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- PDB-9i97: Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE in complex with a Bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i97
タイトルCryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE in complex with a Bicyclic Peptide binder (Compound 12)
要素
  • Compound 12 - Bicyclic Peptide Binder
  • LPS-assembly lipoprotein LptE
  • LPS-assembly protein LptD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane / LPS transport
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Allyjaun, S. / Dunbar, E. / Hardwick, S.W. / Chirgadze, D.Y. / Hubbard, J. / van den Berg, B. / Newman, H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Innovate UK 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2025
タイトル: High-Throughput Identification and Characterization of LptDE-Binding Bicycle Peptides Using Phage Display and Cryo-EM.
著者: Shenaz Allyjaun / Emily Dunbar / Steven W Hardwick / Sarah Newell / Finn Holding / Catherine E Rowland / Megan A St Denis / Simone Pellegrino / Gustavo Arruda Bezerra / Nikolaos Bournakas / ...著者: Shenaz Allyjaun / Emily Dunbar / Steven W Hardwick / Sarah Newell / Finn Holding / Catherine E Rowland / Megan A St Denis / Simone Pellegrino / Gustavo Arruda Bezerra / Nikolaos Bournakas / Dimitri Y Chirgadze / Lee Cooper / Giulia Paris / Nick Lewis / Peter Brown / Michael J Skynner / Michael J Dawson / Paul Beswick / Julia Hubbard / Bert van den Berg / Hector Newman /
要旨: The lipopolysaccharide (LPS) transport (Lpt) system in Gram-negative bacteria maintains the integrity of the asymmetric bacterial outer membrane (OM). LPS biogenesis systems are essential in most ...The lipopolysaccharide (LPS) transport (Lpt) system in Gram-negative bacteria maintains the integrity of the asymmetric bacterial outer membrane (OM). LPS biogenesis systems are essential in most Gram-negative bacteria, with LptDE responsible for the delivery of LPS to the outer leaflet of the OM. As an externally accessible, essential protein, LptDE offers a promising target for inhibitor development without the need for cellular penetration. However, there are no direct inhibitors of LptDE, and drug discovery is made challenging since it is a membrane target without a conventional active site. Here, the bicycle phage display platform was used in combination with cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) and surface plasmon resonance to identify and map bicyclic peptide binders to LptDE (SfLptDE). Four distinct epitopes with unique bicycle molecule binding motifs were identified across the SfLptD β-barrel. This method represents a streamlined workflow for the identification and prioritization of hit molecules against LptDE.
履歴
登録2025年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: Compound 12 - Bicyclic Peptide Binder
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0135
ポリマ－109,1443
非ポリマー8692
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 LPS-assembly protein LptD


分子量: 87135.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: lptD, imp, ostA, SF0051, S0053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83SQ0
#2: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量: 20338.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: lptE, rlpB, SF0640, S0662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83LX4
#3: タンパク質・ペプチド Compound 12 - Bicyclic Peptide Binder


分子量: 1669.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-A1I1D / 1-[4,7-bis(2-chloranylethanoyl)-1,4,7-triazonan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone


分子量: 358.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18Cl3N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Shigella flexneri LptDE in complex with Bicyclic Peptide Binder (Compound 6)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 53.03 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 512272 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.48 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056034
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.678198
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.104821
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051857
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061072

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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