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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9igl
タイトルCrystal structure of P. syringae phosphinothricin acetyltransferase PSPTO_3321 in complex with L-phosphinothricin
要素Phosphinothricin N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / phosphinothricin / complex
機能・相同性acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHINOTHRICIN / Phosphinothricin N-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / : 2025
タイトル: Structure and activity of a phosphinothricin N-acetyltransferase (PSPTO_3321) from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000.
著者: Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
履歴
登録2025年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphinothricin N-acetyltransferase
B: Phosphinothricin N-acetyltransferase
C: Phosphinothricin N-acetyltransferase
D: Phosphinothricin N-acetyltransferase
E: Phosphinothricin N-acetyltransferase
F: Phosphinothricin N-acetyltransferase
G: Phosphinothricin N-acetyltransferase
H: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,73236
ポリマ-165,7098
非ポリマー3,02328
2,072115
1
A: Phosphinothricin N-acetyltransferase
B: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0417
ポリマ-41,4272
非ポリマー6135
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14790 Å2
2
C: Phosphinothricin N-acetyltransferase
D: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1269
ポリマ-41,4272
非ポリマー6987
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area14640 Å2
3
E: Phosphinothricin N-acetyltransferase
F: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2369
ポリマ-41,4272
非ポリマー8097
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area14700 Å2
4
G: Phosphinothricin N-acetyltransferase
H: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,33011
ポリマ-41,4272
非ポリマー9039
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)138.577, 97.596, 117.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Phosphinothricin N-acetyltransferase


分子量: 20713.580 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア)
遺伝子: bar, PSPTO_3321 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87ZV1

-
非ポリマー , 7種, 143分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-PPQ / PHOSPHINOTHRICIN / 2-AMINO-4-(HYDROXYMETHYL-PHOSPHINYL)BUTANOIC ACID / ホスフィノトリシン


分子量: 181.127 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C5H12NO4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% (w/v) PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→77.96 Å / Num. obs: 50648 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 33.47 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.306 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.321 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4598 / CC1/2: 0.492 / Rpim(I) all: 0.762 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→77.88 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 2530 5 %
Rwork0.2051 --
obs0.2073 50627 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→77.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10509 0 178 115 10802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1443917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.540.33421330.30242557X-RAY DIFFRACTION97
2.54-2.60.32591400.29192648X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.650.33091420.29152698X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.710.3491400.27632658X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.780.31841400.28552650X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.860.34181390.25882662X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.940.29981420.25242686X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.040.32581400.26072666X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.150.31721410.25942684X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.270.28961400.22442652X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.420.26481410.22082682X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.60.26461400.20212649X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.830.22241420.17992702X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.120.23711400.16852660X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.540.17071410.14992693X-RAY DIFFRACTION100
4.54-5.190.19131430.152694X-RAY DIFFRACTION100
5.19-6.540.21441420.17742716X-RAY DIFFRACTION100
6.54-77.880.18541440.1762740X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.565-1.2847-0.61392.9249-0.15626.4762-0.3046-0.02940.2607-0.1313-0.1527-0.4010.24230.67020.34890.2387-0.022-0.03740.3553-0.03410.481820.2707-12.003838.3171
22.0462-2.10241.22874.0369-2.05542.6911-0.1624-0.3233-0.02260.0110.1618-0.1470.1993-0.14150.01520.20480.0031-0.01870.407-0.05950.28748.5635-11.540341.3873
33.0536-1.33-1.23622.3149-0.64524.6568-0.2323-0.3166-0.4470.1530.19510.19670.6388-0.06520.06950.2317-0.097-0.04380.37750.00580.29690.9315-11.28831.6413
