PDB-9i4g: Blood Type B-converting alpha-1,3-galactosidase PpaGal from Pedob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i4g

タイトル

Blood Type B-converting alpha-1,3-galactosidase PpaGal from Pedobacter panaciterrae in complex with D-galactose

要素

Alpha-1,3-galactosidase B

キーワード

HYDROLASE / Alpha-1 / 3-galactosidase / galactose / blood type conversion / B-antigen removal

機能・相同性

alpha-D-galactopyranose

機能・相同性情報

生物種

Pedobacter panaciterrae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.98 Å

データ登録者

Schmoeker, O. / Moeller, C. / Terholsen, H. / Girbardt, B. / Palm, G.J. / Hoppen, J. / Lammers, M. / Bornscheuer, U.T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Identification and Protein Engineering of Galactosidases for the Conversion of Blood Type B to Blood Type O.
著者: Moller, C. / Terholsen, H. / Schmoker, O. / Le, T.L.A. / Wesche, J. / Schmiade, P. / Eppendorfer, E. / Rimkus, N. / Girbardt, B. / Bottcher, D. / Palm, G.J. / Hoppen, J. / Lammers, M. / ...

履歴

登録	2025年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	9i4g.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i4g.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9i4g_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
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CIF形式データ	9i4g_validation.cif.gz	110.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/9i4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/9i4g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9i4fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-1,3-galactosidase B

B: Alpha-1,3-galactosidase B

C: Alpha-1,3-galactosidase B

D: Alpha-1,3-galactosidase B

ヘテロ分子

264 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alpha-1,3-galactosidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-1,3-galactosidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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3

C: Alpha-1,3-galactosidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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4

D: Alpha-1,3-galactosidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.011, 129.025, 108.404
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90.129, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 34 - 617 / Label seq-ID: 1 - 584

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質

Alpha-1,3-galactosidase B

分子量: 65858.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Starting amino acids SEF correspond to EcoRI restriction site from molecular cloning, N37 corresponds to N20 in Pedobacter PpaGal (GenBank: NQX53349.1).
由来: (組換発現)

Pedobacter panaciterrae (バクテリア)
遺伝子: N824_22130, N824_29550 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: 糖

ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月30日

放射

モノクロメーター: SILICON111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97626 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.978→107.011 Å / Num. obs: 60001 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 31.6 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_pim(I) all: 0.103 / R_rim(I) all: 0.234 / R_sym value: 0.21 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.978-3.03	4.5	2.1	2934	0.834	0.358	0.772	0.68	99.2
8.084-107.011	4.7	15.7	3023	0.997	0.028	0.063	0.056	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Coot	0.9.8.95	モデル構築
PHASER	2.8.3	位相決定
XDS	BUILT 20230630	データスケーリング
XDS	BUILT 20230630	データ削減
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.98→107.011 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 47.129 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.454 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	2967	4.953 %
R_work	0.2266	56938	-
all	0.228	-	-
obs	-	59905	99.439 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.266 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.429 Å²	0 Å²	0.739 Å²
2-	-	-2.209 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.776 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.98→107.011 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18556	0	48	69	18673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	19032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	18016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.813	25740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.458	1.774	41640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.427	5	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.402	5	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.658	10	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.745	10	860
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	22064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	16264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	8957
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	10119
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.21	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.625	0.755	9340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.625	0.755	9341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.142	1.355	11668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.142	1.355	11669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.575	0.812	9692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.575	0.812	9693
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.067	1.461	14072
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.067	1.461	14073
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.197	7.088	19722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.197	7.088	19723
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.056	0.05	19458
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.063	0.05	19414
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.06	0.05	19429
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.055	0.05	19472
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.053	0.05	19440
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.056	0.05	19449

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05627	0.05011
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05627	0.05011
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06256	0.05011
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06256	0.05011
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05956	0.05011
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05956	0.05011
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05546	0.05011
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05546	0.05011
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05292	0.05011
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05292	0.05011
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05638	0.05011
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05638	0.05011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.98-3.057	0.372	173	0.338	4194	X-RAY DIFFRACTION	98.7339
3.057-3.141	0.344	199	0.326	4088	X-RAY DIFFRACTION	99.6745
3.141-3.232	0.296	215	0.291	4000	X-RAY DIFFRACTION	99.4808
3.232-3.331	0.323	201	0.286	3876	X-RAY DIFFRACTION	99.8042
3.331-3.441	0.353	187	0.267	3744	X-RAY DIFFRACTION	99.8223
3.441-3.561	0.282	187	0.237	3657	X-RAY DIFFRACTION	99.7405
3.561-3.695	0.256	219	0.237	3456	X-RAY DIFFRACTION	99.8641
3.695-3.846	0.251	207	0.223	3359	X-RAY DIFFRACTION	99.8041
3.846-4.017	0.249	158	0.212	3239	X-RAY DIFFRACTION	99.5604
4.017-4.213	0.229	140	0.19	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.6624
4.213-4.44	0.183	151	0.166	2943	X-RAY DIFFRACTION	99.2621
4.44-4.709	0.196	166	0.152	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.0149
4.709-5.034	0.147	133	0.147	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.4553
5.034-5.436	0.215	124	0.169	2489	X-RAY DIFFRACTION	99.7709
5.436-5.953	0.257	137	0.182	2221	X-RAY DIFFRACTION	99.7462
5.953-6.653	0.274	123	0.196	2040	X-RAY DIFFRACTION	99.494
6.653-7.678	0.197	72	0.217	1829	X-RAY DIFFRACTION	99.7377
7.678-9.391	0.288	79	0.201	1500	X-RAY DIFFRACTION	98.4414
9.391-13.23	0.272	69	0.212	1197	X-RAY DIFFRACTION	99.6066
13.23-107.011	0.539	27	0.373	644	X-RAY DIFFRACTION	92.1703

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6332	0.228	-0.0314	0.0872	0.0109	0.3826	-0.0219	-0.0377	-0.0491	-0.0074	0.0063	0.0076	-0.0156	0.0314	0.0157	0.004	0.0404	0.0087	0.793	-0.0054	0.1832	23.9895	-0.547	42.5998
2	0.538	-0.2588	0.0269	0.1387	-0.0403	0.4698	-0.0144	0.0529	-0.0044	0.0151	0.0292	-0.0159	0.0245	-0.0408	-0.0148	0.0183	-0.0256	-0.0014	0.7806	-0.0033	0.1664	71.2927	-0.4482	76.0155
3	0.463	0.1082	0.0262	0.1798	-0.0326	0.3557	-0.0224	-0.0105	0.0167	-0.0069	0.0537	0.0005	-0.0227	-0.0452	-0.0314	0.0033	-0.0147	0.0091	0.7941	0.0208	0.1651	29.1646	-48.626	86.6429
4	0.3699	0.0663	-0.0331	0.0999	-0.0525	0.3501	0.0105	-0.0241	0.0407	-0.0072	0.0241	0.0058	0.0195	-0.0153	-0.0346	0.0033	-0.0033	0.0137	0.8264	0.0193	0.1614	17.7465	16.2934	96.7411

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)