PDB-9i4f: Blood Type B-converting alpha-1,3-galactosidase PpaGal from Pedob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i4f

タイトル

Blood Type B-converting alpha-1,3-galactosidase PpaGal from Pedobacter panaciterrae in its apo form

要素

Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

キーワード

HYDROLASE / alpha-1 / 3-galactopyranosidase / galactosidase / D-galactose / blood conversion / B-antigen removal / beta-helix / beta-barrel

生物種

Pedobacter panaciterrae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Schmoeker, O. / Moeller, C. / Terholsen, H. / Girbardt, B. / Palm, G.J. / Hoppen, J. / Lammers, M. / Bornscheuer, U.T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Identification and Protein Engineering of Galactosidases for the Conversion of Blood Type B to Blood Type O.
著者: Moller, C. / Terholsen, H. / Schmoker, O. / Le, T.L.A. / Wesche, J. / Schmiade, P. / Eppendorfer, E. / Rimkus, N. / Girbardt, B. / Bottcher, D. / Palm, G.J. / Hoppen, J. / Lammers, M. / ...

履歴

登録	2025年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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CIF形式データ	9i4f_validation.cif.gz	114 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/9i4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/9i4f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9i4gC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

B: Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

C: Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

D: Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

ヘテロ分子

263 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Alpha-1,3-galactosidase PpaGal

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.130, 129.026, 108.296
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.177, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
3	2	B
4	2	D
5	3	B
6	3	C
7	4	A
8	4	D
9	5	A
10	5	C
11	6	D
12	6	C

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 34 - 617 / Label seq-ID: 1 - 584

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	B	B
2	2	1	A	A
3	3	2	B	B
4	4	2	D	D
5	5	3	B	B
6	6	3	C	C
7	7	4	A	A
8	8	4	D	D
9	9	5	A	A
10	10	5	C	C
11	11	6	D	D
12	12	6	C	C

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Alpha-1,3-galactosidase PpaGal 分子量: 65858.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Starting amino acids SEF correspond to EcoRI restriction site from molecular cloning, N37 corresponds to N20 in Pedobacter PpaGal (GenBank: NQX53349.1). 由来: (組換発現) Pedobacter panaciterrae (バクテリア) プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: alpha-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月30日

放射

モノクロメーター: SILICON111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97626 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→107.13 Å / Num. obs: 73785 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 30.94 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.094 / R_rim(I) all: 0.192 / R_sym value: 0.167 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.75-2.797	3.6	2	3796	0.865	0.407	0.785	0.669	100
7.462-107.13	3.9	13.4	3902	0.998	0.03	0.06	0.052	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot	0.9.8.95	モデル構築
PHASER	2.8.3	位相決定
XDS	BUILT 20230630	データスケーリング
XDS	BUILT 20230630	データ削減
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→107.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 42.686 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.417 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2854	3647	4.954 %
R_work	0.251	69967	-
all	0.253	-	-
obs	-	73614	96.175 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.812 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.746 Å²	-0 Å²	-0.444 Å²
2-	-	1.604 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.144 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→107.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18556	0	4	63	18623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	18987
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	17993
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.279	0.1	324100
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.96	1.644	25674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.46	1.585	41571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.688	5	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.308	23.691	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.645	15	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.835	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	21456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	16893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	8899
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	10782
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.984	1.843	9340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.983	1.843	9339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.706	2.762	11668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.706	2.762	11669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.04	1.967	9647
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.04	1.967	9647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.824	2.896	14006
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.824	2.896	14006
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.902	67.622	332994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.901	67.622	332987
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.062	0.05	19658
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.059	0.05	19671
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.064	0.05	19592
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.064	0.05	19641
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.065	0.05	19608
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.067	0.05	19617

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06177	0.05011
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06177	0.05011
2	3	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05894	0.05011
2	4	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05894	0.05011
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06431	0.05011
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06431	0.05011
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06385	0.05011
4	8	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06385	0.05011
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06499	0.05011
5	10	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06499	0.05011
6	11	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06679	0.05011
6	12	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06679	0.05011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.821	0.375	245	0.386	5354	X-RAY DIFFRACTION	99.9286
2.821-2.899	0.386	301	0.349	5195	X-RAY DIFFRACTION	99.7821
2.899-2.983	0.398	289	0.336	5032	X-RAY DIFFRACTION	99.8311
2.983-3.074	0.356	216	0.31	4992	X-RAY DIFFRACTION	99.8466
3.074-3.175	0.338	267	0.292	4754	X-RAY DIFFRACTION	99.7418
3.175-3.287	0.264	282	0.271	4559	X-RAY DIFFRACTION	99.7939
3.287-3.411	0.298	247	0.269	4437	X-RAY DIFFRACTION	99.7232
3.411-3.55	0.347	242	0.332	4040	X-RAY DIFFRACTION	94.588
3.55-3.707	0.255	187	0.235	3051	X-RAY DIFFRACTION	74.249
3.707-3.888	0.251	143	0.235	3224	X-RAY DIFFRACTION	81.0934
3.888-4.098	0.247	163	0.208	3177	X-RAY DIFFRACTION	84.4714
4.098-4.347	0.221	164	0.192	3586	X-RAY DIFFRACTION	99.8137
4.347-4.646	0.189	129	0.166	3389	X-RAY DIFFRACTION	99.7166
4.646-5.018	0.221	141	0.168	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.5688
5.018-5.496	0.245	166	0.19	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.9669
5.496-6.144	0.225	116	0.193	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.8181
6.144-7.091	0.267	123	0.212	2305	X-RAY DIFFRACTION	99.7535
7.091-8.679	0.268	122	0.208	1926	X-RAY DIFFRACTION	99.8051
8.679-12.246	0.244	75	0.203	1523	X-RAY DIFFRACTION	99.5639
12.246-107.13	0.265	29	0.337	851	X-RAY DIFFRACTION	95.8606

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4109	-0.1768	0.0349	0.0897	-0.0078	0.4316	-0.0265	0.0212	0.0098	-0.0069	0.0306	0.0102	-0.0385	0.0638	-0.0041	0.0372	0.0026	-0.0267	0.5133	-0.0082	0.022	23.9714	13.7274	21.7585
2	0.3681	0.1429	-0.0175	0.0578	-0.0091	0.4393	-0.0008	0.0103	0.0083	0.0066	0.0294	-0.0006	-0.0352	-0.0084	-0.0287	0.0408	-0.0005	-0.0265	0.546	0.012	0.0235	71.5196	13.9948	-11.5589
3	0.5372	0.1959	-0.059	0.0782	-0.0162	0.3893	0.0013	-0.033	-0.008	-0.0135	0.0083	0.0089	0.0183	0.0503	-0.0096	0.0384	0.0231	-0.031	0.5083	-0.0054	0.0255	77.4316	-2.7475	42.5972
4	0.4276	0.2261	-0.0026	0.1264	-0.0008	0.4464	0.0127	-0.0304	-0.0079	-0.0062	0.0107	0.007	0.0291	0.0403	-0.0233	0.0407	0.018	-0.0315	0.4969	-0.0008	0.0247	89.0769	61.8256	32.3306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	34 - 617
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	34 - 617
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	D	34 - 617
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	C	34 - 617

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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