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- PDB-9iho: Open state without NUQM and without flavoprotein (classification ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iho
タイトルOpen state without NUQM and without flavoprotein (classification state 4) of Pichia pastoris mitochondrial complex I in cMSP26 nanodiscs
要素
  • (Acyl carrier ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] ...) x 6
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 6
  • BA75_00589T0
  • BA75_00622T0
  • BA75_04796T0
  • BA75_05084T0
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase
  • NB2M (B12) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NB5M (B15) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NESM (ESSS) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NI8M (B8) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NI9M (B9) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NIAM (ASHI) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NIDM (PDSW) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUAM (75 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUCM (49 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUEM (39 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUFM (B13) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUGM (30 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUIM (TYKY) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUJM (B14.7) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NULM (ND4L) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUMM (13 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUSM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUTM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUUM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • NUXM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Pichia pastoris NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit NEBM
  • Subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NADH:ubiquinone oxidoreductase nanodisc membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase activity / acyl binding / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / acyl carrier activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase activity / acyl binding / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / acyl carrier activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / : ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Complex 1 LYR protein domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Complex 1 protein (LYR family) / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / : / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / : / Chem-NDP / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit, mitochondrial ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / : / Chem-NDP / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit, mitochondrial / NUCM (49 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NUEM (39 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NUFM (B13) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NUGM (30 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NUIM (TYKY) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NUJM (B14.7) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / BA75_00622T0 / NULM (ND4L) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NUMM (13 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NADH-ubiquinone oxidoreductase / NUXM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / BA75_00589T0 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NIAM (ASHI) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NIDM (PDSW) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / BA75_05084T0 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NI8M (B8) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NI9M (B9) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NB2M (B12) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / BA75_04796T0 / NB5M (B15) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit / NESM (ESSS) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Acyl carrier protein / Acyl carrier protein / NUSM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NUTM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / NUUM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella pastoris (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Grba, D.N. / Hirst, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Global conformations of complex I are distinguished by the binding of a unique interdomain bridging subunit.
著者: Chris Seunggyu Lee / Daniel N Grba / John J Wright / Bozhidar S Ivanov / Judy Hirst /
要旨: Complex I (CI; NADH ubiquinone oxidoreductase) is central to energy generation and metabolic homeostasis in mammalian cells but contributes to adverse outcome pathways under challenging conditions. ...Complex I (CI; NADH ubiquinone oxidoreductase) is central to energy generation and metabolic homeostasis in mammalian cells but contributes to adverse outcome pathways under challenging conditions. During ischemia, mammalian CI transitions from a turnover-ready, structurally "closed" state toward a dormant "open" state that prevents it from functioning in reverse during reperfusion to produce reactive oxygen species. Unfortunately, simpler, genetically tractable CI models do not recapitulate the same regulatory behavior, compromising mechanistic studies. Here, we report the structure of isolated CI from the yeast (-CI) and identify distinct closed and open states that resemble those of mammalian CI. Notably, a hitherto-unknown protein (NUQM) completes an interdomain bridge in only the closed state, implying that NUQM stabilizes it by restricting the conformational changes of opening. The direct correlation of NUQM binding with closed/open status in -CI provides opportunities for investigating regulatory mechanisms relevant to reversible catalysis and ischemia-reperfusion injury.
履歴
登録2025年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
B: BA75_00622T0
C: NUGM (30 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
D: NUCM (49 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
G: NUAM (75 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
I: NUIM (TYKY) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NULM (ND4L) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
O: NUXM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
P: NUEM (39 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
R: NUMM (13 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
S: NI8M (B8) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
T: Acyl carrier protein
U: Acyl carrier protein
V: NUFM (B13) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
W: BA75_04796T0
X: NADH-ubiquinone oxidoreductase
Y: NUJM (B14.7) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
b: NI9M (B9) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
c: BA75_00589T0
d: Pichia pastoris NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit NEBM
e: BA75_05084T0
f: NUTM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
g: NESM (ESSS) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
h: NUSM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
i: NUUM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
j: Subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
k: NB2M (B12) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
l: NIAM (ASHI) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
m: NB5M (B15) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
p: NIDM (PDSW) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)980,15293
ポリマ－944,72141
非ポリマー35,43052
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 AHJLMN

