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Yorodumi- PDB-9igl: Crystal structure of P. syringae phosphinothricin acetyltransfera... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9igl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of P. syringae phosphinothricin acetyltransferase PSPTO_3321 in complex with L-phosphinothricin | ||||||
Components | Phosphinothricin N-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / acetyltransferase / phosphinothricin / complex | ||||||
| Function / homology | acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHINOTHRICIN / Phosphinothricin N-acetyltransferase Function and homology information | ||||||
| Biological species | Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2025Title: Structure and activity of a phosphinothricin N-acetyltransferase (PSPTO_3321) from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. Authors: Davies, A.M. / Trentham, D. / Sutton, B.J. / Brown, P.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9igl.cif.gz | 534.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9igl.ent.gz | 444.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9igl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9igl_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9igl_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
| Data in XML | 9igl_validation.xml.gz | 55.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 9igl_validation.cif.gz | 69.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igl | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9igkC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 20713.580 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (bacteria)Gene: bar, PSPTO_3321 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 143 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-PPQ / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.02 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 22% (w/v) PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→77.96 Å / Num. obs: 50648 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 33.47 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.306 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.321 / Net I/σ(I): 6.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.58 Å / Redundancy: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4598 / CC1/2: 0.492 / Rpim(I) all: 0.762 / % possible all: 99.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→77.88 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.83 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→77.88 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (bacteria)
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