40.9360.1369-0.76810.3140.02530.69370.2992-0.13160.35810.0001-0.0167-0.1732-0.34380.5348-0.18190.2005-0.08150.71630.79450.64360.67792.711414.53286.6114
53.90110.5102-0.11143.1988-0.58064.84450.0666-0.26670.8289-0.16180.0876-0.2436-0.41420.2162-0.18370.2450.0133-0.00070.2314-0.0680.4863-0.506515.108724.6729
60.69831.0037-0.93934.92120.54842.26890.46940.22930.7741-0.372-0.615-1.50630.06820.3557-0.0390.33890.02850.13740.3530.20450.83711.331511.10117.801
71.38320.4821-1.10341.2050.25521.26820.25850.34230.216-0.3718-0.1309-0.5352-0.2518-0.4240.02390.24410.46240.30120.44920.37270.7554.70917.277710.5566
83.73551.71171.38661.09250.03614.2571-0.34011.16471.3569-0.6004-0.3127-0.7313-0.4482-0.25860.50290.4369-0.00670.04830.58430.17310.4613-1.177511.866712.3587
94.8785-3.92051.99834.0059-2.33942.06470.0870.56960.2772-0.2316-0.1466-0.49970.30420.19540.0670.3075-0.05440.09950.3192-0.05720.36575.9397-3.55620.1814
106.4976-5.22310.48175.647-0.97842.53310.67980.9109-0.2153-0.9595-0.70690.15450.48520.1437-0.08850.3984-0.0032-0.00430.4312-0.02880.31-4.58874.97449.7004
114.1558-3.28041.49714.0516-1.63620.89670.40340.5739-0.157-0.7722-0.4735-0.38660.47150.3038-0.11180.39020.045-0.00140.3566-0.05840.3511.4361-5.372316.9321
122.99-1.92211.74393.71220.57967.6803-0.19090.5847-0.4666-0.3715-0.25580.7092-0.675-0.4860.45060.2781-0.0655-0.12880.43320.00490.3712-12.18661.254120.1146
132.45250.0636-0.24420.8908-0.35993.46040.05830.26730.2007-0.02760.00620.11050.2458-0.53310.03190.2148-0.0473-0.04160.3317-0.01470.2904-4.2443-3.907225.3837
141.7006-0.715-0.97313.28571.06956.1091-0.0053-0.9145-0.10470.17970.1426-0.23520.08440.1432-0.09940.23740.0433-0.03390.61880.03980.279920.468632.882143.1328
153.2446-1.9102-2.38571.42582.49365.81430.2998-0.09430.6531-0.4385-0.0611-0.109-0.83270.6084-0.15960.3733-0.113-0.02720.27410.01030.348118.74241.469335.5658
162.8557-1.4279-0.2132.0874-1.58822.2667-0.0946-0.42-0.22330.2914-0.0577-0.18450.10740.33660.13730.2789-0.0551-0.09980.33340.00610.26929.427637.168442.8459
172.8944-1.2034-1.24341.9799-0.41331.2971-0.03850.1467-0.52290.0549-0.09960.23110.0916-0.1010.07040.2472-0.0636-0.08480.3817-0.00340.29252.560332.987936.4029
185.3826-1.2976-3.05641.4043-0.02333.37320.12630.1724-0.6036-0.2206-0.33340.23630.0902-0.25080.10810.298-0.0468-0.07380.3032-0.05020.25041.559136.285730.3689
191.55611.04430.674.765-0.05089.4240.16760.18510.2629-0.0958-0.0455-0.1887-0.5983-0.1998-0.09580.23240.0780.00620.23240.06170.35421.069464.529715.2239
201.4368-0.6112-2.13811.11311.31743.32480.1625-0.37180.2296-0.07050.0767-0.2312-0.25650.4719-0.26150.2571-0.0528-0.04440.25490.00540.30516.785559.711523.6535
213.8415-5.29051.40258.3426-0.30263.39970.1840.2610.6033-0.2108-0.3263-0.3575-0.3674-0.10640.09330.22450.02160.02260.42040.07880.25652.356559.600811.8732
225.1538-1.2711.16784.4038-0.73685.09210.39150.39470.044-0.3339-0.61030.14730.5992-0.23090.09770.28320.0598-0.06940.4031-0.06170.336712.352940.780822.4472
236.1367-3.5353-0.08943.488-0.74551.03090.27260.37160.1389-0.1975-0.1438-0.04510.1573-0.1026-0.12120.27670.001-0.070.3484-0.05680.2831-1.429353.353711.6398
240.30590.7220.32561.71240.55633.0680.16690.77460.0337-0.0344-0.40230.43830.2906-0.75320.13190.32470.0611-0.08010.4744-0.07320.2799-4.518646.457717.0661
250.35010.6502-0.271.78161.07623.7880.14820.5032-0.1354-0.0552-0.27720.37230.289-0.52410.13490.32180.0146-0.080.4058-0.10530.178-3.334343.648623.908
263.71480.2748-1.43171.56320.21076.42550.19630.16430.0842-0.0321-0.15250.4180.3761-0.5804-0.05460.1824-0.0752-0.03620.3574-0.03560.4313-43.33397.15814.8319
273.95651.09640.41571.9031-0.18374.62380.2714-0.710.29010.1618-0.32890.3692-0.1432-0.37780.16170.2294-0.06380.00430.2765-0.11450.3252-41.691415.826922.428
283.94513.25730.99793.86022.18834.281-0.14550.5976-0.06830.49690.39130.360.23050.0681-0.07260.1895-0.0219-0.04360.3074-0.07440.2959-38.76819.841112.0591
292.0518-0.5069-2.02414.8252-2.84977.5349-0.1851-0.11740.2381-0.11750.19361.03540.40340.2748-0.44350.2113-0.06630.02590.25360.01370.325-24.75526.681421.4979
301.32281.0058-0.62143.1029-0.16781.9672-0.00620.2019-0.108-0.1953-0.04660.16580.1643-0.04620.05130.2316-0.0178-0.04810.3933-0.02270.2765-28.6328.217116.5598
312.51460.4111-0.31922.8582-0.46133.89870.19580.1819-0.30390.1151-0.12930.31330.30620.1254-0.07730.2036-0.0166-0.01750.2232-0.04460.2492-23.454612.137326.1757
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342.3528-1.21280.13124.5823-0.11791.1204-0.0454-0.48340.42480.3286-0.17730.4375-0.37240.05130.17340.423-0.2450.05720.5206-0.13040.299-24.953235.621943.3354
353.7534.45791.33575.34571.66922.83140.2219-0.26410.3350.3974-0.2960.49890.2379-0.169-0.05620.26410.00660.00340.3118-0.04010.4141-24.728225.933137.5773
362.36682.2102-0.89875.349-0.8990.34410.3944-0.5454-0.15130.9123-0.1080.07280.2911-0.1393-0.09080.5572-0.3232-0.05470.54090.03950.2599-22.648627.208248.1094