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 16019.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 39698.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6


分子量: 18564.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 72436.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 54784.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 59097.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
タンパク質 , 27種, 27分子 BCDGIKOPRSVWXYbcdefghijklmp

#2: タンパク質 BA75_00622T0 / NUKM (PSST) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 23353.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWB5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NUGM (30 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 33183.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWB1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NUCM (49 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 54962.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWA8, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NUAM (75 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 79646.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWA6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NUIM (TYKY) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 25544.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWB3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質 NULM (ND4L) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9118.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWB6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NUXM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 22263.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWB9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#14: タンパク質 NUEM (39 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 43349.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWA9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#16: タンパク質 NUMM (13 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 15717.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWB7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#17: タンパク質 NI8M (B8) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9858.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWD3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#20: タンパク質 NUFM (B13) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 15590.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWB0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#21: タンパク質 BA75_04796T0 / NB4M (B14) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14783.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWD6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#22: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase


分子量: 20718.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWB8
#23: タンパク質 NUJM (B14.7) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 23507.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWB4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#26: タンパク質 NI9M (B9) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9181.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWD4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#27: タンパク質 BA75_00589T0 / NUZM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 20110.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#28: タンパク質 Pichia pastoris NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit NEBM


分子量: 9050.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: C4R4T8
#29: タンパク質 BA75_05084T0 / NIPM (15 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 12251.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWD1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#30: タンパク質 NUTM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9864.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWE5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#31: タンパク質 NESM (ESSS) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 27250.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWE1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#32: タンパク質 NUSM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 21224.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWE4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#33: タンパク質 NUUM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8335.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWE6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#34: タンパク質 Subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 7071.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A1G4KQ11
#35: タンパク質 NB2M (B12) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 7141.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWD5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#36: タンパク質 NIAM (ASHI) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 17944.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC8, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#37: タンパク質 NB5M (B15) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9437.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWD7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#40: タンパク質 NIDM (PDSW) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10787.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: E1UWC9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] ... , 6種, 6分子 QZanoq

#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 18241.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWC0
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13


分子量: 17243.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWD8
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 17446.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWD0
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 12845.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWD2
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7


分子量: 10473.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWD9
#41: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit


分子量: 16331.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWE0

-
Acyl carrier ... , 2種, 2分子 TU

#18: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 15507.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWE2
#19: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 14780.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1UWE3

-
非ポリマー , 8種, 52分子

#42: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#43: 化合物...
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE


分子量: 622.834 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#44: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#45: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#46: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#47: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#48: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#49: 化合物 ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O9PS

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pichia Pastoris (Komagataella phaffi) mitochondrial complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#41 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.820 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM MOPS, 50 mM KCl, pH 7.5 at 4 degrees celsius.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMMOPS1
250 mMpotassium chlorideKCl1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: LMNG-solubilised Pichia Pastoris CI reconstituted in to nanodiscs (8:1:1 ratio of DOPC:DOPE:CDL [0.5 mg total] and 20 nM final Q10)
試料支持詳細: Glow discharge 90s 20 mA + chloroform and ethanol clean. Glow discharge 2X 90s 20mA, flipping in between.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 2s blot time and -10 blot force

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.85 sec. / 電子線照射量: 47.79 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7574
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3EPU3.6.0.6389画像取得
5RELION4CTF補正
8Coot0.9.8.92モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
11RELION4最終オイラー角割当
12RELION4分類
13RELION4３次元再構成
14PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 1350752
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18608 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
詳細: The initial model was built into a map using ModelAngelo in RELION v5.0 to generate state 1. This model then had the required subunits deleted, and this was manually inspected in Coot and ...詳細: The initial model was built into a map using ModelAngelo in RELION v5.0 to generate state 1. This model then had the required subunits deleted, and this was manually inspected in Coot and final refinements with ligand restraints imposed performed in PHENIX v.1.21_5207
原子モデル構築PDB-ID: 9ihr

9ihr


Accession code: 9ihr / 詳細: State 1 from dataset using ModelAngelo initially / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 35.72 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004463238
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.499185520
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04119405
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003910623
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.076623777

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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