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Yorodumi- PDB-9igk: Crystal structure of P. syringae phosphinothricin acetyltransfera... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9igk | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of P. syringae phosphinothricin acetyltransferase PSPTO_3321 | ||||||
Components | Phosphinothricin N-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / acetyltransferase / phosphinothricin | ||||||
| Function / homology | acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Phosphinothricin N-acetyltransferase Function and homology information | ||||||
| Biological species | Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2025Title: Structure and activity of a phosphinothricin N-acetyltransferase (PSPTO_3321) from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. Authors: Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 9igk.cif.gz | 299.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9igk.ent.gz | 245.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9igk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9igk_validation.pdf.gz | 488.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9igk_full_validation.pdf.gz | 498.4 KB | Display | |
| Data in XML | 9igk_validation.xml.gz | 40.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 9igk_validation.cif.gz | 52.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igk | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9iglC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 19642.426 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (bacteria)Gene: bar, PSPTO_3321 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 549 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-CIT / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PGE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57.01 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.2M tri-sodium citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.972 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2008 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.972 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→53.39 Å / Num. obs: 119224 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 22.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 15.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5781 / CC1/2: 0.647 / Rpim(I) all: 49.9 / Rrim(I) all: 123.5 / % possible all: 97.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→53.39 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.02 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→53.39 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (bacteria)
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