370.40860.48040.18822.03250.11160.71190.3715-0.608-0.15390.3944-0.3334-0.28750.02690.2636-0.1070.3519-0.2166-0.06260.6088-0.00840.198-16.69923.112837.92
381.4742-0.6495-0.02892.6488-0.65824.13430.2939-0.42650.10290.2892-0.48570.0262-0.03870.58110.23210.2281-0.1052-0.03050.31120.04630.3031-15.975822.152228.5161
392.6414-0.6557-0.83494.13121.05720.44660.1088-1.1644-0.27371.2450.05430.62650.5696-0.1060.03580.5746-0.25990.0130.71460.09640.3194-28.448510.848748.2831
404.2207-0.9745-0.95772.6841.52546.20930.0770.329-0.30270.0923-0.08940.55330.5727-0.8486-0.05470.2433-0.0935-0.0170.4744-0.01560.373527.47374.72718.881
411.55320.4593-1.59781.41271.49244.9106-0.21310.38930.00090.0917-0.34180.3968-0.1884-0.97470.45910.30090.0167-0.03210.43220.10960.430527.487313.184116.3547
424.04191.7011.00453.26691.69472.5058-0.00440.20540.2035-0.14460.01590.37770.1494-0.15710.00460.21810.0014-0.04460.29770.05150.209639.337210.716210.2173
433.710.6018-1.06742.08151.14732.087-0.0152-0.3319-0.4660.2797-0.21390.1260.42460.14960.04210.29230.0361-0.0410.29720.04580.301144.88997.607821.6905
441.69821.451-0.06641.410.50561.8595-0.0128-0.92191.07680.2825-0.38010.0527-0.37330.310.17030.5656-0.1309-0.06640.7791-0.33210.779442.050438.888745.8351
452.519-1.3747-1.13112.9040.82832.6443-0.199-0.16231.13530.13090.2305-0.2596-0.06920.3628-0.0710.347-0.05810.01160.3161-0.10020.641245.200937.978826.9895
461.1991-0.36710.4792.2160.02632.65530.0693-0.57850.58190.35470.1180.0642-0.25460.2258-0.0480.3581-0.09420.07280.4506-0.15980.533239.564129.687434.2158
471.9051-0.3164-0.35132.258-0.20531.49760.0126-0.95320.15720.3692-0.1495-0.20320.07290.46590.06120.3138-0.098-0.05170.5648-0.01310.303248.058321.137534.176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 139 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 140 through 176 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 14 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 15 through 39 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 40 through 52 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 53 through 61 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 62 through 74 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 75 through 91 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 92 through 115 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 116 through 125 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 126 through 139 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 140 through 175 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 3 through 28 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 29 through 53 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 54 through 115 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 116 through 139 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 140 through 176 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 4 through 28 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 29 through 53 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 54 through 74 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 75 through 83 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 84 through 114 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 115 through 139 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 140 through 175 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 3 through 28 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 29 through 53 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 54 through 74 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 75 through 83 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 84 through 139 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 140 through 176 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 4 through 28 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 29 through 52 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 53 through 74 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 75 through 99 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 100 through 115 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 116 through 138 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 139 through 166 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 167 through 175 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 3 through 28 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 29 through 52 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 53 through 125 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 126 through 176 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 3 through 11 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 12 through 39 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 40 through 99 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 100 through 175 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る