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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9igl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal structure of P. syringae phosphinothricin acetyltransferase PSPTO_3321 in complex with L-phosphinothricin | ||||||
要素 | Phosphinothricin N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / acetyltransferase / phosphinothricin / complex | ||||||
| 機能・相同性 | acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHINOTHRICIN / Phosphinothricin N-acetyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R. | ||||||
| 資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025タイトル: Structure and activity of a phosphinothricin N-acetyltransferase (PSPTO_3321) from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. 著者: Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9igl.cif.gz | 534.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9igl.ent.gz | 444.3 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 9igl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 9igl_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 9igl_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 9igl_validation.xml.gz | 55.3 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 9igl_validation.cif.gz | 69.6 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9igkC C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
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| 単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
| #1: タンパク質 | 分子量: 20713.580 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア)遺伝子: bar, PSPTO_3321 / 発現宿主: ![]() |
|---|
-非ポリマー , 7種, 143分子 












| #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-PPQ / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
|---|
-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 22% (w/v) PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate. |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月23日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.5→77.96 Å / Num. obs: 50648 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 33.47 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.306 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.321 / Net I/σ(I): 6.4 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4598 / CC1/2: 0.492 / Rpim(I) all: 0.762 / % possible all: 99.8 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→77.88 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→77.88 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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