PDB-9igr: Crystal structure of PPK2 class III from Erysipelotrichaceae bact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9igr

タイトル

Crystal structure of PPK2 class III from Erysipelotrichaceae bacterium in complex with polyphosphate

要素

Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Polyphosphate Kinase / PPK2-III / NTP Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

polyphosphate kinase activity / polyphosphate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Erysipelotrichaceae bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.311 Å

データ登録者

Rasche, R. / Lawrence-Doerner, A.-M. / Cornelissen, N.V. / Kuemmel, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Structure-guided engineering of a polyphosphate kinase 2 class III from an Erysipelotrichaceae bacterium to produce base-modified purine nucleotides
著者: Mitton-Fry, R.M. / Rasche, R. / Lawrence-Dorner, A.M. / Eschenbach, J. / Tekath, A. / Rentmeister, A. / Kummel, D. / Cornelissen, N.V.

履歴

登録	2025年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9igr_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9igr_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9igr_validation.xml.gz	54.6 KB	表示
CIF形式データ	9igr_validation.cif.gz	69.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9igqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

B: Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

C: Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

D: Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

ヘテロ分子

151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.471, 88.265, 125.344
Angle α, β, γ (deg.)	90, 101.151, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASN	ASN	THR	THR	A	A	3 - 292	3 - 292
2	1	1	ASN	ASN	THR	THR	B	B	3 - 292	3 - 292
3	2	2	ASN	ASN	THR	THR	A	A	3 - 292	3 - 292
4	2	2	ASN	ASN	THR	THR	C	C	3 - 292	3 - 292
5	3	3	ASN	ASN	THR	THR	A	A	3 - 292	3 - 292
6	3	3	ASN	ASN	THR	THR	D	D	3 - 292	3 - 292
7	4	4	ALA	ALA	HIS	HIS	B	B	2 - 301	2 - 301
8	4	4	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	2 - 301	2 - 301
9	5	5	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	3 - 298	3 - 298
10	5	5	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	3 - 298	3 - 298
11	6	6	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	3 - 298	3 - 298
12	6	6	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	3 - 298	3 - 298

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase 分子量: 36625.246 Da / 分子数: 4 / 変異: I2A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 6xHis tag 由来: (組換発現) Erysipelotrichaceae bacterium (バクテリア) 株: UBA9076 / 遺伝子: DHS57_05705 / プラスミド: pET28a(+)_EbPPK2_6H 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3D5XRJ5

#1: タンパク質

Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

分子量: 36625.246 Da / 分子数: 4 / 変異: I2A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 6xHis tag
由来: (組換発現)

Erysipelotrichaceae bacterium (バクテリア)
株: UBA9076 / 遺伝子: DHS57_05705 / プラスミド: pET28a(+)_EbPPK2_6H
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3D5XRJ5

-
非ポリマー , 5種, 197分子

#2: 化合物	ChemComp-6YY / bis[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl] hydrogen phosphate 分子量: 897.794 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₃O₃₄P₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: MPD 10 %; NaOAc 0.1 M;NaCl 0.2 M; pH 5.40

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→45.11 Å / Num. obs: 72761 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.81 % / B_iso Wilson estimate: 50.64 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.0525 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 9.03
反射シェル	解像度: 2.31→2.45 Å / 冗長度: 7.06 % / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 11484 / CC_1/2: 0.773 / CC star: 0.934 / R_pim(I) all: 6.53 / R_rim(I) all: 17.36 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
MxCuBE		データ収集
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.311→45.109 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 17.967 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2127	3729	5.131 %
R_work	0.176	68940	-
all	0.178	-	-
obs	-	72669	96.459 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.877 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.021 Å²	0 Å²	3.467 Å²
2-	-	0.562 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.842 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.311→45.109 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10038	0	215	186	10439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	10472
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.747	1.876	14206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.804	1.807	22260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.434	5	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.925	5	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.553	10	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.607	10	561
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	12021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	8463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	5145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	5875
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.279	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.641	4.481	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.641	4.482	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.322	8.05	5943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.325	8.051	5944
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.962	5.061	5712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.646	5.046	5657
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.083	9.017	8263
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.025	8.987	8170
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.683	42.794	11577
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.609	42.54	11532
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.085	0.05	9612
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.086	0.05	9590
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.082	0.05	9608
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.079	0.05	9929
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.088	0.05	9720
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.085	0.05	9781

