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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9igk
タイトルCrystal structure of P. syringae phosphinothricin acetyltransferase PSPTO_3321
要素Phosphinothricin N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / phosphinothricin
機能・相同性acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Phosphinothricin N-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / : 2025
タイトル: Structure and activity of a phosphinothricin N-acetyltransferase (PSPTO_3321) from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000.
著者: Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
履歴
登録2025年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphinothricin N-acetyltransferase
B: Phosphinothricin N-acetyltransferase
C: Phosphinothricin N-acetyltransferase
D: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,45218
ポリマ-78,5704
非ポリマー1,88214
9,638535
1
A: Phosphinothricin N-acetyltransferase
B: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,31210
ポリマ-39,2852
非ポリマー1,0278
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15250 Å2
2
C: Phosphinothricin N-acetyltransferase
D: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1418
ポリマ-39,2852
非ポリマー8566
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15830 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)105.524, 137.666, 61.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Phosphinothricin N-acetyltransferase


分子量: 19642.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア)
遺伝子: bar, PSPTO_3321 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87ZV1

-
非ポリマー , 5種, 549分子

#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.2M tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→53.39 Å / Num. obs: 119224 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 22.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5781 / CC1/2: 0.647 / Rpim(I) all: 49.9 / Rrim(I) all: 123.5 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→53.39 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 5957 5 %
Rwork0.1867 --
obs0.1878 119130 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→53.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5369 0 118 535 6022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6242184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.31351910.29343631X-RAY DIFFRACTION97
1.62-1.640.30131960.28833723X-RAY DIFFRACTION99
1.64-1.660.31161960.27463716X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.680.26651980.25083755X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.70.27931970.24713729X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.720.24621970.23753751X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.2731960.22213725X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.770.27661970.22763758X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.80.25281950.21983723X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.29421980.23173751X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.23231970.2233755X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.27431980.22093749X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.930.22791980.20743757X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.970.22771970.19373745X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.020.26671990.19563776X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.23011980.19363768X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.110.22181990.20023780X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.170.22411960.19863725X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.240.20811980.1853770X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.310.20372000.1843788X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.390.2241990.1813782X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.490.20151990.18393776X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.60.21972000.19223805X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.740.22771990.18613771X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.910.22212000.19343810X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.130.19952020.19623833X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.450.21292010.1923835X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.950.19692040.17533852X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.970.14662030.14263873X-RAY DIFFRACTION100
4.97-53.390.17992090.1683961X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05270.06060.02320.12870.00270.04060.21960.45550.0044-0.1561-0.2710.08940.0733-0.28860.07860.25830.0039-0.03560.45680.04070.1922-0.541521.606628.2918
20.00430.00680.00370.00160.00790.008-0.01680.13380.0608-0.0334-0.2004-0.01570.1376-0.0403-0.00020.35650.0271-0.03850.7024-0.00810.33198.051912.958418.4428
30.05850.00490.0170.01640.02470.02410.07470.1987-0.0860.0026-0.0759-0.06770.2626-0.1097-0.01370.3201-0.0618-0.0360.23550.00240.18325.938412.042834.8951
40.00270.03220.00880.19080.08890.05450.11750.21360.0233-0.012-0.0742-0.05550.1649-0.4547-0.02930.20370.0134-0.0130.36580.06850.19822.576824.2730.8795
50.1005-0.0597-0.15730.1850.10180.23120.10440.2550.3188-0.1227-0.1163-0.16080.0473-0.1150.00870.20510.03660.00020.20870.09030.240414.451725.306931.4728
60.0276-0.01620.00150.00960.0010.00280.03790.19970.0012-0.1082-0.00760.07230.00650.00240.01210.30590.0503-0.03330.32650.20560.419515.564329.089617.7432
70.3533-0.0875-0.00940.1408-0.02380.06130.19560.70750.1303-0.2337-0.17510.1230.0981-0.0754-0.03530.34150.1436-0.01340.43090.20880.270320.609320.908317.7647
80.17360.11680.01120.1003-0.00730.00480.18240.52260.2493-0.1432-0.21140.0220.06910.03680.03220.29430.1085-0.01870.39010.17730.260821.471321.903319.6894
90.009-0.0064-0.00810.0320.02320.01960.0387-0.00910.30650.03690.0418-0.2380.05840.07090.02560.2188-0.0054-0.04790.16740.01780.435825.665628.584743.6702
100.0846-0.03520.00890.0384-0.01780.110.01650.2091-0.05410.0599-0.0533-0.0546-0.00920.0611-0.07030.26720.0535-0.00070.1464-0.01480.273838.8474-3.035134.8935
110.00680.00040.00460.0090.00690.00250.04590.36680.19610.06090.0247-0.1496-0.05520.13210.00030.29430.05270.00110.17610.04450.302233.934910.664940.8176
120.0069-0.00130.00350.0004-0.00720.0069-0.05760.1602-0.01580.12650.00520.0824-0.0602-0.15780.00010.22740.039-0.02950.183-0.01440.325925.7325-2.654234.39
130.08180.0041-0.00710.00970.00770.06590.03650.2032-0.1502-0.0271-0.0495-0.0450.0434-0.2159-0.0030.26380.0567-0.01680.2266-0.01090.262637.5348-2.520829.6119
