PDB-9i2n: Crystal structure of zebrafish S100I1 protein in apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2n

タイトル

Crystal structure of zebrafish S100I1 protein in apo form

要素

Protein S100

キーワード

SIGNALING PROTEIN / S100 protein / alarmin / EF-hand motif / calcium-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Paris, T. / Yatime, L.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Teleost-specific ictacalcins exhibit similar structural organization, cation-dependent activation and transcriptional regulation as human S100 proteins
著者: Hernandez, L. / Paris, T. / Demou, M. / Birck, C. / Begon, C. / Rodriguez-Vidal, J.F. / Tyrkalska, S.D. / Bureau, C. / Gonzalez, C. / Gracia, J. / Lelievre, E. / Mulero, V. / Nguyen-Chi, M. / Yatime, L.

履歴

登録	2025年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2n.cif.gz	167.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2n.ent.gz	135 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i2n_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i2n_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	9i2n_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	9i2n_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hygC 9i1gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein S100

B: Protein S100

C: Protein S100

D: Protein S100

42.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein S100

B: Protein S100

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein S100

D: Protein S100

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.380, 131.010, 45.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein S100 / S100 calcium-binding protein 分子量: 10548.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: icn, fa91d07, mg:cb02f02, s100a4a, wu:fa91d07 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XG62
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Li sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 61980 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 22.85
反射シェル	解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 6.09 % / Num. unique obs: 7421 / CC_1/2: 0.83 / R_rim(I) all: 0.75 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→45.82 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2003	3120	5.06 %
R_work	0.1681	-	-
obs	0.1697	61633	95.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2834	0	0	492	3326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	3996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.07	1114
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5235	0.3459	143	0.3662	2327	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5235-1.5484	0.323	147	0.306	2416	X-RAY DIFFRACTION	88
1.5484-1.5751	0.2496	152	0.2175	2618	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5751-1.6038	0.2611	120	0.2048	2588	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6038-1.6346	0.2491	149	0.1999	2700	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6346-1.668	0.2359	139	0.1927	2581	X-RAY DIFFRACTION	96
1.668-1.7043	0.2054	138	0.1787	2684	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7043-1.7439	0.2022	127	0.1842	2657	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7439-1.7875	0.2288	149	0.1725	2685	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7875-1.8359	0.1996	123	0.1737	2714	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8359-1.8899	0.2039	143	0.1948	2662	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8899-1.9509	0.3203	122	0.255	2574	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9509-2.0206	0.2109	152	0.1769	2733	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0206-2.1015	0.2419	130	0.1911	2651	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1015-2.1972	0.1963	144	0.1581	2706	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1972-2.313	0.2323	148	0.1853	2693	X-RAY DIFFRACTION	96
2.313-2.4579	0.2022	163	0.1566	2730	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4579-2.6476	0.2014	147	0.1583	2724	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6476-2.9141	0.1735	145	0.1549	2734	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9141-3.3356	0.1655	152	0.1502	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3356-4.2021	0.1544	133	0.1314	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2021-45.8	0.175	154	0.1477	2796	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5016	0.5463	-3.8582	2.1553	-1.5286	7.5113	-0.0963	-0.298	-0.0764	-0.0629	-0.1352	-0.1168	0.2807	0.468	0.1458	0.0861	0.0222	-0.0241	0.1164	0.0102	0.1306	19.1148	18.2864	18.2442
