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- PDB-9i3f: Crystal structure of the AGR2 and IRE1beta_loop complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i3f
タイトルCrystal structure of the AGR2 and IRE1beta_loop complex
要素
  • Anterior gradient protein 2 homolog
  • Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
キーワードCHAPERONE / molecular chaperones / unfolded protein response (UPR) / endoplasmic reticulum (ER) / protein multimerisation
機能・相同性
機能・相同性情報


lung goblet cell differentiation / positive regulation of PERK-mediated unfolded protein response / apoptotic chromosome condensation / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / mucus secretion / dystroglycan binding / rRNA catabolic process / positive regulation of developmental growth / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ ...lung goblet cell differentiation / positive regulation of PERK-mediated unfolded protein response / apoptotic chromosome condensation / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / mucus secretion / dystroglycan binding / rRNA catabolic process / positive regulation of developmental growth / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / positive regulation of cell-substrate adhesion / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / IRE1-mediated unfolded protein response / digestive tract morphogenesis / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / RNA endonuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of protein localization to plasma membrane / mRNA processing / unfolded protein binding / endonuclease activity / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / inflammatory response / protein serine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Thioredoxin-like / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat ...: / Thioredoxin-like / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anterior gradient protein 2 homolog / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yan, Y. / Ron, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustSGAG/182 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: A structural basis for chaperone repression of stress signaling from the endoplasmic reticulum.
著者: Lisa Neidhardt / Joanne Tung / Miriam Kuchersky / Jakub Milczarek / Vasileios Kargas / Katherine Stott / Rina Rosenzweig / David Ron / Yahui Yan /
要旨: The endoplasmic reticulum (ER) unfolded protein response (UPR) is tuned by the balance between unfolded proteins and chaperones. Reserve chaperones suppress UPR transducers via their stress-sensing ...The endoplasmic reticulum (ER) unfolded protein response (UPR) is tuned by the balance between unfolded proteins and chaperones. Reserve chaperones suppress UPR transducers via their stress-sensing luminal domains, but the underlying mechanisms remain unclear. The ER chaperone AGR2 is known to repress the UPR transducer IRE1β. Here, structural prediction, X-ray crystallography, and NMR spectroscopy identify critical interactions between an AGR2 monomer and a regulatory loop in IRE1β's luminal domain. However, in the repressive complex, it is an AGR2 dimer that binds IRE1β. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) reconstruction explains this feature: one AGR2 protomer engages the regulatory loop, while the second asymmetrically binds IRE1β's luminal domain's C terminus, blocking IRE1β-activating dimerization. Molecular dynamic simulations indicate that the second, disruptive AGR2 protomer exploits rare fluctuations in the IRE1β dimer that expose its binding site. Thus, AGR2 disrupts IRE1β dimers to suppress the UPR, priming the system for activation by chaperone clients that compete for AGR2.
履歴
登録2025年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22025年11月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32025年11月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
A: Anterior gradient protein 2 homolog
B: Anterior gradient protein 2 homolog
C: Anterior gradient protein 2 homolog
D: Anterior gradient protein 2 homolog
F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
H: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,81911
ポリマ－82,7468
非ポリマー733
水6,648369
1
I: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
B: Anterior gradient protein 2 homolog
D: Anterior gradient protein 2 homolog
F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3975
ポリマ－41,3734
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Anterior gradient protein 2 homolog
C: Anterior gradient protein 2 homolog
G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
H: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4226
ポリマ－41,3734
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.199, 81.820, 120.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE2 / Endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 2 / Inositol-requiring protein 2 / hIRE2p / Ire1-beta / IRE1b


分子量: 5544.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERN2, IRE2 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア)
参照: UniProt: Q76MJ5, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質
Anterior gradient protein 2 homolog / AG-2 / hAG-2 / HPC8 / Secreted cement gland protein XAG-2 homolog


分子量: 15142.388 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGR2, AG2, UNQ515/PRO1030 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: O95994
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M TRIS PH8.5 and 24% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67.76 Å / Num. obs: 57731 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.234 / Num. unique obs: 17355 / CC1/2: 0.707

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→67.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.957 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 2862 5 %RANDOM
Rwork0.19948 ---
obs0.20116 54791 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.997 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.86 Å2-0 Å20 Å2
2--3.72 Å2-0 Å2
3----1.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→67.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4789 0 3 369 5161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0124939
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.8456714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4541.77210974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7415597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.928523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.42310885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021052
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2892.0712403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2892.0712403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1783.7012995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1783.7012996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7432.2492536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7432.2492537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.914.0443720
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.24921.625470
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.17520.795393
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 214 -
Rwork0.361 3785 -
obs--94.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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