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- PDB-9i78: Cryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i78
タイトルCryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 30
  • (Putative 60S ribosomal ...) x 2
  • (Putative ribosomal ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 6
  • 26S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • CCDC47
  • Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
  • Putative inorganic phosphate transporter protein
  • SEC61 beta subunit
  • SEC61 gamma subunit
  • Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein
  • Translocon-associated protein subunit alpha
キーワードRIBOSOME / membrane protein biogenesis / SND3 / co-translation translocation / insertase
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / preribosome / protein targeting to ER / protein N-linked glycosylation via asparagine / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / protein kinase regulator activity / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / endomembrane system ...dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / preribosome / protein targeting to ER / protein N-linked glycosylation via asparagine / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / protein kinase regulator activity / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / endomembrane system / post-translational protein modification / cellular response to amino acid starvation / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / intracellular protein transport / protein transport / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRP-independent targeting protein 3 / Phosphate transport (Pho88) / PAT complex subunit CCDC47 / PAT complex subunit CCDC47 / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Gcn1, N-terminal / : / : / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal ...SRP-independent targeting protein 3 / Phosphate transport (Pho88) / PAT complex subunit CCDC47 / PAT complex subunit CCDC47 / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Gcn1, N-terminal / : / : / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats / Fungal GCN1-like, HEAT repeats / Stalled ribosome sensor GCN1 N-terminal / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Elongation factor 3/GNC1 HEAT repeat / EF3 N-terminal HEAT repeat / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / : / STT3/PglB/AglB core domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / TOG domain / TOG / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / : / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L6e / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L26-like protein / Putative inorganic phosphate transporter protein / Ribosomal protein L15 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L26-like protein / Putative inorganic phosphate transporter protein / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L6 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / 60S ribosomal protein l9-like protein / 60S ribosomal protein l21-like protein / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L14-like protein / 60S ribosomal protein L2-like protein / 60S ribosomal protein L25-like protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L43-like protein / 60S ribosomal protein L32-like protein / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L18-like protein / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L8 / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L44-like protein / 60S ribosomal protein L20 / 60S ribosomal protein l33-like protein / Putative 60S ribosomal protein / 60S ribosomal protein L22-like protein / Large ribosomal subunit protein uL18 / 60S ribosomal protein l30-like protein / 60S ribosomal protein L10-like protein / 60S ribosomal protein L4-like protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein l7-like protein / Ribosomal protein l34-like protein / Translocon-associated protein subunit alpha / Large ribosomal subunit protein uL22 / 60S ribosomal protein L16-like protein / Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein / Putative 60S ribosomal protein / Large ribosomal subunit protein uL5 / 60S ribosomal protein l23-like protein / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L29
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, T.J. / McDowell, M.A.
資金援助European Union, ドイツ, 3件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionHORIZON-MSCA-2022-PF-01; Project ID: 101107937European Union
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1507/P16 (project-ID 450648163) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex.
著者: Tzu-Jing Yang / Saumyak Mukherjee / Julian D Langer / Gerhard Hummer / Melanie A McDowell /
要旨: During the biogenesis of most eukaryotic integral membrane proteins (IMPs), transmembrane domains are inserted into the endoplasmic reticulum membrane by a dedicated insertase or the SEC61 translocon. ...During the biogenesis of most eukaryotic integral membrane proteins (IMPs), transmembrane domains are inserted into the endoplasmic reticulum membrane by a dedicated insertase or the SEC61 translocon. The SRP-independent (SND) pathway is the least understood route into the membrane, despite catering for a broad range of IMP types. Here, we show that Chaetomium thermophilum SND3 is a membrane insertase with an atypical fold. We further present a cryo-electron microscopy structure of a ribosome-associated SND3 translocon complex involved in co-translational IMP insertion. The structure reveals that the SND3 translocon additionally comprises the complete SEC61 translocon, CCDC47 and TRAPɑ. Here, the SEC61β N-terminus works together with CCDC47 to prevent substrate access to the translocon. Instead, molecular dynamics simulations show that SND3 disrupts the lipid bilayer to promote IMP insertion via its membrane-embedded hydrophilic groove. Structural and sequence comparisons indicate that the SND3 translocon is a distinct multipass translocon in fungi, euglenozoan parasites and other eukaryotic taxa.
履歴
登録2025年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein
2: SEC61 beta subunit
3: SEC61 gamma subunit
4: CCDC47
6: Putative inorganic phosphate transporter protein
7: Translocon-associated protein subunit alpha
LA: 60S ribosomal protein L2-like protein
LB: 60S ribosomal protein L3-like protein
LC: 60S ribosomal protein L4-like protein
LD: 60S ribosomal protein l5-like protein
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein l7-like protein
LG: 60S ribosomal protein L8
LH: 60S ribosomal protein l9-like protein
LI: 60S ribosomal protein L10-like protein
LJ: Putative ribosomal protein
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14-like protein
LN: Ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L16-like protein
LP: 60S ribosomal protein l17-like protein
LQ: Ribosomal protein L18-like protein
LR: Ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L20
LT: 60S ribosomal protein l21-like protein
LU: 60S ribosomal protein L22-like protein
LV: 60S ribosomal protein l23-like protein
LX: 60S ribosomal protein L25-like protein
LY: 60S ribosomal protein L26-like protein
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L28-like protein
Lb: 60S ribosomal protein L29
Lc: 60S ribosomal protein l30-like protein
Ld: Putative 60S ribosomal protein
Le: 60S ribosomal protein L32-like protein
Lf: 60S ribosomal protein l33-like protein
Lg: Ribosomal protein l34-like protein
Lh: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38-like protein
Ll: Ribosomal protein eL39
Lm: Putative ribosomal protein
Ln: 60S ribosomal protein L41-A
Lo: 60S ribosomal protein L44-like protein
Lp: 60S ribosomal protein L43-like protein
Lq: Putative 60S ribosomal protein
L1: 26S rRNA
L2: 5.8S rRNA
L3: 5S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,121,455429
ポリマ－2,112,24350
非ポリマー9,212379
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 7種, 7分子 123467Lh

