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万見
- EMDB-52629: Structure of the bacterial archaellum from L. aerophila -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52629
タイトルStructure of the bacterial archaellum from L. aerophila
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Archaellum filament of L. aerophila
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
キーワードHelical / cell surface structure / motility / archaellum / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Flagellin, archaea / Archaeal-type flagellin / Flagellin/pilin, N-terminal / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellin
機能・相同性情報
生物種Litorilinea aerophila (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sivabalasarma S / Taib N / Mollat CL / Joest M / Steimle S / Gribaldo S / Albers S-V
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)403222702 ドイツ
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Horizontal gene transfer of the functional archaellum machinery to Bacteria
著者: Sivabalasarma S / Taib N / Mollat CL / Joest M / Steimle S / Gribaldo S / Albers SV
履歴
登録2025年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 63.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 255 pix.
= 244.8 Å		0.96 Å/pix.
x 255 pix.
= 244.8 Å		0.96 Å/pix.
x 255 pix.
= 244.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.025510956 - 0.059709243
平均 (標準偏差)0.0004965826 (±0.0038878853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ255255255
Spacing255255255
セルA=B=C: 244.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52629_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52629_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Archaellum filament of L. aerophila

全体名称: Archaellum filament of L. aerophila
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Archaellum filament of L. aerophila
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin

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超分子 #1: Archaellum filament of L. aerophila

超分子名称: Archaellum filament of L. aerophila / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Archaellum filament isolated from the cell surface of L. aerophila
由来(天然)生物種: Litorilinea aerophila (バクテリア) / 株: DSM:25763 / 細胞中の位置: cell surface

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分子 #1: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Litorilinea aerophila (バクテリア) / 株: DSM:25763
分子量理論値: 19.468656 KDa
配列文字列:
ITALETAIIL IAFVVVASVF AFTILSAGTF STERGKEAVY AGLSEVRSSI EIKGSVVIIG ETTGATGTVD SVIFTVASAA GGEPIDLNN DPDDRVVVID YRDATQRHTD VDWSVTWLGK NDYDTTGDTL LEQGELAEIT VTLAPTITLS TNTDFIIEVK P PAGAVFSI QRTTPAYIET VNDLQ

UniProtKB: Flagellin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
2.0 %NaClsodium chloride
1.0 xPBSphosphate buffered saline

詳細: 2% NaCl in 1x PBS, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細sheared and purified archaella filament from L. aerophila

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 20
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.64 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 108.14 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6) / 使用した粒子像数: 1610077
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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