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タイトルHigh-Throughput Identification and Characterization of LptDE-Binding Bicycle Peptides Using Phage Display and Cryo-EM.
ジャーナル・号・ページJ Med Chem, Vol. 68, Issue 20, Page 21144-21155, Year 2025
掲載日2025年10月23日
著者Shenaz Allyjaun / Emily Dunbar / Steven W Hardwick / Sarah Newell / Finn Holding / Catherine E Rowland / Megan A St Denis / Simone Pellegrino / Gustavo Arruda Bezerra / Nikolaos Bournakas / Dimitri Y Chirgadze / Lee Cooper / Giulia Paris / Nick Lewis / Peter Brown / Michael J Skynner / Michael J Dawson / Paul Beswick / Julia Hubbard / Bert van den Berg / Hector Newman /
PubMed 要旨The lipopolysaccharide (LPS) transport (Lpt) system in Gram-negative bacteria maintains the integrity of the asymmetric bacterial outer membrane (OM). LPS biogenesis systems are essential in most ...The lipopolysaccharide (LPS) transport (Lpt) system in Gram-negative bacteria maintains the integrity of the asymmetric bacterial outer membrane (OM). LPS biogenesis systems are essential in most Gram-negative bacteria, with LptDE responsible for the delivery of LPS to the outer leaflet of the OM. As an externally accessible, essential protein, LptDE offers a promising target for inhibitor development without the need for cellular penetration. However, there are no direct inhibitors of LptDE, and drug discovery is made challenging since it is a membrane target without a conventional active site. Here, the bicycle phage display platform was used in combination with cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) and surface plasmon resonance to identify and map bicyclic peptide binders to LptDE (SfLptDE). Four distinct epitopes with unique bicycle molecule binding motifs were identified across the SfLptD β-barrel. This method represents a streamlined workflow for the identification and prioritization of hit molecules against LptDE.
リンクJ Med Chem / PubMed:41048016 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.35 - 2.86 Å
構造データ

52749

9i92

EMDB-52749, PDB-9i92:
Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.41 Å

52750

9i93

EMDB-52750, PDB-9i93:
Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

52751

9i94

EMDB-52751, PDB-9i94:
Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

52752

9i95

EMDB-52752, PDB-9i95:
Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

52753

9i96

EMDB-52753, PDB-9i96:
Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

52754

9i97

EMDB-52754, PDB-9i97:
Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE in complex with a Bicyclic Peptide binder (Compound 12)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.48 Å

52755

9i98

EMDB-52755, PDB-9i98:
Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 13)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

52896

9q8n

EMDB-52896, PDB-9q8n:
Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

化合物

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

PDB-1i1d:
CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST GNA1 BOUND TO COA AND GLNAC-6P

ChemComp-KZ0:
2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine / 2,4,6-トリス(クロロメチル)-1,3,5-トリアジン

PDB-1i1e:
CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH DOXORUBICIN


化合物 画像なし

ChemComp-R06:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

ChemComp-Z41:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / 1-O,2-O-ジパルミトイル-L-グリセロ-ル

PDB-1i4o:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE XIAP/CASPASE-7 COMPLEX

由来
  • shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / lipid transport / Outer membrane / LPS transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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