PDB-9idm: Human Deoxyhypusine Synthase Fragment Screening Campaign - ligand...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9idm

タイトル

Human Deoxyhypusine Synthase Fragment Screening Campaign - ligand VT00175

要素

Deoxyhypusine synthase

キーワード

TRANSFERASE / fragment screening / polyamines / high-throughput / posttranslational modifications

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / protein maturation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Wilk, P. / Wator-Wilk, E. / Krojer, T. / Grudnik, P.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2026
タイトル: Crystallographic fragment screening supports tool compound discovery and reveals conformational flexibility in human deoxyhypusine synthase.
著者: Wilk, P. / Wator-Wilk, E. / Muszak, D. / Kochanowski, P. / Krojer, T. / Grudnik, P.

履歴

登録	2025年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年1月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2026年2月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9idm.cif.gz	163.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9idm.ent.gz	126.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9idm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/9idm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/9idm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9id1C 9id2C 9id3C 9id4C 9id5C 9id6C 9id7C 9id8C 9id9C 9idaC 9idbC 9idcC 9iddC 9ideC 9idfC 9idgC 9idhC 9idiC 9idjC 9idkC 9idlC 9idnC 9idoC 9idpC 9idqC 9idrC 9idsC 9idtC 9iduC 9idvC 9idwC 9idxC 9idyC 9idzC 9ie0C 9ie1C 9ie2C 9ie3C 9ie4C 9ie5C 9ie6C 9ie7C 9ie8C 9ie9C 9ieaC 9iebC 9iecC 9iedC 9ieeC 9iefC 9iegC 9iehC 9ieiC 9iejC 9iekC 9ielC 9iemC 9ienC 9ieoC 9iepC 9ieqC 9ierC 9iesC 9ietC 9ieuC 9ievC 9iexC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyhypusine synthase

B: Deoxyhypusine synthase

ヘテロ分子

83.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyhypusine synthase

B: Deoxyhypusine synthase

ヘテロ分子

A: Deoxyhypusine synthase

B: Deoxyhypusine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.160, 105.160, 160.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-721- HOH
2	1	B-713- HOH

#1: タンパク質	Deoxyhypusine synthase / DHS 分子量: 41044.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHPS, DS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-OCH / QUINOLIN-2(1H)-ONE / 2-OXOQUINOLINE 分子量: 145.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.025-0.125 mM carboxylic acid mix, 30-60% precipitant mix (MPD, PEG 1000, PEG 3350), 100 mM Tris-Bicine pH = 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX IV

/ ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月13日

放射

モノクロメーター: Si(111), double crystal monochromator, horizontally deflecting,LN2 side-cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.43→46.09 Å / Num. obs: 188836 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 14.19

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.43-1.52	2.085	0.89	30261	0.605	2.204	1
1.52-1.62	1.295		28498	0.853	1.356	1
1.62-1.75	0.674		26543	0.95	0.706	1
1.75-1.92	0.343		24470	0.984	0.359	1
1.92-2.14	0.172		22218	0.995	0.18	1
2.14-2.47	0.098		19609	0.997	0.102	1
2.47-3.03	0.062		16714	0.999	0.065	1
3.03-4.27	0.042		13043	0.999	0.044	1
4.27-46.09	0.041	53.43	7480	0.999	0.043	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データスケーリング
DIMPLE		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.43→46.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20098	9370	5 %	RANDOM
R_work	0.1841	-	-	-
obs	0.18498	179451	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.43→46.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5363	0	118	466	5947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.012	5737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5418
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.858	1.659	7826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.016	1.575	12462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.836	5	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.147	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.117	10	955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	6802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.571	2.902	2796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.565	2.902	2796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.51	5.219	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.509	5.22	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.86	3.185	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.86	3.184	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.636	5.724	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.597	31.08	6735
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.596	31.07	6736
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.432	705	-
R_work	0.41	13099	-
obs	-	-	99.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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