302	4.8118
4	3.8566	2.3937	-1.0119	7.1037	-3.7293	5.249	0.0223	-0.2208	-0.185	0.3438	-0.2062	-0.2568	0.0558	0.1321	0.1754	1.5242	-0.3541	0.4728	1.2104	0.5482	1.3312	6.6405	16.5449	3.1534
5	2.1152	0.0361	-0.5446	1.4841	0.1882	1.1974	-0.0248	-0.0001	0.3572	-0.1196	-0.014	0.1054	-0.1967	0.138	0.0148	0.2866	0.0784	0.0155	0.1953	0.0311	0.1167	-7.4069	8.4684	31.2116
6	1.4892	-0.2169	-1.3749	1.2144	0.5479	7.8547	-0.1139	0.2221	-0.3807	-0.1249	-0.0815	0.1023	0.0889	-0.8636	-0.0193	0.1265	0.0154	0.1577	0.19	-0.0432	0.2056	13.0002	-11.4217	18.3934
7	1.3651	0.5635	-0.1561	1.8507	0.4816	0.1985	-0.1849	0.2119	-0.1665	-0.4788	-0.0849	0.0371	-0.2502	0.0376	0.193	0.3544	-0.0896	0.1761	0.0876	-0.1231	0.3584	16.1254	-16.1568	9.4336
8	1.4382	0.7915	0.1392	0.8726	0.5506	0.5235	-0.0584	-0.1114	0.1373	0.2029	0.2237	-0.3358	-0.0428	0.0676	-0.0101	0.2549	0.1773	0.0808	0.1461	0.0105	0.3144	25.3924	-17.2769	11.7663
9	0.6096	1.1272	-0.2467	2.6426	-1.5544	2.2528	0.4712	-0.2005	-0.1212	-0.3227	0.2293	0.607	0.9618	-0.7616	-0.5795	0.3235	-0.1243	-0.0706	0.3009	0.0047	0.2864	4.7021	-20.8499	2.2603
10	0.5309	0.3102	0.4193	1.838	0.918	1.3031	-0.1986	-0.1926	0.0787	-0.2713	-0.0971	0.1731	0.0875	0.1105	-0.0968	-0.0199	0.101	0.1281	0.2109	0.064	0.1788	20.4832	-8.3995	16.2492
11	5.5661	0.691	0.0518	0.561	-1.1066	3.342	0.0495	-0.228	0.1729	0.2623	-0.0324	-0.1414	-0.2763	-0.093	-0.0704	0.1814	0.0664	0.1952	0.4683	-0.0735	0.6138	-4.9916	-1.6122	47.5712
12	2.3324	-0.4685	1.3837	2.9002	-0.2076	3.063	-0.3007	-0.6822	0.0173	-0.1035	0.2025	-0.1547	0.3555	-0.2701	0.0652	0.2079	0.0082	0.0721	0.2252	0.0623	0.2921	3.6122	-8.6414	38.8277
13	4.1446	0.7883	-0.1988	2.4166	1.0327	1.9514	-0.0933	-0.6534	0.0914	0.5467	0.0014	0.2648	0.0707	-0.1749	0.1014	0.3112	0.1919	0.0255	0.1815	-0.0493	0.1262	0.6823	-2.7802	39.1929
14	5.2325	-2.1703	-2.6779	1.4511	2.4389	4.5733	-0.5275	-0.8039	-0.7363	0.6862	0.5436	-0.1316	0.9838	0.2187	-0.0612	0.5253	0.1024	-0.1771	0.2749	0.1425	0.6234	9.2908	-9.9219	44.8588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 223 through 249 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 250 through 264 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 265 through 275 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 276 through 286 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 287 through 429 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 222 through 236 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 237 through 264 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 265 through 275 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 276 through 286 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 287 through 331 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 332 through 346 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 347 through 378 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 379 through 403 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 404 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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