#1: タンパク質 Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein


分子量: 52322.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHC8
#2: タンパク質 SEC61 beta subunit


分子量: 12552.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#3: タンパク質 SEC61 gamma subunit


分子量: 7818.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFD9
#4: タンパク質 CCDC47


分子量: 51723.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: genome engineered CCDC47 (internal FLAG-tag after the residue T60)
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0024800
発現宿主: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S5M5
#5: タンパク質 Putative inorganic phosphate transporter protein


分子量: 24180.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Putative inorganic phosphate transporter protein with C-terminal TwinStrep-tag
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0007540
発現宿主: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RYQ7
#6: タンパク質 Translocon-associated protein subunit alpha


分子量: 29964.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SGC8
#38: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase


分子量: 14643.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase

+
60S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 LALBLCLDLELFLGLHLILLLMLOLPLSLTLULVLXLYLZLaLbLcLeLfLiLkLnLoLp

#7: タンパク質 60S ribosomal protein L2-like protein


分子量: 27598.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S4P8
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L3-like protein


分子量: 44456.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RXW1
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L4-like protein


分子量: 39439.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFC3
#10: タンパク質 60S ribosomal protein l5-like protein


分子量: 35034.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEG2
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 22132.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0D6
#12: タンパク質 60S ribosomal protein l7-like protein


分子量: 28821.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFL0
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 29744.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SAJ9
#14: タンパク質 60S ribosomal protein l9-like protein


分子量: 21582.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0E5
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like protein


分子量: 25255.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEI1
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24191.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S992
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L14-like protein


分子量: 16111.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1R0
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L16-like protein


分子量: 22888.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SH61
#21: タンパク質 60S ribosomal protein l17-like protein


分子量: 21072.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SGY1
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20341.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCE2
#25: タンパク質 60S ribosomal protein l21-like protein


分子量: 18159.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0Z3
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L22-like protein


分子量: 14302.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SDS8
#27: タンパク質 60S ribosomal protein l23-like protein


分子量: 14674.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SI44
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L25-like protein


分子量: 17175.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S507
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L26-like protein


分子量: 15565.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RYN9
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15803.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RZE9
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L28-like protein


分子量: 16848.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Ribosomal protein eL29


分子量: 7529.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: Q2H9W4
#33: タンパク質 60S ribosomal protein l30-like protein


分子量: 11602.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEI0
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L32-like protein


分子量: 15095.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6V4
#36: タンパク質 60S ribosomal protein l33-like protein


分子量: 12330.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCL3
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12784.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SBN1
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L38-like protein


分子量: 9537.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#44: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / Ribosomal protein eL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: P0CX86
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L44-like protein


分子量: 12045.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SBZ6
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L43-like protein


分子量: 10158.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6B0

-
Putative ribosomal ... , 2種, 2分子 LJLm

#16: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHQ2
#43: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 14609.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

-
Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 LNLQLRLgLjLl

#19: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RZ88
#22: タンパク質 Ribosomal protein L18-like protein


分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9B5
#23: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 22409.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9T3
#37: タンパク質 Ribosomal protein l34-like protein


分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFN0
#40: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S101
#42: タンパク質 Ribosomal protein eL39


分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: Q2H9R2

-
Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 LdLq

#34: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SD68
#47: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHJ6

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L1L2L3

#48: RNA鎖 26S rRNA


分子量: 1078730.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#49: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50147.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: GenBank: XR_002966750.1
#50: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38596.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: GenBank: 7OLC_3

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非ポリマー , 1種, 379分子

#51: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ribosome-bound SND3 translocon / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#50 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2100 mMPotassium acetateKOAc1
310 mMMagnesium acetateMg(OAc)21
40.25 %DigitoninDigitonin1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: waiting time: 15 s blot force: 0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.4.0粒子像選択blob picker
2EPU3.8画像取得
4cryoSPARC4.4.0CTF補正patch-CTF
7UCSF ChimeraX1.7.0モデルフィッティング
8Coot0.9.8モデルフィッティング
9PHENIX1.2モデルフィッティング
11PHENIX1.2モデル精密化
12cryoSPARC4.4.0初期オイラー角割当ab-initio reconstruction
13cryoSPARC4.4.0最終オイラー角割当non-uniform refinement
14cryoSPARC4.4.0分類3D classification without alignment
15cryoSPARC4.4.0３次元再構成non-uniform refinement with CTF refinements
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2108591
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119533 / 詳細: non-uniform refinement with CTF refinements / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-ID詳細Source nameタイプAccession codeInitial refinement model-ID
1complex of CCDC47 and SND3AlphaFoldin silico model
2complex of SEC61 transloconAlphaFoldin silico model
3complex of SEC61 translocon and TRAP alpha subunitAlphaFoldin silico model
47OLC

7olc

ribosomePDBexperimental model7OLC2
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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