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08535	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08535	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08558	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08558	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08205	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08205	0.05009
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07894	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07894	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08842	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08842	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08539	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08539	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.311-2.371	0.338	254	0.323	4734	0.324	5535	0.905	0.92	90.1174	0.311
2.371-2.436	0.364	268	0.333	4879	0.335	5353	0.909	0.927	96.1517	0.323
2.436-2.506	0.323	287	0.276	4937	0.278	5256	0.939	0.951	99.3912	0.256
2.506-2.583	0.275	237	0.247	4874	0.248	5122	0.954	0.959	99.7852	0.225
2.583-2.668	0.293	255	0.26	4667	0.261	4931	0.938	0.945	99.8175	0.237
2.668-2.761	0.304	236	0.242	4522	0.245	4775	0.9	0.951	99.644	0.216
2.761-2.865	0.246	242	0.187	4390	0.19	4653	0.963	0.978	99.5487	0.163
2.865-2.981	0.243	234	0.177	4149	0.18	4411	0.964	0.98	99.3652	0.159
2.981-3.113	0.229	220	0.175	4031	0.178	4252	0.962	0.982	99.9765	0.162
3.113-3.264	0.227	221	0.178	3896	0.18	4120	0.967	0.981	99.9272	0.167
3.264-3.44	0.225	182	0.185	3666	0.187	3851	0.967	0.979	99.9221	0.176
3.44-3.647	0.215	189	0.178	3353	0.18	3711	0.97	0.981	95.446	0.17
3.647-3.897	0.202	111	0.166	2200	0.168	3430	0.977	0.983	67.3761	0.164
3.897-4.207	0.183	137	0.136	2733	0.138	3248	0.982	0.989	88.3621	0.141
4.207-4.604	0.174	133	0.132	2806	0.134	2979	0.984	0.99	98.6573	0.142
4.604-5.141	0.15	161	0.121	2526	0.123	2693	0.988	0.993	99.7772	0.136
5.141-5.924	0.173	132	0.133	2274	0.135	2412	0.984	0.991	99.7512	0.147
5.924-7.224	0.214	111	0.155	1909	0.158	2030	0.976	0.988	99.5074	0.174
7.224-10.088	0.15	74	0.125	1509	0.126	1616	0.988	0.991	97.9579	0.15
10.088-45.109	0.188	45	0.238	885	0.236	948	0.975	0.96	98.1013	0.295

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3077	0.1228	-0.4376	1.2539	-0.1607	1.2942	0.0888	-0.265	0.0465	0.1308	-0.0996	-0.1468	-0.0662	0.2495	0.0108	0.0506	-0.0606	-0.0087	0.122	0.0363	0.1511	47.5986	13.6486	31.1517
2	1.0413	0.1523	-0.1525	1.2959	0.7472	1.3141	0.0917	-0.2193	0.1561	0.05	-0.1416	0.145	-0.1371	-0.1921	0.0499	0.039	0.0143	0.0379	0.1106	-0.0057	0.1367	11.6685	7.2739	30.028
3	0.8823	0.4765	-0.2205	1.5987	-0.598	1.2397	0.0828	-0.3917	-0.1933	0.2923	-0.0924	-0.267	0.0823	0.2524	0.0096	0.1038	-0.0101	-0.1219	0.2976	0.1798	0.2871	50.1563	-11.4556	40.1774
4	1.0928	-0.2024	-0.1625	0.9817	0.4062	1.7219	0.0097	-0.089	-0.1794	0.0932	-0.1157	-0.0192	0.068	-0.1382	0.106	0.0108	-0.0189	-0.0118	0.0471	0.0529	0.1314	17.7675	-17.5731	24.2104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	3 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	2 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	2 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	3 - 401

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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