140.0852-0.0409-0.03780.06940.05180.1140.15510.1621-0.0632-0.1214-0.112-0.0513-0.0723-0.2055-0.00260.27580.1082-0.00920.33830.01260.21331.59746.968225.9475
150.1092-0.04920.02970.13430.03870.10950.3410.6360.1723-0.3964-0.3568-0.122-0.03860.0215-0.00880.34840.1909-0.02540.4634-0.02540.164734.39093.960419.5037
160.0079-0.0019-0.02250.0303-0.00350.08780.09350.07060.1472-0.00160.0557-0.0728-0.09080.1414-0.01290.23040.09740.06160.4470.12560.407942.344916.11226.2994
170.1551-0.17510.00820.2285-0.0910.02670.26730.61390.646-0.1613-0.2258-0.309-0.02320.25390.13250.25780.13380.03110.40210.15580.210132.451617.41725.1482
180.00820.00010.01490.0090.0010.0261-0.03870.0766-0.23690.07330.0831-0.1779-0.01310.0775-00.24130.01790.03530.1749-0.01150.26568.879942.665612.7998
190.127-0.0397-0.01960.0476-0.03180.0344-0.05570.49370.17610.01550.1155-0.0062-0.0854-0.23740.0140.2954-0.00390.03190.35870.08070.218860.867953.2213.1936
200.00060.00510.01170.00050.00840.00990.00810.1413-0.1464-0.07530.11290.13260.0921-0.01380.00010.41940.0184-0.03540.70430.07940.322352.100652.2783-3.7634
210.01240.01210.01110.0301-0.00290.01470.05980.08620.133-0.078-0.00190.0687-0.1991-0.2729-0.00730.27480.12220.03420.24230.03150.203553.083154.888112.9126
220.0255-0.00190.02220.0077-0.00920.0564-0.004-0.01060.0012-0.09620.0981-0.12-0.1671-0.05390.00190.22310.01210.06930.1978-0.00440.255664.638245.51811.0444
230.03670.05130.11540.10240.18130.24990.0795-0.1838-0.1397-0.1341-0.13020.0167-0.3206-0.1916-0.02310.21040.07590.02310.35850.00120.194549.126143.859411.5389
240.0830.02490.09990.03610.03870.10070.19010.1984-0.0544-0.18080.0459-0.0824-0.11490.05530.08530.24350.01850.07040.3702-0.03360.238159.232741.8523.1321
250.07510.08780.1210.12980.12780.20520.129-0.0654-0.42-0.02370.0936-0.2103-0.034-0.16210.05780.1890.022700.26350.02330.272253.905436.211812.1254
260.00650.00870.0010.0109-0.00170.00690.06710.2683-0.1307-0.11340.0099-0.1424-0.1195-0.087-0.00130.2390.05020.05580.4128-0.10580.345253.457734.6509-3.9399
270.0433-0.00030.01330.0149-0.0109-0.01180.01880.6244-0.2235-0.1625-0.0482-0.2404-0.09510.0783-0.00010.27750.0410.02020.41450.00220.288744.826439.5049-3.665
280.22960.04430.10570.22880.04730.06850.19830.0643-0.3728-0.0797-0.0020.0053-0.1052-0.28540.0970.20930.01430.01640.40220.08640.278544.512234.99399.1015
290.0628-0.0226-0.02490.07660.03270.13950.0231-0.0282-0.11210.0487-0.06160.1796-0.111-0.0825-0.06690.25840.0304-0.03940.1260.00660.3117.3350.91813.7637
300.0031-0.00450.01350.0005-0.00410.0123-0.10630.2401-0.2673-0.09520.0682-0.09340.07420.163300.3350.0420.02110.3334-0.04680.464128.846843.052819.6272
310.01-0.01040.00280.0194-0.00040.0073-0.0392-0.04120.0654-0.01290.1377-0.2472-0.10880.19760.01450.2588-0.03360.00530.1869-0.0180.375528.995958.008912.8204
320.0597-0.01770.04890.054-0.01760.1795-0.02250.10430.0091-0.0944-0.0530.1149-0.2558-0.0419-0.00840.23320.0218-0.02290.16750.00440.304918.495751.97218.0445
330.0022-0.0018-0.00010.0040.00930.00970.1066-0.00760.06160.0748-0.0388-0.02110.05370.0335-00.3430.00890.00120.45880.03350.321640.770850.5059-0.8256
340.1339-0.03180.04360.21080.10670.07870.30760.3492-0.1142-0.1359-0.24450.26540.0545-0.0581-0.01440.23830.0399-0.04780.2767-0.01060.284719.993646.69223.1682
350.133-0.0981-0.08460.07430.10340.09020.27160.3414-0.2082-0.0301-0.15670.1975-0.03040.0110.01780.24770.0182-0.04690.2879-0.0310.271226.654238.84212.2351
360.01580.0144-0.01340.0052-0.01160.00990.05040.0327-0.1286-0.0775-0.1239-0.0838-0.0452-0.0687-00.22750.0352-0.0460.3427-0.08590.247830.391835.6463-0.112
370.03260.07160.03320.15510.06590.0281-0.0754-0.1425-0.01030.0046-0.05470.0830.0204-0.1942-0.1634-0.4618-0.043-0.18251.19020.35030.356335.545931.205417.0623
380.0628-0.0232-0.00290.02890.0064-0.00120.10240.4396-0.1577-0.184-0.13980.1141-0.1593-0.10950.00660.30990.082-0.05090.4633-0.01610.184332.116243.2804-6.5841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 53 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 74 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 125 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 126 through 138 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 139 through 155 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 156 through 166 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 167 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 27 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 28 through 39 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 40 through 53 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 54 through 74 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 75 through 99 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 100 through 125 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 126 through 138 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 139 through 175 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 2 through 11 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 12 through 27 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 28 through 39 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 40 through 53 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 54 through 64 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 65 through 83 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 84 through 99 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 100 through 125 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 126 through 138 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 139 through 155 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 156 through 179 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 3 through 28 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 29 through 39 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 40 through 53 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 54 through 74 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 75 through 83 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 84 through 115 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 116 through 138 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 139 through 147 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 148 through 159 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 160 through 175 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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