2	0.7135	-0.8804	0.4698	2.3301	-2.2945	2.6334	0.1269	0.3451	-0.2446	-0.6912	-0.3751	-0.1729	0.5745	0.4135	0.2592	0.2905	0.0808	0.0546	0.2067	-0.0375	0.2192	20.1905	11.56	6.6822
3	5.2757	0.4581	-2.9682	3.3626	1.3618	2.4739	-0.6848	1.067	-0.527	-1.4475	0.0648	0.8466	-0.0288	-1.0843	0.5699	0.7534	-0.1201	-0.2163	0.4202	-0.127	0.5368	9.1729	0.8399	3.8539
4	3.5475	0.0956	-1.2018	3.637	-1.1037	4.8887	-0.1677	0.4214	-0.4357	-0.5374	0.2614	0.2296	0.4523	-0.3072	0.0204	0.1832	-0.0395	-0.0178	0.1683	-0.0471	0.1861	10.5755	9.5954	9.5458
5	8.3899	-2.0118	-5.0977	5.2475	0.9993	5.478	-0.1731	-0.4834	-0.5008	0.2422	-0.0023	-0.0362	0.1623	0.1828	0.1273	0.1226	-0.0012	-0.0326	0.1018	0.0293	0.1037	12.4493	9.7469	24.0648
6	9.6525	-1.9161	5.8153	3.8293	-3.4187	4.9942	0.1029	-2.7553	0.5329	1.3752	-0.3395	1.5372	-0.0797	-1.2743	0.2287	0.5063	-0.0205	0.1772	0.6548	-0.0883	0.6607	-1.9715	6.0956	28.4759
7	7.9025	5.0027	-0.4582	7.4366	0.4466	2.9489	0.1262	-0.4104	-0.0797	0.0515	-0.1379	-0.0542	-0.0245	0.0367	-0.0383	0.0813	0.0289	-0.0039	0.1207	-0.0127	0.0566	3.5407	21.6536	26.529
8	4.7908	1.135	-2.4262	1.8065	-0.0674	1.6803	-0.0257	0.074	0.0585	-0.1389	0.014	0.0976	-0.0549	-0.1429	-0.0044	0.1089	0.0006	-0.0457	0.1321	0.0101	0.0811	3.8765	23.931	18.2273
9	5.5833	-0.1765	2.0032	3.0724	1.2422	5.3097	0.0666	-0.1386	-0.1475	-0.0322	-0.1576	0.2141	-0.126	-0.4018	0.039	0.0883	0.0108	0.0147	0.1049	-0.0164	0.1348	2.083	37.7838	-3.9297
10	5.5502	-0.9323	1.8659	6.1165	-1.1951	1.5658	-0.0334	0.0877	0.0106	-0.5391	-0.0522	0.7408	-0.6977	-1.48	-0.0194	0.2303	0.0871	-0.0658	0.4142	-0.05	0.2034	-2.1499	33.2242	-18.6654
11	0.7065	-1.5529	0.0607	5.9461	3.4122	5.7009	0.4516	0.714	0.4936	-0.9652	-0.9169	-0.0857	-0.9414	-0.8603	0.2693	0.3214	0.109	-0.0475	0.3078	0.0714	0.2569	1.3974	45.4395	-18.1552
12	7.1015	6.897	-0.7106	7.6312	0.9463	6.0595	-0.4138	0.0758	0.5076	-0.6042	-0.1142	1.6269	-0.5311	-0.1522	0.3502	0.4326	-0.0109	0.0311	0.171	0.0565	0.6883	7.918	58.8726	-11.7812
13	6.4412	3.0613	2.1908	6.5133	5.0403	3.9198	-0.6407	1.2995	-0.0724	-1.3461	0.6372	0.5321	0.2944	-0.4108	-0.1976	1.0447	-0.3052	0.0907	0.3428	0.1087	0.3861	10.3033	54.2662	-21.9318
14	1.8548	1.1296	0.9003	2.034	0.4733	0.4433	0.0128	-0.008	0.1072	-0.1498	0.0212	0.1041	-0.0918	0.2608	0.0579	1.3263	-0.6737	-0.5751	1.3215	0.2406	0.6496	6.8917	43.0576	-29.205
15	4.9657	3.7028	3.6567	7.5629	2.8264	4.8259	-0.2825	0.6416	0.5991	-0.1856	0.2945	0.2599	-0.4083	0.467	-0.0255	0.1643	-0.0321	-0.005	0.147	0.0524	0.1776	11.6733	47.8968	-9.9433
16	4.1357	-0.6941	5.0556	3.3937	-0.5867	6.4321	-0.1958	-0.1923	0.6379	0.152	-0.0165	0.0288	-0.167	-0.02	0.2418	0.1291	-0.0106	0.02	0.1029	-0.0237	0.1666	9.3335	46.9528	1.2046
17	7.7535	-4.9384	-6.0252	8.875	4.3294	7.5607	-0.1769	-0.8629	0.7426	1.2739	-0.131	-0.3063	-0.9139	0.6154	0.2343	0.3093	-0.0561	-0.107	0.2524	-0.0551	0.2755	23.776	48.8267	4.3891
18	6.0363	3.796	-0.9889	6.8233	-0.1218	4.232	0.178	-0.2894	-0.0021	0.0048	-0.1215	-0.0075	-0.0039	0.0681	-0.0394	0.0776	0.023	-0.0146	0.0986	0.0192	0.0781	17.0695	33.7407	3.9572
19	3.5909	1.244	1.7925	2.0061	0.3124	1.2641	-0.0121	0.0944	-0.0768	-0.1798	0.0057	-0.0764	0.0724	0.1073	0.0052	0.1092	0.0016	0.0339	0.1394	-0.0078	0.0777	17.5083	32.6889	-4.6102

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 64 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 65 through 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 23 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 30 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 31 through 51 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 52 through 96 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 2 through 23 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 24 through 30 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 31 through 44 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 45 through 54 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 55 through 66 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 67 through 71 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 72 through 95 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 5 through 23 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 24 through 33 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 34 through 51 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 52 through 96 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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