PDB-9i5h: Structure of the bacterial archaellum from L. aerophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i5h

タイトル

Structure of the bacterial archaellum from L. aerophila

要素

Flagellin

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Helical / cell surface structure / motility / archaellum

機能・相同性

Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / Flagellin/pilin, N-terminal / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellin

機能・相同性情報

生物種

Litorilinea aerophila (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sivabalasarma, S. / Taib, N. / Mollat, C.L. / Joest, M. / Steimle, S. / Gribaldo, S. / Albers, S.-V.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Horizontal gene transfer of the functional archaellum machinery to Bacteria
著者: Sivabalasarma, S. / Taib, N. / Mollat, C.L. / Joest, M. / Steimle, S. / Gribaldo, S. / Albers, S.V.

履歴

登録	2025年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i5h.cif.gz	493.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i5h.ent.gz	415.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/9i5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/9i5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	52629MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Flagellin

D: Flagellin

E: Flagellin

F: Flagellin

G: Flagellin

H: Flagellin

I: Flagellin

J: Flagellin

K: Flagellin

L: Flagellin

M: Flagellin

N: Flagellin

O: Flagellin

P: Flagellin

Q: Flagellin

R: Flagellin

S: Flagellin

331 kDa, 17 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Flagellin 分子量: 19468.656 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Litorilinea aerophila (バクテリア) / 株: DSM:25763 / 参照: UniProt: A0A540VDN8
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Archaellum filament of L. aerophila / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Archaellum filament isolated from the cell surface of L. aerophila
Entity ID: all / 由来: NATURAL

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Litorilinea aerophila (バクテリア) / 株: DSM:25763 / 細胞内の位置: cell surface

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: 2% NaCl in 1x PBS, pH 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	2 %	sodium chloride	NaCl	1
2	1 x	phosphate buffered saline	PBS	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: sheared and purified archaella filament from L. aerophila

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU	3.6	画像取得
12	cryoSPARC	v4.6	３次元再構成
13	PHENIX	1.18.2_3874	モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

らせん対称

回転角度/サブユニット: 108.14 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.64 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1610077 / クラス平均像の数: 20 / 対称性のタイプ: HELICAL

精密化

立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	23673
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.608	32459
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	16.884	3263
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.05	4163
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	4130

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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